PDB-4y47: Endothiapepsin in complex with fragment 162

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y47

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 162

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Krug, M. / Uehlein, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y47.cif.gz	190.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y47.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y47_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y47_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	4y47_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	4y47_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p4n-d 4y5b-d 5p0m-d 5j25-d 5dr3-d 5dr4-d 5qb9-d 5p2a-d 5rdv-d 5p6j-d 5p4v-d 5r20-d 4y50-d 5qbh-d 5rd2-d 5p8l-d 4yd6-d 5p8f-d 5p8k-d 4y5g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.285, 72.766, 52.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, EC: 3.4.23.22
#2: 化合物	ChemComp-479 / 4-oxo-N-[(1S)-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-4-(thiophen-2-yl)butanamide 分子量: 288.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆N₂O₂S
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.92 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8944 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→42.72 Å / Num. obs: 102282 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.19→1.26 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.19→36.38 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1536	5113	5 %	random selection
R_work	0.1316	-	-	-
obs	0.1327	102263	98.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→36.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2365	0	36	333	2734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.222	3459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.754	829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.188-1.2015	0.2852	140	0.2779	2667	X-RAY DIFFRACTION	82
1.2015-1.2157	0.2764	160	0.2538	3044	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2157-1.2305	0.2514	170	0.2216	3223	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2305-1.2461	0.224	170	0.1992	3219	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2461-1.2625	0.2227	171	0.1878	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2625-1.2798	0.2069	171	0.1781	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2798-1.2981	0.2325	173	0.1726	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2981-1.3174	0.1918	172	0.1613	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3174-1.338	0.188	170	0.1551	3239	X-RAY DIFFRACTION	99
1.338-1.36	0.1731	171	0.1514	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.3834	0.1712	173	0.142	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3834-1.4086	0.1516	168	0.1424	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4086-1.4357	0.1601	171	0.1362	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4357-1.465	0.1599	175	0.1316	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.465-1.4968	0.1534	171	0.1271	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4968-1.5316	0.1496	171	0.1175	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5316-1.5699	0.1233	172	0.104	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5699-1.6124	0.1158	172	0.0985	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6124-1.6598	0.1512	172	0.1033	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.7134	0.1382	171	0.1028	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7134-1.7747	0.1356	173	0.1034	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7747-1.8457	0.1415	172	0.1048	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8457-1.9297	0.1308	171	0.1046	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9297-2.0314	0.1216	173	0.1054	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0314-2.1587	0.1192	172	0.1026	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1587-2.3253	0.1222	173	0.1146	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3253-2.5593	0.1414	173	0.122	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5593-2.9295	0.1401	172	0.1274	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9295-3.6903	0.1614	174	0.1371	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6903-36.4001	0.1612	176	0.1515	3352	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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