PDB-7em4: Crystal structure of the PI5P4Kbeta F205L-ITP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7em4

タイトル

Crystal structure of the PI5P4Kbeta F205L-ITP complex

要素

Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

キーワード

TRANSFERASE / Lipid Kinase / Phosphoinositide signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Senda, M. / Senda, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: The GTP responsiveness of PI5P4K beta evolved from a compromised trade-off between activity and specificity.
著者: Takeuchi, K. / Ikeda, Y. / Senda, M. / Harada, A. / Okuwaki, K. / Fukuzawa, K. / Nakagawa, S. / Yu, H.Y. / Nagase, L. / Imai, M. / Sasaki, M. / Lo, Y.H. / Ito, D. / Osaka, N. / Fujii, Y. / ...

履歴

登録	2021年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7em4.cif.gz	261.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7em4.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7em4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7em4_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7em4_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7em4_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	7em4_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7em4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/7em4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k4gC 6k4hSC 7em1C 7em2C 7em3C 7em5C 7em6C 7em7C 7em8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta

ヘテロ分子

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.311, 185.530, 105.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PI(5)P 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta 分子量: 44894.887 Da / 分子数: 2 / 変異: F205L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B, PIP5K2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物	ChemComp-IDP / INOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 428.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₄O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CZU / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / Inosine-5'-triphosphate 分子量: 508.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₄O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 9%(w/v) PEG4000, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M lithium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.55 Å / Num. obs: 26836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 28.86
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3817 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6K4H

6k4h

解像度: 2.8→45.935 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2775	1341	5 %
R_work	0.2162	-	-
obs	0.2193	26819	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4677	0	84	1	4762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	6628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.476	2936
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	767
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	847

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.9001	0.4305	132	0.3217	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9001-3.0162	0.3645	132	0.2935	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0162-3.1534	0.3822	132	0.2799	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1534-3.3197	0.3076	133	0.252	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3197-3.5276	0.2678	133	0.2344	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5276-3.7998	0.249	134	0.2061	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7998-4.182	0.2545	134	0.1852	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.7866	0.2207	134	0.1668	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7866-6.0284	0.259	137	0.2055	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0284-45.935	0.2966	140	0.2293	2665	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1022	2.8234	1.1031	4.6522	1.1678	7.1386	0.5978	0.1534	-0.1719	-0.3071	-0.4087	1.5328	-0.1134	0.0311	0.0226	0.4762	-0.0006	0.1031	0.3834	0.0316	0.6145	36.83	39.5121	-9.4674
2	2.0699	2.2656	1.3891	4.8333	1.4926	5.6823	-0.2429	0.1697	-0.1027	-0.3394	0.335	-0.2616	0.2583	0.7268	-0.1543	0.3779	0.1235	0.1244	0.476	-0.0117	0.3798	46.185	38.4439	-14.0679
3	5.6581	2.4516	-0.4971	3.0559	2.07	4.1104	0.0928	-0.4873	0.4632	0.1021	-0.1096	0.4224	-0.0431	0.0303	-0.1345	0.5534	0.0488	0.1014	0.4641	-0.0488	0.4661	40.7126	47.5628	-2.9398
4	3.5012	-0.7849	0.3972	5.226	3.0235	5.5914	-0.2032	0.1484	0.6354	0.0808	0.6179	-0.2148	-0.4813	1.3141	-0.257	0.375	-0.1533	0.0809	0.7459	-0.0261	0.5115	50.948	51.1773	-7.5126
5	2.5635	-0.3285	1.0671	5.3456	0.8443	6.3831	-0.5091	-0.1795	1.5566	-0.2558	0.215	0.396	-1.2341	0.0844	-0.0149	0.9275	-0.0183	0.0451	0.8143	0.0559	1.0017	47.5742	72.7799	1.8606
6	5.2507	2.3189	1.4881	5.0587	2.3456	0.8868	-0.3784	-0.2818	-0.0283	0.267	0.1926	-0.0552	-0.0461	-0.0246	0.2023	0.6597	0.0295	0.0391	0.7056	-0.0743	0.5364	51.0808	60.2119	7.1862
7	5.4179	1.1429	-2.8397	4.5625	0.374	4.9042	-0.1601	-0.6849	1.308	0.7053	0.0555	-0.1145	-1.0401	-0.3351	-0.2516	0.4167	-0.087	-0.0138	0.571	-0.1456	0.9219	52.503	63.2608	7.4147
8	5.091	0.0747	-2.871	3.1902	2.6667	7.273	-0.1736	1.6307	2.1577	-2.0332	2.4138	-1.5985	-0.7714	1.0382	-2.0715	0.9363	-0.2274	0.2066	0.9396	-0.3141	1.2307	61.0694	69.6243	-0.33
9	3.3728	1.1456	-0.0113	1.5635	-0.2256	1.395	0.0536	0.4475	0.0452	-0.1845	0.1313	-0.2589	0.1115	0.0649	-0.1537	0.6052	0.0814	0.0385	0.5524	-0.0489	0.5016	35.3633	25.6096	-17.1061
10	6.3464	1.0587	2.196	3.4674	-1.0977	6.7265	0.0877	0.1253	-0.4582	0.2902	-0.1518	0.2394	0.6643	0.7438	0.2885	0.9042	0.088	0.0195	0.431	0.0245	0.6543	36.9434	12.5785	-13.7656
11	4.2773	-0.6179	-0.3456	4.0194	-0.2608	3.504	0.0652	0.3016	-0.2946	-0.3231	0.1773	0.3921	0.6723	-0.2272	-0.1318	0.6637	-0.1047	-0.0926	0.4494	-0.1194	0.4637	27.3136	12.6194	-20.5506
12	3.5107	-0.7899	2.9499	2.0744	-2.0879	7.719	-0.4055	0.7846	-1.1695	-0.7469	-0.2113	-0.5979	1.0453	2.2506	-1.5042	2.3416	-0.1835	0.0317	0.9354	-0.4769	0.661	28.606	-7.8603	-29.4274
13	2.1075	-1.1659	0.8661	2.9467	-0.9507	2.972	0.4241	0.4525	-0.8139	-0.9977	0.0267	0.4316	2.0094	-0.0798	-0.4214	1.6285	-0.1242	-0.1155	0.6199	-0.1064	1.1124	25.2968	-5.1771	-18.2804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 212 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 213 through 254 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 255 through 349 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 350 through 399 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 400 through 416 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 33 through 109 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 110 through 153 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 154 through 212 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 213 through 227 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 228 through 416 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)