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万見
- PDB-3tze: Crystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Encephal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tze
タイトルCrystal structure of a tryptophanyl-tRNA synthetase from Encephalitozoon cuniculi bound to tryptophan
要素Tryptophanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / amino acylation / eukaryotic pathogen / Microsporidia / Fungi / intracellular parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold ...Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRYPTOPHAN / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Ligand co-crystallization of aminoacyl-tRNA synthetases from infectious disease organisms.
著者: Moen, S.O. / Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Van Voorhis, W.C. / Sharma, A. / Manoil, C. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
B: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6296
ポリマ－93,1422
非ポリマー4874
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area27630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.110, 79.160, 177.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tryptophanyl-tRNA synthetase / Tryptophan--tRNA ligase / TrpRS


分子量: 46571.125 Da / 分子数: 2 / 変異: A149T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 遺伝子: ECU11_0530 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O96771, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: EncuA.00600.a.A1 PS00344 at 23.5 mg/mL against Wizard III screen from Emerald BioSystems, 20% PEG 3350, 0.2 M potassium nitrate, crystal tracking ID 221699a8, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 24185 / Num. obs: 23335 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 48.833 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.6-2.673.40.5172.2353891760157589.5
2.67-2.740.4212.875738156089.6
2.74-2.820.3813.315851152292
2.82-2.910.314.236149149993.5
2.91-30.2664.946518151295.1
3-3.110.2386.066742144996.9
3.11-3.230.1868.026882143897.9
3.23-3.360.15510.097136141499
3.36-3.510.11213.937016133099
3.51-3.680.09217.616890130198.9
3.68-3.880.07521.056747125499.1
3.88-4.110.06523.76413117499.2
4.11-4.390.05427.125966109499.4
4.39-4.750.04929.015741104799.5
4.75-5.20.04629.04535596399.8
5.2-5.810.0526.65496988699.9
5.81-6.710.04926.12442679299.6
6.71-8.220.03631.53367666599.7
8.22-11.630.02739.46287653999.6
11.63-500.02536.17155432198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.17 Å
Translation3 Å46.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ULH

1ulh


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2232 / WRfactor Rwork: 0.1837 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8337 / SU B: 22.715 / SU ML: 0.234 / SU R Cruickshank DPI: 2.5214 / SU Rfree: 0.3291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 1191 5.1 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
obs0.2044 23335 96.48 %-
all-24185 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.86 Å2 / Biso mean: 43.2257 Å2 / Biso min: 23.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5379 0 32 61 5472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.025531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9547497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46123.876258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82115853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0441530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214279
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 81 -
Rwork0.271 1389 -
all-1470 -
obs--88.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70360.6403-0.18450.9049-0.80932.2646-0.0466-0.1148-0.0086-0.0365-0.10650.0390.12880.28330.15310.1513-0.03010.0080.13210.04880.192530.437629.8745-28.4904
20.6920.61561.05770.55850.92031.67250.0504-0.0540.01180.0842-0.0513-0.00010.0033-0.04410.00090.15220.0067-0.00070.1217-0.00320.204813.84529.8649-37.8436
30.875-0.4031.1460.2904-0.19872.57160.1223-0.1772-0.178-0.01290.11410.09280.2909-0.252-0.23640.2259-0.1251-0.04540.19270.0520.247125.705326.1428-35.5558
41.28860.18310.71770.2578-0.52072.07670.1546-0.1717-0.06850.0488-0.07360.01320.01480.0231-0.0810.1765-0.0396-0.01710.1472-0.00980.12723.010622.4676-11.4547
51.4734-0.13120.07050.2055-0.39170.88230.0828-0.0823-0.0706-0.0681-0.00980.02550.0151-0.0676-0.0730.16270.0292-0.00190.1447-0.00250.1995-13.567425.9902-68.4021
60.6242-0.11520.5770.0382-0.11510.5410.03810.0020.0488-0.0057-0.04810.00980.02520.01760.010.15010.01140.010.13280.00280.2309-0.778428.2422-57.8335
71.66570.68680.40883.07871.13811.1589-0.195-0.06130.0137-0.62560.1159-0.1915-0.074-0.11690.07910.3071-0.00320.08610.08140.0020.1018-7.293634.9629-88.2229
81.3207-2.22241.85685.6719-3.63562.8035-0.23170.10350.3010.6012-0.0873-0.3967-0.40610.05330.31890.1830.0544-0.04930.10460.0360.3041-5.875748.2485-64.6638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2A105 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3A219 - 272
4X-RAY DIFFRACTION4A273 - 384
5X-RAY DIFFRACTION5B24 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6B112 - 263
7X-RAY DIFFRACTION7B264 - 362
8X-RAY DIFFRACTION8B363 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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