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Yorodumi- PDB-4gri: Crystal structure of a glutamyl-tRNA synthetase GluRS from Borrel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gri | ||||||
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Title | Crystal structure of a glutamyl-tRNA synthetase GluRS from Borrelia burgdorferi bound to glutamic acid and zinc | ||||||
Components | Glutamate--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-dependent / transferase / aaRS / GluRS / tRNAglu | ||||||
Function / homology | Function and homology information glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Borrelia burgdorferi (Lyme disease spirochete) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Ligand co-crystallization of aminoacyl-tRNA synthetases from infectious disease organisms. Authors: Moen, S.O. / Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Van Voorhis, W.C. / Sharma, A. / Manoil, C. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gri.cif.gz | 385.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gri.ent.gz | 311.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gri.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gri | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3sp1C 3tzeC 4e51C 4ex5C 4g6zC 1j09S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 59235.047 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Borrelia burgdorferi (Lyme disease spirochete) Strain: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / Gene: BB_0372, gltX / Plasmid: pAVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O51345, glutamate-tRNA ligase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: BobuA.01348.a.A1 at 28 mg/mL with 20 mM glutamic acid against Wiz3 screen condition A8, 20% PEG 3350, 0.2 M KNO3 with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 233969a8, ...Details: BobuA.01348.a.A1 at 28 mg/mL with 20 mM glutamic acid against Wiz3 screen condition A8, 20% PEG 3350, 0.2 M KNO3 with 15% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 233969a8, unique puck ID qax1-1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Apr 29, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. all: 42317 / Num. obs: 41054 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 39.822 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1j09 Resolution: 2.6→48.175 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7231 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.79 Å2 / Biso mean: 37.4745 Å2 / Biso min: 1.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→48.175 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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