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タイトルA high-throughput structural system biology approach to increase structure representation of proteins from Clostridioides difficile.
ジャーナル・号・ページMicrobiol Resour Announc, Vol. 12, Page e0050723-e0050723, Year 2023
掲載日2011年6月8日 (構造データの登録日)
著者Rosas-Lemus, M. / Dey, S. / Minasov, G. / Tan, K. / Anderson, S.M. / Brunzelle, J. / Nocadello, S. / Shabalin, I. / Filippova, E. / Halavaty, A. ...Rosas-Lemus, M. / Dey, S. / Minasov, G. / Tan, K. / Anderson, S.M. / Brunzelle, J. / Nocadello, S. / Shabalin, I. / Filippova, E. / Halavaty, A. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / Minor, W. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
リンクMicrobiol Resour Announc / PubMed:37747257
手法X線回折
解像度0.95 - 2.702 Å
構造データ

PDB-3sd7:
1.7 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Phosphatase from Clostridium difficile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-3srt:
The crystal structure of a maltose O-acetyltransferase from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.504 Å

PDB-3uuw:
1.63 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dehydrogenase (MviM) from Clostridium difficile.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-4dd5:
Biosynthetic Thiolase (ThlA1) from Clostridium difficile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-4dgt:
Crystal structure of PLP-bound putative aminotransferase from Clostridium difficile 630 crystallized with magnesium formate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-4dq6:
Crystal structure of PLP-bound putative aminotransferase from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-4dun:
1.76A X-ray Crystal Structure of a Putative Phenazine Biosynthesis PhzC/PhzF Protein from Clostridium difficile (strain 630)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.76 Å

PDB-4e1l:
Crystal structure of Acetoacetyl-CoA thiolase (thlA2) from Clostridium difficile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-4egu:
0.95A Resolution Structure of a Histidine Triad Protein from Clostridium difficile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 0.95 Å

PDB-4gib:
2.27 Angstrom Crystal Structure of beta-Phosphoglucomutase (pgmB) from Clostridium difficile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.27 Å

PDB-4h3d:
1.95 Angstrom Crystal Structure of of Type I 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Clostridium difficile with Covalent Modified Comenic Acid.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-4isx:
The crystal structure of maltose o-acetyltransferase from clostridium difficile 630 in complex with acetyl-coa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.702 Å

PDB-4jjp:
2.06 Angstrom resolution crystal structure of phosphomethylpyrimidine kinase (thiD)from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.056 Å

PDB-4kd5:
substrate binding domain of putative molybdenum ABC transporter from Clostridium difficile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4999 Å

PDB-4mfg:
2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of Putative Carbonic Anhydrase from Clostridium difficile.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-4nmy:
Crystal Structure of the Thiamin-bound form of Substrate-binding Protein of ABC Transporter from Clostridium difficile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.896 Å

PDB-4rn7:
The crystal structure of N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.717 Å

PDB-5dzs:
1.5 Angstrom Crystal Structure of Shikimate Dehydrogenase 1 from Peptoclostridium difficile.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5tta:
A 1.85A X-Ray Structure from Peptoclostridium difficile 630 of a Hypothetical Protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-5tv7:
2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidoglycan-Binding Protein from Clostridioides difficile in Complex with Glutamine Hydroxamate.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-5txu:
1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D (SpoIID) from Clostridium difficile in Apo Conformation
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-6n7m:
1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of Hypothetical Protein CD630_05490 from Clostridioides difficile 630.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-6ue2:
1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-6wy4:
Crystal Structure of Wild Type Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7k1u:
Crystal Structure of SrtB-anchored Collagen-binding Adhesin Fragment (residues 206-565) from Clostridioides difficile strain 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7rl8:
Crystal Structure of C79A Mutant of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-7rlr:
Crystal Structure of K83A Mutant of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / 沈殿剤*YM

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION

ChemComp-BTB:
2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / pH緩衝剤*YM

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-IOD:
IODIDE ION

ChemComp-5GP:
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION

ChemComp-GLY:
GLYCINE

ChemComp-SHL:
5-hydroxy-6-methyl-4-oxo-4H-pyran-2-carboxylic acid

ChemComp-ACT:
ACETATE ION

ChemComp-ACO:
ACETYL COENZYME *A

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / pH緩衝剤*YM

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / pH緩衝剤*YM

ChemComp-FMT:
FORMIC ACID

ChemComp-SBT:
2-BUTANOL

ChemComp-VIB:
3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / 薬剤*YM

ChemComp-HGA:
GLUTAMINE HYDROXAMATE

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-PPI:
PROPANOIC ACID

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL

由来
  • clostridium difficile (バクテリア)
  • peptoclostridium difficile (バクテリア)
  • peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
  • clostridioides difficile (strain 630) (バクテリア)
  • clostridioides difficile (バクテリア)
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE / maltose O-acetyltransferase / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / OXIDOREDUCTASE / thiolase / internal aldimine with pyridoxalphosphate / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / BIOSYNTHETIC PROTEIN / 3-layer(aba) sandwich / UNKNOWN FUNCTION / HIT domain / ISOMERASE / Rossmann fold / HAD-like / beta-Phosphoglucomutase / LYASE / TIM Barrel / Aldolase class I / 3-dehydroquinate dehydratase activity / IDP05735 / Biosynthesis of cofactors / prosthetic groups / and carriers: Thiamine / phosphomethylpyrimidine kinase / thiD / Clostridium difficile 630 / virulence / pathogenesis / alpha/beta fold / TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta-alpha fold / ABC transporter / Single-stranded left-handed beta-helix / gamma-carbonic anhydrase-like / alpha-beta structure / SBP fold / shikimate dehydrogenase 1 / Alpha/Beta protein / Peptidoglycan-Binding Protein / Glutamine Hydroxamate / Hypothetical Protein / blaD / CELL ADHESION / Collagen-binding Adhesin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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