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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ynh | ||||||
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タイトル | HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with inhibitor GSK500 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / NNRTI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. ...Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. / Weaver, K. / Mathis, A. / Peat, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012 タイトル: Rational Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase. 著者: Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. / Weaver, K. / Mathis, A. / Peat, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ynh.cif.gz | 210.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ynh.ent.gz | 165.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ynh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ynh_validation.pdf.gz | 762 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ynh_full_validation.pdf.gz | 767.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ynh_validation.xml.gz | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ynh_validation.cif.gz | 48.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64895.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 52238.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 588-1015 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04585 |
#3: 化合物 | ChemComp-TAR / |
#4: 化合物 | ChemComp-EUR / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 100MM HEPES PH 7.5, 10MM SPERMIDINE, 1.1M SODIUM POTASSIUM TARTRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月13日 / 詳細: K-B MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 32529 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.9 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YNG 解像度: 2.9→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 14.406 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.467 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.4 Å
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拘束条件 |
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