PDB: 103 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

---

1U04	Crystal structure of full length Argonaute from Pyrococcus furiosus 分子名称: hypothetical protein PF0537 著者 Song, J.J, Smith, S.K, Hannon, G.J, Joshua-Tor, L. 登録日 2004-07-12 公開日 2004-08-17 最終更新日 2021-10-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 Crystal Structure of Argonaute and Its Implications for RISC Slicer Activity Science, 305, 2004
4F3T	Human Argonaute-2 - miR-20a complex 分子名称: PHENOL, Protein argonaute-2, RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*G*CP*AP*GP*G)-3') 著者 Elkayam, E, Kuhn, C.-D, Tocilj, A, Joshua-Tor, L. 登録日 2012-05-09 公開日 2012-05-30 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.25 Å) 主引用文献 The Structure of Human Argonaute-2 in Complex with miR-20a. Cell(Cambridge,Mass.), 150, 2012
6D8A	RsAgo Ternary Complex with guide RNA and Target DNA Containing A-A Bulge Within the Seed Segment of the Target Strand 分子名称: (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, ACETATE ION, DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*C)-3'), ... 著者 Liu, Y, Esyunina, D, Olovnikov, I, Teplova, M, Patel, D.J. 登録日 2018-04-26 公開日 2018-07-25 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.251 Å) 主引用文献 Accommodation of Helical Imperfections in Rhodobacter sphaeroides Argonaute Ternary Complexes with Guide RNA and Target DNA. Cell Rep, 24, 2018
5G5S	Structure of the Argonaute protein from Methanocaldcoccus janaschii 分子名称: 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL, ARGONAUTE, MAGNESIUM ION 著者 Schneider, S, Oellig, C.A, Keegan, R, Grohmann, D, Zander, A, Willkomm, S. 登録日 2016-06-03 公開日 2017-02-08 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.29 Å) 主引用文献 Structural and mechanistic insights into an archaeal DNA-guided Argonaute protein. Nat Microbiol, 2, 2017
4KXT	Structure of human ARGONAUTE1 in complex with guide RNA 分子名称: Protein argonaute-1, RNA 著者 Nakanishi, K, Patel, D.J. 登録日 2013-05-28 公開日 2013-07-31 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.294 Å) 主引用文献 Eukaryote-Specific Insertion Elements Control Human ARGONAUTE Slicer Activity. Cell Rep, 3, 2013
4OLA	Crystal Structure of Human Argonaute2 分子名称: 5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*U)-3', ISOPROPYL ALCOHOL, PHENOL, ... 著者 Schirle, N.T, MacRae, I.J. 登録日 2014-01-23 公開日 2014-02-05 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 The crystal structure of human Argonaute2. Science, 336, 2012
4Z4C	Human Argonaute2 Bound to t1-C Target RNA 分子名称: ISOPROPYL ALCOHOL, MAGNESIUM ION, PHENOL, ... 著者 Schirle, N.T, MacRae, I.J. 登録日 2015-04-02 公開日 2015-09-23 最終更新日 2024-03-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.303 Å) 主引用文献 Water-mediated recognition of t1-adenosine anchors Argonaute2 to microRNA targets. Elife, 4, 2015
5GUH	Crystal structure of silkworm PIWI-clade Argonaute Siwi bound to piRNA 分子名称: MAGNESIUM ION, PIWI, RNA (28-MER) 著者 Matsumoto, N, Nishimasu, H, Ishitani, R, Nureki, O. 登録日 2016-08-29 公開日 2016-10-19 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Crystal Structure of Silkworm PIWI-Clade Argonaute Siwi Bound to piRNA Cell, 167, 2016
4KPY	DNA binding protein and DNA complex structure 分子名称: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3'), DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'), DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'), ... 著者 Sheng, G, Zhao, H, Wang, J, Rao, Y, Wang, Y. 登録日 2013-05-14 公開日 2014-01-29 最終更新日 2024-05-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.406 Å) 主引用文献 Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 111, 2014
4NCA	Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA 19-mer and target DNA in the presence of Mg2+ 分子名称: 5'-D(*AP*CP*AP*AP*CP*C)-3', 5'-D(P*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3', 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3', ... 著者 Sheng, G, Zhao, H, Wang, J, Rao, Y, Wang, Y. 登録日 2013-10-24 公開日 2014-01-15 最終更新日 2024-05-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.489 Å) 主引用文献 Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 111, 2014
5JS1	Human Argonaute2 Bound to an siRNA 分子名称: MAGNESIUM ION, PHENOL, Protein argonaute-2, ... 著者 Schirle, N.T, MacRae, I.J. 登録日 2016-05-07 公開日 2016-07-20 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.499 Å) 主引用文献 Structural Analysis of Human Argonaute-2 Bound to a Modified siRNA Guide. J.Am.Chem.Soc., 138, 2016
4W5T	The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-7 分子名称: MAGNESIUM ION, PHENOL, Protein argonaute-2, ... 著者 Schirle, N.T, MacRae, I.J. 登録日 2014-08-18 公開日 2014-11-12 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Gene regulation. Structural basis for microRNA targeting. Science, 346, 2014
1YTU	Structural basis for 5'-end-specific recognition of the guide RNA strand by the A. fulgidus PIWI protein 分子名称: 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*G)-3', 5'-R(P*UP*GP*UP*C)-3', MAGNESIUM ION, ... 著者 Ma, J.B, Yuan, Y.R, Meister, G, Pei, Y, Tuschl, T, Patel, D.J. 登録日 2005-02-11 公開日 2005-04-05 最終更新日 2023-11-15 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Structural basis for 5'-end-specific recognition of guide RNA by the A. fulgidus Piwi protein. Nature, 434, 2005
