4ECX
 
 | | Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: Reaction in the AT crystal at pH 7.0 for 300 sec | | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | | 著者 | Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2012-03-26 | | 公開日 | 2012-07-11 | | 最終更新日 | 2024-03-20 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.744 Å) | | 主引用文献 | Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond
Nature, 487, 2012
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7K1N
 | | CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) | | 分子名称: | DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*A)-3'), DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3'), DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, ... | | 著者 | Chen, X, Gellert, M, Yang, W. | | 登録日 | 2020-09-08 | | 公開日 | 2021-01-06 | | 最終更新日 | 2024-03-06 | | 実験手法 | ELECTRON MICROSCOPY (3.9 Å) | | 主引用文献 | Structure of an activated DNA-PK and its implications for NHEJ.
Mol.Cell, 81, 2021
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7K17
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4ECT
 | | Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: Reaction in the AT crystal at pH 7.0 for 140 sec | | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... | | 著者 | Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2012-03-26 | | 公開日 | 2012-07-11 | | 最終更新日 | 2024-03-20 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.795 Å) | | 主引用文献 | Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond
Nature, 487, 2012
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4ED0
 | | Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: AT crystal at pH 6.8 (Na+ MES) with 1 Ca2+ ion | | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... | | 著者 | Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2012-03-26 | | 公開日 | 2012-07-11 | | 最終更新日 | 2024-03-20 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.653 Å) | | 主引用文献 | Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond
Nature, 487, 2012
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4Q8E
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4ECZ
 | | Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: AT crystal at pH 6.5 (Na+ MES) with 1 Ca2+ ion | | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... | | 著者 | Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2012-03-26 | | 公開日 | 2012-07-11 | | 最終更新日 | 2024-03-20 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.834 Å) | | 主引用文献 | Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond
Nature, 487, 2012
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4Q8F
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4ED8
 | | Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: Reaction in the TG crystal at pH 7.0, Normal translocation | | 分子名称: | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*G)-3'), ... | | 著者 | Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2012-03-27 | | 公開日 | 2012-07-11 | | 最終更新日 | 2024-03-20 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.521 Å) | | 主引用文献 | Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond
Nature, 487, 2012
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1U2J
 | | Crystal structure of the C-terminal domain from the catalase-peroxidase KatG of Escherichia coli (P21 21 21) | | 分子名称: | Peroxidase/catalase HPI | | 著者 | Carpena, X, Melik-Adamyan, W, Loewen, P.C, Fita, I. | | 登録日 | 2004-07-19 | | 公開日 | 2004-10-05 | | 最終更新日 | 2023-08-23 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) | | 主引用文献 | Structure of the C-terminal domain of the catalase-peroxidase KatG from Escherichia coli.
Acta Crystallogr.,Sect.D, 60, 2004
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1U2K
 | | Crystal structure of the C-terminal domain from the catalase-peroxidase KatG of Escherichia coli (I41) | | 分子名称: | Peroxidase/catalase HPI | | 著者 | Carpena, X, Melik-Adamyan, W, Loewen, P.C, Fita, I. | | 登録日 | 2004-07-19 | | 公開日 | 2004-10-05 | | 最終更新日 | 2023-08-23 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2 Å) | | 主引用文献 | Structure of the C-terminal domain of the catalase-peroxidase KatG from Escherichia coli.
