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- PDB-1iq6: (R)-HYDRATASE FROM A. CAVIAE INVOLVED IN PHA BIOSYNTHESIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iq6
タイトル(R)-HYDRATASE FROM A. CAVIAE INVOLVED IN PHA BIOSYNTHESIS
要素(R)-SPECIFIC ENOYL-COA HYDRATASE
キーワードLYASE / hydratase / (R)-hydratase / enoyl-CoA hydratase / polyhydroxyalkanoate / Aeromonas caviae / the hydratase 2 motif
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase 2 / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Fatty acid synthase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / (R)-specific enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas punctata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hisano, T. / Tsuge, T. / Fukui, T. / Iwata, T. / Doi, Y.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the (R)-specific enoyl-CoA hydratase from Aeromonas caviae involved in polyhydroxyalkanoate biosynthesis
著者: Hisano, T. / Tsuge, T. / Fukui, T. / Iwata, T. / Miki, K. / Doi, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY ANALYSIS OF (R)-SPECIFIC ENOYL-COA HYDRATASE FROM AEROMONAS CAVIAE INVOLVED IN POLYHYDROXYALKANOATE BIOSYNTHESIS
著者: Hisano, T. / Fukui, T. / Iwata, T. / Doi, Y.
#2: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1998
タイトル: EXPRESSION AND CHARACTERIZATION OF (R)-SPECIFIC ENOYL-COA HYDRATASE INVOLVED IN POLYHYDROXYALKANOATE BIOSYNTHESIS BY AEROMONAS CAVIAE
著者: Fukui, T. / SHIOMI, N. / Doi, Y.
#3: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1997
タイトル: CLONING AND ANALYSIS OF THE POLY(3-HYDROXYBUTYRATE-CO-3-HYDROXYHEXANOATE) BIOSYNTHESIS GENES OF AEROMONAS CAVIAE
著者: Fukui, T. / Doi, Y.
履歴
登録2001年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (R)-SPECIFIC ENOYL-COA HYDRATASE
B: (R)-SPECIFIC ENOYL-COA HYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2583
ポリマ－28,1982
非ポリマー601
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.03, 57.82, 46.97
Angle α, β, γ (deg.)90, 112.74, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 (R)-SPECIFIC ENOYL-COA HYDRATASE / (R)-HYDRATASE


分子量: 14099.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas punctata (バクテリア) / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32472, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
解説: THE INITIAL STRUCTURE WAS DETERMINED AT 3.0 A RESOLUTION BY MIRAS WITH NATIVE DATA AND THREE SETS OF DERIVATIVE DATA, ALL OF WHICH WERE COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE WITH A ROTATING ANODE X- ...解説: THE INITIAL STRUCTURE WAS DETERMINED AT 3.0 A RESOLUTION BY MIRAS WITH NATIVE DATA AND THREE SETS OF DERIVATIVE DATA, ALL OF WHICH WERE COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE WITH A ROTATING ANODE X-RAY GENERATOR. THIS MODEL WAS USED TO PHASE THE 1.5 A DATA COLLECTED AT 100K WITH SYNCHROTRON RADIATION BY MOLECULAR REPLACEMENT, AND REFINED BY MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG4000, HEPES, ISOPROPANOL, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG40001reservoir
25 %2-propanol1reservoir
320 mMHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 52985 / % possible obs: 99.4 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 52985 / % possible obs: 99.4 % / Num. measured all: 198695 / Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
PHASES位相決定
CNS1精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: A STRUCTURE OF (R)-HYDRATASE FROM A.CAVIAE DETERMINED BY MIRAS AT 3.0 A RESOLUTION

解像度: 1.5→19.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2183 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 43253 99.4 %-
all-43253 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.65 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.58 Å20 Å20.7 Å2
2--2.58 Å20 Å2
3---1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 0 351 2317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.612.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 373 5.1 %
Rwork0.246 6879 -
obs--100 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 19.15 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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