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万見
- PDB-1gzl: Crystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gzl
タイトルCrystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor of HIV-1 entry bound to the gp41 hydrophobic pocket
要素
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
  • FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
キーワードGLYCOPROTEIN / HIV ENTRY / INHIBITOR / CROSS-LINK / GP41 / COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated MAPK activation / Synthesis and processing of ENV and VPU / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / symbiont-mediated evasion of host immune response / mediator complex binding / positive regulation of establishment of T cell polarity ...FCERI mediated MAPK activation / Synthesis and processing of ENV and VPU / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / symbiont-mediated evasion of host immune response / mediator complex binding / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Oxidative Stress Induced Senescence / Dectin-2 family / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / viral protein processing / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / receptor ligand activity / DNA-binding transcription factor activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / chromatin binding / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein ...: / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTANE-1,5-DIAMINE / General control transcription factor GCN4 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sia, S.K. / Carr, P.A. / Cochran, A.G. / Malashkevich, V.M. / Kim, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Short Constrained Peptides that Inhibit HIV-1 Entry
著者: Sia, S.K. / Carr, P.A. / Cochran, A.G. / Malashkevich, V.M. / Kim, P.S.
履歴
登録2002年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年11月20日Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
B: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5548
ポリマ－14,2794
非ポリマー2754
水1,38777
1
A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,83112
ポリマ－21,4186
非ポリマー4136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-84.2 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
2
B: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
ヘテロ分子

B: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
ヘテロ分子

B: FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,83112
ポリマ－21,4186
非ポリマー4136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-81.4 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.358, 38.358, 169.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1046-

CL

21B-1046-

CL

詳細AND CHAINS B AND D). APPLYING CRYSTAL SYMMETRY GENERATES TWO TRIMERS OF HETERODIMERS (HEXAMERS).

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FUSION PROTEIN BETWEEN THE HYDROPHOBIC POCKET OF HIV GP41 AND GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4-PIQI


分子量: 5468.566 Da / 分子数: 2
断片: GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276
由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED
由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03069, UniProt: P04578
#2: タンパク質・ペプチド ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP41 / C14LINKMID


分子量: 1670.710 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 628-639 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-N2P / PENTANE-1,5-DIAMINE / カダベリン


分子量: 102.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION MET 629 GLU CHAINS C AND D ENGINEERED MUTATION ASN 636 GLU CHAINS C AND D
Has protein modificationY
配列の詳細IN CHAINS C AND D, MET 629 AND ASN 636 ARE MUTATED TO GLUTAMIC ACID. A DIAMINOPENTANE GROUP LINKS ...IN CHAINS C AND D, MET 629 AND ASN 636 ARE MUTATED TO GLUTAMIC ACID. A DIAMINOPENTANE GROUP LINKS GLU 629 AND GLU 636

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化pH: 8.6 / 詳細: 16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.2 mMprotein1drop
216 %isopropanol1reservoir
30.1 MTris1reservoirpH8.6
41 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.0093
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 59821 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 69.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.86 Å / Num. obs: 11190 / % possible obs: 94.3 % / Num. measured all: 59821 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.2 % / Rmerge(I) obs: 0.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNBOUND IQN17 AND A MODEL OF C14LINKMID BOUND TO THE HYDROPHOBIC POCKET

解像度: 1.8→19.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 505253.07 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: FINAL REFINEMENT IS AFTER DETWINNING DATA. 529 REFLECTIONS WERE REJECTED BY CNS AFTER MEROHEDRAL DETWINNING. THE THREE CHAINS OF THE TRIMER ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. TO ...詳細: FINAL REFINEMENT IS AFTER DETWINNING DATA. 529 REFLECTIONS WERE REJECTED BY CNS AFTER MEROHEDRAL DETWINNING. THE THREE CHAINS OF THE TRIMER ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. TO GENERATE THE TRIMER, APPLY SYMMETRY TRANSFORMATIONS. THE FINAL MODEL CONSISTS OF ALL RESIDUES EXCEPT FOR THE TWO N-TERMINAL RESIDUES OF C14LINKMID, WHICH ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 685 6.4 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 10672 81.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 97.565 Å2 / ksol: 0.428224 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20.01 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1002 0 16 77 1095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.32.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 76 6.2 %
Rwork0.296 1143 -
obs--55.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_D.PARAMPROTEIN_GN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.86 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 10090 / Num. reflection Rfree: 687
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg15.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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