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Structure paper

タイトルHistone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
ジャーナル・号・ページCell(Cambridge,Mass. ), Vol. 149, Page 214-231, Year 2012
掲載日2006年11月17日 (構造データの登録日)
著者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. ...Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
リンクCell(Cambridge,Mass. ) / PubMed:22464331
手法X線回折
解像度1.35 - 2.54 Å
構造データ

PDB-2nxb:
Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-2oo1:
Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2oss:
Crystal structure of the Bromo domain 1 in human Bromodomain Containing Protein 4 (BRD4)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-2ouo:
Crystal Structure of the Bromo domain 2 in human Bromodomain Containing Protein 4 (BRD4)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

PDB-2rfj:
Crystal structure of the bromo domain 1 in human bromodomain containing protein, testis specific (BRDT)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3d7c:
Crystal structure of the bromodomain of human GCN5, the general control of amino-acid synthesis protein 5-like 2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-3dai:
Crystal structure of the bromodomain of the human ATAD2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3dwy:
Crystal Structure of the Bromodomain of Human CREBBP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-3gg3:
Crystal Structure of the Bromodomain of Human PCAF
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-3hme:
Crystal structure of human bromodomain containing 9 isoform 1 (BRD9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.23 Å

PDB-3hmf:
Crystal Structure of the second Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-3hmh:
Crystal structure of the second bromodomain of human TBP-associated factor RNA polymerase 1-like (TAF1L)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3i3j:
Crystal Structure of the Bromodomain of Human EP300
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.33 Å

PDB-3iu5:
Crystal structure of the first bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-3iu6:
Crystal structure of the sixth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-3lxj:
Crystal Structure of the Bromodomain of Human AAA domain containing 2B (ATAD2B)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.33 Å

PDB-3mb3:
Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-3mb4:
Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) with NMP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-3mqm:
Crystal Structure of the Bromodomain of human ASH1L
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.54 Å

PDB-3nxb:
Crystal Structure of the Bromodomain of human CECR2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-3p1c:
Crystal structure of the bromodomain of human CREBBP in complex with acetylated lysine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-3p1d:
Crystal structure of the bromodomain of human CREBBP in complex with N-Methyl-2-pyrrolidone (NMP)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-3q2e:
Crystal structure of the second bromodomain of human bromodomain and WD repeat-containing protein 1 isoform A (WDR9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.74 Å

PDB-3rcw:
Crystal Structure of the bromodomain of human BRD1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.21 Å

PDB-3tlp:
Crystal structure of the fourth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.13 Å

PDB-3uv2:
Crystal structure of the bromodomain of human nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-3uv4:
Crystal Structure of the second bromodomain of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

PDB-3uv5:
Crystal Structure of the tandem bromodomains of human Transcription initiation factor TFIID subunit 1 (TAF1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

PDB-3uvd:
Crystal Structure of the bromodomain of human Transcription activator BRG1 (SMARCA4) in complex with N-Methyl-2-pyrrolidone
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-3uvw:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H4K5acK8ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.37 Å

PDB-3uvx:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H4K12acK16ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-3uvy:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H4K16acK20ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-3uw9:
Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H4K8acK12ac)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-7PE:
2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-IPA:
ISOPROPYL ALCOHOL / 2-プロパノ-ル / alkaloid*YM

ChemComp-MB3:
1-methylpyrrolidin-2-one / N-メチルピロリドン

ChemComp-ALY:
N(6)-ACETYLLYSINE / N6-アセチル-L-リシン

ChemComp-SCN:
THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

ChemComp-FMT:
FORMIC ACID / ギ酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / BRD3 / bromodomain containing protein 3 / ORFX / RING3 like gene / RING3L / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / BRD4 / bromodomain containing protein 4 / TRANSCRIPTION REGULATOR / BRDT / bromodomain containing protein testis specific / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / GCN5 / bromodomain / amino-acid synthesis / Host-virus interaction / Phosphoprotein / Transferase / BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATPase family / AAA domain containing 2 / ANCCA / AAA+ nuclear coregulator cancer-associated PRO2000 protein / two AAA domain containing protein / ATP-binding / Nucleotide-binding / CREB binding protein / Activator / Disease mutation / Metal-binding / Methylation / Zinc-finger / PCAF / K(lysine) acetyltransferase 2B / KAT2B / GCN5L / P / P/CAF / CREBBP-associated factor / p300/CBP-associated factor / Acyltransferase / Cell cycle / BRD9 / bromodomain containing 9 isoform 1 / LAVS3040 / PRO9856 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8 / Sarcoma antigen NY-SAR-29 / PB1 / polybromo 1 isoform 1 / BAF180 / Polybromo-1D / PBRM1 / BRG1-associated factor 180 / Chromatin regulator / DNA-binding / MGC134910 / TAF2A2 / Disulfide bond / Structural Genomics Bromodomain / P300 / Consortium / Citrullination / Polybromo0ID / HYDROLASE / AAA domain containing 2B / ATAD2B / PHIP / Pleckstrin homology domain interacting protein / DCAF14 / ndrp / DDB1 and CUL4 associated factor 14 / WD repeat / ASH1L / Ash1 / KIAA1420 / Absent small and homeotic disks protein 1 homolog / Lysine N-methyltransferase 2H / KMT2H / CECR2 / cat eye syndrome chromosome region candidate 2 / CBP / CREBBP / CREB binding protein isoform a / KAT3A / RSTS / RST / cell cycle progression / signal transduction / apoptosis / gene regulation / Down syndrome region-2 on chromosome 21 / BPTF / FALZ / FAC1 / Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal Alzheimer antigen / Tandem bromodomain / TAF1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TFII-250 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / TRANSCRIPTION/PROTEIN BINDING / CAP / HUNK1 / MCAP / Mitotic chromosome associated protein / peptide complex / PROTEIN BINDING / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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