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- PDB-6k4g: Crystal structure of the PI5P4Kbeta-GMPPNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k4g
タイトルCrystal structure of the PI5P4Kbeta-GMPPNP complex
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
キーワードTRANSFERASE / Lipid kinase / Phosphoinositide signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / autophagosome / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. ...Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Takeuchi, K. / Senda, M. / Senda, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am0101001 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: The GTP responsiveness of PI5P4K beta evolved from a compromised trade-off between activity and specificity.
著者: Takeuchi, K. / Ikeda, Y. / Senda, M. / Harada, A. / Okuwaki, K. / Fukuzawa, K. / Nakagawa, S. / Yu, H.Y. / Nagase, L. / Imai, M. / Sasaki, M. / Lo, Y.H. / Ito, D. / Osaka, N. / Fujii, Y. / ...著者: Takeuchi, K. / Ikeda, Y. / Senda, M. / Harada, A. / Okuwaki, K. / Fukuzawa, K. / Nakagawa, S. / Yu, H.Y. / Nagase, L. / Imai, M. / Sasaki, M. / Lo, Y.H. / Ito, D. / Osaka, N. / Fujii, Y. / Sasaki, A.T. / Senda, T.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _cell.volume / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id ..._cell.volume / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Real space R-factor / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32025年3月12日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4245
ポリマ－89,8582
非ポリマー1,5673
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.782, 184.625, 105.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 33 through 86 or (resid 87...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 33 through 64 or (resid 65...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11VALVALASPASPAA33 - 14410 - 121
d_12ARGARGSERSERAA146 - 220123 - 197
d_13GLUGLUGLNGLNAA225 - 293202 - 270
d_14GLYGLYPROPROAA338 - 373315 - 350
d_15PROPROLEULEUAA400 - 415377 - 392
d_21VALVALASPASPBB33 - 14410 - 121
d_22ARGARGGLNGLNBB146 - 293123 - 270
d_23GLYGLYLEULEUBB338 - 415315 - 392

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta


分子量: 44928.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B, PIP5K2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1
詳細: 9%(w/v) PEG4000, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 0.1M magnesium acetate, 0.1M lithium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→94.36 Å / Num. obs: 29724 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 79.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 35.26
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique obs: 4406 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X04

3x04


解像度: 2.7→37.69 Å / SU ML: 0.4148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.9787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 1486 5 %
Rwork0.223 28227 -
obs0.2255 29713 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4642 0 96 5 4743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06346640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6464671
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.08682989883 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.790.40011340.35432538X-RAY DIFFRACTION99.89
2.79-2.890.37681350.32142555X-RAY DIFFRACTION99.89
2.89-30.34171330.30272534X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.29661350.28762566X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.30.30241340.26642547X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.32821350.24442567X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.780.29321360.22472581X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.160.25581350.2012574X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.760.26381370.18122596X-RAY DIFFRACTION100
4.76-60.22321380.20362620X-RAY DIFFRACTION99.96
6-37.690.2631340.21612549X-RAY DIFFRACTION93.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.422690255061.845760004891.384237197574.644814298571.511568073565.913221510450.03302218412870.467235521195-0.0908005937211-0.1960272981680.365411206509-0.06724308239380.2002852121060.522777392013-0.3551789007730.4248416798120.01314390011020.06271885230920.4961550292670.03710276669320.43020026344843.042199746638.7522638458-12.4330602003
27.656333881761.533923743981.370981624126.783992744182.070696422885.93811593648-0.254014357903-0.07964937241550.392718608139-0.04675725410950.516464679316-0.1146922268-0.09910611518710.484872210692-0.2639602270310.4638342689280.03522180522050.05364075975090.56430007887-0.03267490359260.42649283634247.136276385448.714044732-5.60981668413
32.513511162080.7034556300310.9887491477945.174149003823.127676513925.04755669228-0.165385128341-0.09806333714770.747417833943-0.09445393969010.3111813503390.126625531012-0.6349829480570.50739696814-0.1484681012220.54388778995-0.116765084970.1129254343370.7042036894160.007830473929190.74493925897747.112236908761.5263649787-1.75237199086
44.25001383772-0.5629907369641.272943545513.250073335961.485037510751.14766873481-0.8515993704250.339934368891-0.731666572096-0.2411526286660.32794764442-0.262744488816-0.4280881322330.4978476829150.04031334769140.662617915799-0.2292499674690.1373967603821.1445441703-0.2744513351591.1127167942262.865079427160.73217001390.321642748178
56.15780421067-0.34237923283-0.5479564195375.873979727882.204505024846.81349104131-0.161910099343-0.7166874860170.953868935510.08275543749090.547325142312-0.222607686564-0.2438976711260.475344742949-0.363542447210.488990054997-0.002395475324540.004311413735860.650893862266-0.2424696482260.83545345632950.400669421362.94070460197.7044731256
69.042906172322.47849919478-1.313666331183.713687720550.2830933029664.821932150590.005160755129780.517922373343-0.234898852491-0.2966479076140.140568905081-0.0998365745823-0.05135738035560.118146915348-0.1756250641350.5419157177540.05693418834690.004340629999230.439697241329-0.04467774299990.40947190361435.031690363725.6003031453-17.0431133996
76.3745789483-0.2797320125754.565608352694.69040616279-4.324784641516.930751939770.3138512876760.0651874359901-0.3757681937190.392896860394-0.163820076579-0.04393443079210.5470086416970.723274434685-0.01152081208530.7864452874560.0447129815084-0.01917264822310.471337273626-0.00219194153130.72083146198536.737688875712.4772069672-13.946820875
82.96402501606-0.674069572921-0.5672662870883.946288682460.2458173014532.33325021815-0.110312060540.437902210833-0.755282190034-0.3876741979790.05606298384430.4410954783460.866480030336-0.08416274361890.08268728484470.88589898554-0.124215435464-0.07620339285540.678646105026-0.1856670794360.72448592047627.94636099594.95301928345-21.5210181453
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102.640273878570.785790226312-0.3093806004372.445080696411.166394373950.815395665440.2626445288780.498954739328-1.21060792429-0.303134843437-0.04195224967120.1811463926291.40048400192-0.1981093438670.06291314792051.64273028043-0.251613189026-0.3473449042420.777567471841-0.240405900861.2203806934222.2176752448-5.90340961105-19.1804000842
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 33 through 110 )AA33 - 1102 - 79
22chain 'A' and (resid 111 through 173 )AA111 - 17380 - 134
33chain 'A' and (resid 174 through 253 )AA174 - 253135 - 214
44chain 'A' and (resid 254 through 279 )AA254 - 279215 - 240
55chain 'A' and (resid 280 through 416 )AA280 - 416241 - 317
66chain 'B' and (resid 33 through 109 )BD33 - 1091 - 77
77chain 'B' and (resid 110 through 153 )BD110 - 15378 - 112
88chain 'B' and (resid 154 through 257 )BD154 - 257113 - 212
99chain 'B' and (resid 258 through 349 )BD258 - 349213 - 261
1010chain 'B' and (resid 350 through 415 )BD350 - 415262 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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