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Structure paper

タイトルDevelopment and characterization of novel indazole-based PPAR-gamma partial agonists
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2024年8月12日 (構造データの登録日)
著者Koops, A.A. / Oerlemans, G.J.M. / Brunsveld, L.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.8 - 2.7 Å
構造データ

PDB-9gfu:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO172
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gvp:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with WG115
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-9gvs:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AK176_C
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gw3:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW56
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-9gw4:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW78
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gw7:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW76
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gw8:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW75
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwb:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW69
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwc:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW99
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-9gwe:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW87
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gwf:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW100
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-9gwg:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW88
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-9gwh:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW77
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gwi:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW23
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwk:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO6A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwl:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO157
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwm:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO108
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwn:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW30
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwp:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with MRL-871 with two distinct binding modes
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.55 Å

PDB-9gwq:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO6D
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gwr:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gws:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwx:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO141
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gwy:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO78
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-9gx0:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO79
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gx1:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO80
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gx2:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO82
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-9gx3:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9gx4:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO156
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gx5:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO173
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.45 Å

PDB-9gx6:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO166
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gx7:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with WG17
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gxd:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO27
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gz7:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO29
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9gz8:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO46
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gz9:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO48
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9gza:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO50
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9gzb:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO52
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gzc:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO142
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-9gze:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO72
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9gzf:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO88
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

PDB-9gzi:
Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with LW98
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

化合物

PDB-1ik6:
3D structure of the E1beta subunit of pyruvate dehydrogenase from the archeon Pyrobaculum aerophilum

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1ipp:
HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX

PDB-1ipr:
Unknown entry

PDB-1ipw:
INORGANIC PYROPHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA COLI WITH THREE MAGNESIUM IONS

PDB-1ips:
ISOPENICILLIN N SYNTHASE FROM ASPERGILLUS NIDULANS (MANGANESE COMPLEX)

PDB-1ipu:
Unknown entry

PDB-1irg:
INTERFERON REGULATORY FACTOR-2 DNA BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES

PDB-1ipz:
Unknown entry

PDB-1ipx:
Unknown entry

PDB-1ipv:
Unknown entry

PDB-1ipt:
Unknown entry

PDB-1ip1:
G37A HUMAN LYSOZYME

PDB-1ip0:
NMR STRUCTURE OF HUMAN BETACELLULIN-2

PDB-1ipy:
Unknown entry

PDB-1ip9:
SOLUTION STRUCTURE OF THE PB1 DOMAIN OF BEM1P

PDB-1ip7:
G129A HUMAN LYSOZYME

PDB-1ip6:
G127A HUMAN LYSOZYME

PDB-1ip4:
G72A HUMAN LYSOZYME

ChemComp-4F1:
4-{1-[2-chloro-6-(trifluoromethyl)benzoyl]-1H-indazol-3-yl}benzoic acid

PDB-1iqa:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF MOUSE RANK LIGAND

PDB-1ip3:
G68A HUMAN LYSOZYME

PDB-1iqb:
Crystal Structure of Urtica dioica Agglutinin Isolectin I

PDB-1ip8:
Unknown entry

PDB-1iqd:
Human Factor VIII C2 Domain complexed to human monoclonal BO2C11 Fab.

PDB-1iqg:
Human coagulation factor Xa in complex with M55159

PDB-1iqi:
Human coagulation factor Xa in complex with M55125

PDB-1ip5:
G105A HUMAN LYSOZYME

PDB-1iqe:
Human coagulation factor Xa in complex with M55590

PDB-1iqc:
Crystal structure of Di-Heme Peroxidase from Nitrosomonas europaea

PDB-1iqj:
Human coagulation factor Xa in complex with M55124

PDB-1iql:
Human coagulation factor Xa in complex with M54476

PDB-1iqh:
Human coagulation factor Xa in complex with M55143

PDB-1iqf:
Human coagulation factor Xa in complex with M55165

PDB-1iq8:
Crystal Structure of archaeosine tRNA-guanine transglycosylase from Pyrococcus horikoshii

PDB-1iq7:
Ovotransferrin, C-Terminal Lobe, Apo Form

PDB-1iq6:
(R)-HYDRATASE FROM A. CAVIAE INVOLVED IN PHA BIOSYNTHESIS

PDB-1iq5:
Calmodulin/nematode CA2+/Calmodulin dependent kinase kinase fragment

PDB-1iq4:
5S-RRNA BINDING RIBOSOMAL PROTEIN L5 FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS

PDB-1iq3:
SOLUTION STRUCTURE OF THE EPS15 HOMOLOGY DOMAIN OF A HUMAN POB1

PDB-1ird:
Crystal Structure of Human Carbonmonoxy-Haemoglobin at 1.25 A Resolution

PDB-1ira:
COMPLEX OF THE INTERLEUKIN-1 RECEPTOR WITH THE INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST (IL1RA)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR / PPAR gamma / PPARg / peroxisome proliferator-activated receptor gamma / nuclear receptor / transcription factor / partial agonist / agonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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