4W5R	The Crystal Structure of Human Argonaute2 Bound to a Guide and Target RNA Containing Seed Pairing from 2-8 (Long Target) 分子名称: ISOPROPYL ALCOHOL, MAGNESIUM ION, PHENOL, ... 著者 Schirle, N.T, MacRae, I.J. 登録日 2014-08-18 公開日 2014-11-12 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Gene regulation. Structural basis for microRNA targeting. Science, 346, 2014
8D6J	Human Ago2 bound to miR122(21nt) with PIWI loop swapped to AtAgo10 sequence 分子名称: MAGNESIUM ION, Protein argonaute-2, RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*UP*U)-3') 著者 Xiao, Y, MacRae, I. 登録日 2022-06-06 公開日 2023-05-03 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 A tiny loop in the Argonaute PIWI domain tunes small RNA seed strength. Embo Rep., 24, 2023
8D71	Human Ago2 bound to miR122(21nt) 分子名称: MAGNESIUM ION, Protein argonaute-2, miR-122-21nt 著者 Xiao, Y, MacRae, I. 登録日 2022-06-07 公開日 2023-05-03 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 A tiny loop in the Argonaute PIWI domain tunes small RNA seed strength. Embo Rep., 24, 2023
8OK9	Heterodimeric complex of Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein Af1318 (AfAgo) with DNA and AfAgo-N protein containing N-L1-L2 domains 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, ACETIC ACID, Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein, ... 著者 Manakova, E.N, Zaremba, M. 登録日 2023-03-27 公開日 2024-01-24 最終更新日 2024-03-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 The missing part: the Archaeoglobus fulgidus Argonaute forms a functional heterodimer with an N-L1-L2 domain protein. Nucleic Acids Res., 52, 2024
6MFN	Human Argonaute2-miR-27a bound to HSUR1 target RNA 分子名称: PHENOL, Protein argonaute-2, RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*UP*AP*A)-3'), ... 著者 Sheu-Gruttadauria, J, MacRae, I.J. 登録日 2018-09-11 公開日 2019-08-07 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Structural Basis for Target-Directed MicroRNA Degradation. Mol.Cell, 75, 2019
1Z26	Structure of Pyrococcus furiosus Argonaute with bound tungstate 分子名称: Argonaute, TUNGSTATE(VI)ION 著者 Rivas, F.V, Tolia, N.H, Song, J.J, Aragon, J.P, Liu, J, Hannon, G.J, Joshua-Tor, L. 登録日 2005-03-07 公開日 2005-04-05 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Purified Argonaute2 and an siRNA form recombinant human RISC. Nat.Struct.Mol.Biol., 12, 2005
4Z4H	Human Argonaute2 A481T Mutant Bound to t1-A Target RNA 分子名称: MAGNESIUM ION, PHENOL, Protein argonaute-2, ... 著者 Schirle, N.T, MacRae, I.J. 登録日 2015-04-02 公開日 2015-09-23 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.504 Å) 主引用文献 Water-mediated recognition of t1-adenosine anchors Argonaute2 to microRNA targets. Elife, 4, 2015
5T7B	Argonaute-2 - 5'-(E)-vinylphosphonate 2'-O-methyl-uridine modified mrTTR guide RNA complex 分子名称: PHENOL, Protein argonaute-2, RNA (UVP)UAUAGAGCAAGAACACUGUU 著者 Elkayam, E, Joshua-Tor, L. 登録日 2016-09-02 公開日 2016-12-14 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.529 Å) 主引用文献 Protein structure To Be Published
3HO1	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute N546 mutant protein complexed with DNA guide strand and 12-nt RNA target strand 分子名称: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T*AP*GP*T)-3', 5'-R(P*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3', MAGNESIUM ION, ... 著者 Wang, Y, Li, H, Sheng, G, Patel, D.J. 登録日 2009-06-01 公開日 2009-10-06 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes. Nature, 461, 2009
6D9L	Ternary RsAgo Complex with Guide RNA and Target DNA Containing G-A Non-canonical Pair 分子名称: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*AP*C)-3'), MAGNESIUM ION, RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*CP*GP*A)-3'), ... 著者 Liu, Y, Esyunina, D, Olovnikov, I, Teplova, M, Patel, D.J. 登録日 2018-04-30 公開日 2018-07-25 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Accommodation of Helical Imperfections in Rhodobacter sphaeroides Argonaute Ternary Complexes with Guide RNA and Target DNA. Cell Rep, 24, 2018
5XOU	Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 7T8 on the guide strand 分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'), DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'), MAGNESIUM ION, ... 著者 Sheng, G, Wang, J, Zhao, H, Wang, Y. 登録日 2017-05-31 公開日 2017-10-04 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.63 Å) 主引用文献 Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes Nucleic Acids Res., 45, 2017
5GQ9	Crystal structure of Thermus thermophilus Argonaute in complex with g1C siDNA and DNA target 分子名称: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'), DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'), MAGNESIUM ION, ... 著者 Zhao, H, Sheng, G, Wang, Y. 登録日 2016-08-06 公開日 2017-08-09 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.7 Å) 主引用文献 Crystal structure of Thermus thermophilus Argonaute in complex with g1C siDNA and DNA target To Be Published

<12345>