PDB-5tng: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tng

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 14,15-EpETE hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ES024806	米国
Cystic Fibrosis Foundation	STANTO19R0	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tng.cif.gz	497.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tng.ent.gz	408.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tng_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tng_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5tng_validation.xml.gz	55.9 KB	表示
CIF形式データ	5tng_validation.cif.gz	82.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S 4dmc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tnn-1 6kxr-2 3kd2-2 4eus-2 5tnr-2 5tni-1 5k3e-d 4yx9-1 3r41-d 7clz-2 6kxr-1 6gxt-d 5tnr-1 5tnq-2 5nyv-d 4dno-1 4dnf-2 5k3b-d 4dno-2 5o2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.09, 83.522, 89.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-782- HOH
2	1	D-819- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-7LE / (5Z,8Z,11Z,14R,15R,17Z)-14,15-dihydroxyicosa-5,8,11,17-tetraenoic acid 分子量: 336.466 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→19.93 Å / Num. obs: 123855 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.75 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 5.73 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	NOVEMBER 1, 2011	データ削減
XDS	NOVEMBER 1, 2011	データスケーリング
PHENIX	2.3.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.75→19.93 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1808	6220	5.02 %
R_work	0.1499	-	-
obs	0.1514	123848	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9416	0	92	1231	10739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	13540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.743	5917
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.218	311	0.1939	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.7907	10000000	0	0.1868	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7907-1.8125	0.2455	311	0.1883	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.8354	0.2543	311	0.19	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8354-1.8596	10000000	0	0.1966	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8596-1.885	0.2377	311	0.1867	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.9119	0.2222	311	0.1732	3827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9119-1.9405	10000000	0	0.1631	4079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9405-1.9707	0.2004	311	0.16	3807	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9707-2.003	0.1846	311	0.1587	3825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.003-2.0375	10000000	0	0.1557	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0375-2.0745	0.1937	311	0.1542	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0745-2.1144	0.1969	311	0.1555	3805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1144-2.1575	10000000	0	0.1509	4174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1575-2.2044	0.1953	311	0.153	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2044-2.2556	0.1887	311	0.1468	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2556-2.3119	10000000	0	0.1503	4078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3119-2.3743	0.1865	311	0.1466	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3743-2.4441	0.1975	311	0.1553	3806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.5228	10000000	0	0.1559	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5228-2.6128	0.1801	311	0.147	3850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6128-2.7171	0.182	311	0.1511	3800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7171-2.8405	10000000	0	0.1475	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8405-2.9898	0.1753	311	0.154	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9898-3.1764	0.1788	311	0.1526	3798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1764-3.4205	10000000	0	0.1428	4190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4205-3.7626	0.156	311	0.134	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7626-4.3023	0.124	311	0.1279	3852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3023-5.4025	10000000	0	0.1156	4182	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4025-19.9308	0.1621	311	0.1437	3928	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.712	0.0877	0.0944	0.6106	0.039	0.6309	0.0126	0.0826	-0.088	-0.0567	0.0028	-0.0635	0.0865	0.05	-0.0061	0.0819	0.0013	-0.0035	0.0818	-0.0164	0.0681	21.819	12.3965	-27.5848
2	0.9564	0.3564	0.0165	0.9817	0.1247	0.5004	-0.0217	0.0038	0.143	0.0134	0.0179	-0.0171	-0.0885	0.009	-0.0001	0.0863	-0.0114	-0.0183	0.0683	0.0002	0.0994	31.011	51.5389	-15.7225
3	0.7283	0.0077	-0.0021	0.8269	-0.0718	0.7448	0.0129	0.0506	0.1482	-0.053	-0.015	0.0985	-0.0993	-0.0548	0.0006	0.0814	0.0018	-0.0056	0.0742	0.0086	0.1141	-5.9353	44.7843	-27.2481
4	0.9854	0.2238	-0.0727	0.652	-0.0687	0.4696	-0.0055	-0.0302	-0.0813	-0.0065	-0.0136	0.0535	0.0524	0.0104	0.0179	0.083	-0.0223	0.0032	0.08	0.0008	0.0628	-15.0475	5.3452	-15.747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 25:320 )	A	25 - 320
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 25:318 )	B	25 - 318
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 25:317 )	C	25 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 25:321 )	D	25 - 321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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