[日本語] English
万見
- PDB-2ynf: HIV-1 Reverse Transcriptase Y188L mutant in complex with inhibito... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ynf
タイトルHIV-1 Reverse Transcriptase Y188L mutant in complex with inhibitor GSK560
要素
  • P51 RT
  • REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
キーワードHYDROLASE / NNRTI
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / Chem-WHU / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. ...Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. / Weaver, K. / Mathis, A. / Peat, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Rational Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase.
著者: Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. / Weaver, K. / Mathis, A. / Peat, A.
履歴
登録2012年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
B: P51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,8067
ポリマ－117,0842
非ポリマー7225
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area43840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.578, 154.508, 157.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT


分子量: 64845.301 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質 P51 RT


分子量: 52238.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 588-1015 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04585

-
非ポリマー , 4種, 439分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-WHU / 2-azanyl-N-[[4-bromanyl-3-(3-chloranyl-5-cyano-phenoxy)-2-fluoranyl-phenyl]methyl]-4-chloranyl-1H-imidazole-5-carboxamide


分子量: 499.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H11BrCl2FN5O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細PRESUMED MG IONS D(-)-TARTARIC ACID (TAR): TARTRATE FROM CRYSTALLIZATION CONDITION
配列の詳細Y188L MUTATION POLY HIS TAG ADDED AT THE N-TERMINUS FOR PURIFICATION

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 100MM HEPES PH7.5, 10MM SPERMIDINE, 1.1M SODIUM POTASSIUM TARTRATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月3日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射モノクロメーター: DIAMOND LAUE MONOCHROMATORS SUPPLIED BY JJ X-RAY
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 59250 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HMV

1hmv


解像度: 2.36→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 12.266 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23631 1783 3 %RANDOM
Rwork0.19722 ---
obs0.1984 57009 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7728 0 42 434 8204
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.028008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.96210920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85313362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9245966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.77225.029342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.108151379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9481529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.364→2.425 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 105 -
Rwork0.231 3302 -
obs--80.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0446-0.7011-1.56951.70421.87633.21160.16290.11030.00370.1853-0.3116-0.0053-0.1155-0.3630.14880.32510.1076-0.00730.226-0.03410.1995-29.64962.5341.839
25.3652-1.927-3.27812.49621.87042.32220.92870.23711.4203-0.5960.0475-0.9452-0.8054-0.1909-0.97610.65970.22530.27350.25530.00370.8376-14.36567.2421.408
33.1755-1.49062.59071.9231-0.82966.86390.1396-0.33990.36470.07470.2633-0.5859-0.04720.2992-0.40290.1436-0.0388-0.0120.2987-0.17060.43978.74451.11130.106
41.8543-2.1362-0.58977.1985-1.2111.66390.0171-0.14340.14770.3866-0.0218-0.4639-0.19950.18830.00470.20630.00620.06540.21710.00550.32126.07643.67617.915
50.5299-0.74970.34732.4368-1.27951.50250.0931-0.04650.1772-0.125-0.1606-0.33370.16790.27660.06740.19320.08760.02510.28590.02780.270810.16721.55221.886
65.3238-0.01972.27842.5251-0.42583.7680.3733-0.2751-0.3551-0.4403-0.0168-0.02481.1342-0.1476-0.35660.56630.1636-0.04780.2370.04920.23410.3872.928.707
73.34111.3385-0.72763.97840.02982.93670.0671-0.03040.0082-0.0811-0.22210.0176-0.0237-0.11780.1550.18370.0868-0.02470.2572-0.06730.1619-28.35839.32316.267
80.72830.73570.66222.37721.10831.45070.0757-0.16390.1247-0.1351-0.07960.29840.1075-0.22770.00390.2340.0387-0.040.2836-0.01170.2248-36.23328.48910.509
97.3802-3.3063.64182.2238-1.87031.99460.19590.10540.0785-0.369-0.10940.00930.41480.0318-0.08640.64690.0563-0.12430.24210.00050.1399-19.37511.2614.283
104.943-1.85850.15072.998-0.23260.6734-0.1337-0.2245-0.1965-0.13260.2561-0.08520.7261-0.1278-0.12240.8586-0.0227-0.110.2330.00410.1194-7.5921.117.163
115.83860.887-0.15863.7799-0.02972.07920.2735-0.2630.3452-0.242-0.1191-0.47510.10210.1641-0.15440.21930.04490.04250.2104-0.01880.2344-14.34121.89513.237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2A156 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3A254 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4A326 - 363
5X-RAY DIFFRACTION5A364 - 527
6X-RAY DIFFRACTION6A528 - 558
7X-RAY DIFFRACTION7B5 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8B90 - 194
9X-RAY DIFFRACTION9B195 - 270
10X-RAY DIFFRACTION10B271 - 347
11X-RAY DIFFRACTION11B348 - 428

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る