PDB-4ycy: Endothiapepsin in complex with fragment 218

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ycy

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 218

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ycy.cif.gz	129.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ycy.ent.gz	105.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ycy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ycy_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ycy_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	4ycy_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	4ycy_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5rdw-d 5p40-d 5p18-d 5p7b-d 5p2c-d 5p3d-d 5r36-d 5p5b-d 4ze6-d 5p4i-d 5p0x-d 5p44-d 5p03-d 5mb5-d 5p3p-d 5p1e-d 4y3s-d 4y3j-d 5p7d-d 5p5c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.564, 72.903, 52.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-4AO / 2-(4-ethoxy-8-methylquinazolin-2-yl)guanidine 分子量: 245.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₅O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.79 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. Crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.699→19.23 Å / Num. obs: 35184 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.699→19.225 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1977	1791	5 %	Random selection
R_work	0.1657	-	-	-
obs	0.1673	35813	99.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→19.225 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2315	0	35	164	2514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	3348
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.718	797
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6994-1.7453	0.2602	134	0.2057	2550	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7453-1.7967	0.2494	135	0.1908	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7967-1.8546	0.2209	138	0.1792	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8546-1.9208	0.1914	136	0.1665	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9208-1.9977	0.184	138	0.1519	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9977-2.0885	0.1842	138	0.1459	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0885-2.1984	0.1752	138	0.1432	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1984-2.336	0.1898	137	0.152	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.336-2.516	0.2235	140	0.162	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.516-2.7685	0.1933	137	0.1688	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7685-3.1676	0.192	139	0.1639	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1676-3.9849	0.1919	139	0.1691	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9849-19.226	0.1975	142	0.1725	2692	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2677	0.2615	0.1369	0.727	0.04	0.6823	-0.0116	-0.1482	0.1077	0.2319	-0.0182	0.1019	0.0497	-0.1848	-0.0009	0.172	-0.0093	0.0153	0.165	-0.0084	0.133	0.7741	-9.2587	14.8739
2	0.1205	0.0784	-0.0592	0.0668	-0.0121	0.0638	-0.1296	-0.1333	0.0991	0.1263	0.1338	0.0155	-0.1124	-0.4011	-0.0022	0.4372	0.0552	-0.0367	0.3022	-0.0115	0.1598	5.8215	-5.1206	28.975
3	0.0553	-0.0573	-0.0399	0.5627	-0.0925	0.8434	-0.0641	-0.2073	0.1089	0.2453	0.0138	0.0037	-0.0092	-0.089	-0.0013	0.2111	-0.003	-0.0343	0.1896	-0.0381	0.1756	7.0311	-3.5094	19.2809
4	0.2869	-0.0325	-0.3354	0.3243	-0.2031	0.5748	-0.0144	-0.0126	0.0224	-0.033	-0.0337	-0.1683	0.0046	0.0328	-0.0245	0.0932	0.0045	-0.0119	0.1197	0.0156	0.1898	14.692	-4.9211	-0.4098
5	0.092	-0.0995	-0.053	0.2035	0.0027	0.06	0.0852	0.0785	-0.0347	0.0874	0.0842	-0.1011	-0.0374	0.0145	0.0001	0.145	-0.0033	0.0025	0.1364	-0.0002	0.1914	10.0442	10.9458	-0.6125
6	0.1785	-0.0562	0.1032	0.4941	-0.0477	0.2576	0.0088	0.0128	0.0341	-0.0705	-0.0055	-0.107	-0.0076	-0.0689	-0.0022	0.1174	0.0014	0.0162	0.0963	0.007	0.097	0.8828	11.0208	-7.7119
7	0.2728	-0.4627	-0.225	0.8228	0.255	0.7454	-0.1639	0.1274	0.0773	-0.0156	0.0944	0.0086	0.0411	-0.1389	-0.345	0.1361	-0.0458	0.0423	0.1939	-0.068	0.0911	-13.7195	7.996	-8.0788
8	0.3796	-0.4845	0.0291	0.6873	-0.2272	0.5054	0.0073	0.0665	-0.0562	-0.0329	-0.0437	-0.1296	-0.0284	0.0174	-0.0123	0.0965	-0.0063	0.014	0.102	-0.0062	0.1203	2.7586	3.843	-4.5606

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:77)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 85:151)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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