Acta Crystallogr.,Sect.D, 60, 2004
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4DL2
 | | Human DNA polymerase eta inserting dCMPNPP opposite CG template (GG0a) | | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, DNA (5'-D(*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), ... | | 著者 | Zhao, Y, Biertumpfel, C, Gregory, M, Hua, Y, Hanaoka, F, Yang, W. | | 登録日 | 2012-02-05 | | 公開日 | 2012-05-09 | | 最終更新日 | 2023-09-13 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.15 Å) | | 主引用文献 | Structural Basis for Chemoresistance to Cisplatin Mediated by DNA Polymerase eta
Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 109, 2012
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4DL5
 | | Human DNA polymerase eta inserting dCMPNPP opposite the 5'G of cisplatin crosslinked Gs (Pt-GG2). | | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, Cisplatin, DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), ... | | 著者 | Zhao, Y, Biertumpfel, C, Gregory, M, Hanaoka, F, Hua, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2012-02-05 | | 公開日 | 2012-05-09 | | 最終更新日 | 2023-09-13 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.92 Å) | | 主引用文献 | Structural Basis for Chemoresistance to Cisplatin Mediated by DNA Polymerase eta
Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 109, 2012
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4DL6
 | | Human DNA polymerase eta extending primer immediately after cisplatin crosslink (Pt-GG3). | | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, Cisplatin, DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*CP*C)-3'), ... | | 著者 | Zhao, Y, Biertumpfel, C, Gregory, M, Hua, Y, Hanaoka, F, Yang, W. | | 登録日 | 2012-02-05 | | 公開日 | 2012-05-09 | | 最終更新日 | 2023-09-13 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) | | 主引用文献 | Structural Basis for Chemoresistance to Cisplatin Mediated by DNA Polymerase eta
Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 109, 2012
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4DL3
 | | Human DNA polymerase eta inserting dCMPNPP opposite GG template (GG0b). | | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*C)-3'), ... | | 著者 | Zhao, Y, Biertumpfel, C, Gregory, M, Hua, Y, Hanaoka, F, Yang, W. | | 登録日 | 2012-02-05 | | 公開日 | 2012-05-09 | | 最終更新日 | 2023-09-13 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.1 Å) | | 主引用文献 | Structural Basis for Chemoresistance to Cisplatin Mediated by DNA Polymerase eta
Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 109, 2012
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4DL4
 | | Human DNA polymerase eta inserting dCMPNPP opposite the 3'G of cisplatin crosslinked Gs (Pt-GG1). | | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, Cisplatin, DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), ... | | 著者 | Zhao, Y, Biertumpfel, C, Gregory, M, Hua, Y.-J, Hanaoka, F, Yang, W. | | 登録日 | 2012-02-05 | | 公開日 | 2012-05-09 | | 最終更新日 | 2023-09-13 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2 Å) | | 主引用文献 | Structural Basis for Chemoresistance to Cisplatin Mediated by DNA Polymerase eta
Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 109, 2012
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8I0K
 | | Cryo-electron microscopic structure of the 2-oxoglutarate dehydrogenase(E1) with TCAIM complex | | 分子名称: | 2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate, 2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E1, CALCIUM ION, ... | | 著者 | Yu, X, Yang, W, Zhong, Y.H, Ma, X.M, Gao, Y.Z. | | 登録日 | 2023-01-11 | | 公開日 | 2024-05-01 | | 実験手法 | ELECTRON MICROSCOPY (2.86 Å) | | 主引用文献 | Cryo-electron microscopic structure of the 2-oxoglutarate dehydrogenase (E1) with TCAIM complex
To Be Published
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4Y00
 | | Crystal Structure of Human TDP-43 RRM1 Domain with D169G Mutation in Complex with an Unmodified Single-stranded DNA | | 分子名称: | DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*T)-3'), TAR DNA-binding protein 43 | | 著者 | Chiang, C.H, Kuo, P.H, Yang, W.Z, Yuan, H.S. | | 登録日 | 2015-02-05 | | 公開日 | 2016-02-10 | | 最終更新日 | 2023-11-08 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (3 Å) | | 主引用文献 | Structural analysis of disease-related TDP-43 D169G mutation: linking enhanced stability and caspase cleavage efficiency to protein accumulation
Sci Rep, 6, 2016
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6KN5
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6M7T
 | | Human DNA polymerase eta in a non-productive ternary complex with Ca2+ and dTTP oppositing cdA | | 分子名称: | 1,2-ETHANEDIOL, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), ... | | 著者 | Weng, P, Gao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2018-08-21 | | 公開日 | 2018-09-12 | | 最終更新日 | 2023-10-11 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (2.8 Å) | | 主引用文献 | Bypassing a 8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosine lesion by human DNA polymerase eta at atomic resolution.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 115, 2018
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6M7U
 | | Human DNA polymerase eta in a non-productive ternary complex with Mg2+ and dTMPNPP oppositing cdA | | 分子名称: | 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine, CHLORIDE ION, DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), ... | | 著者 | Weng, P, Gao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2018-08-21 | | 公開日 | 2018-09-12 | | 最終更新日 | 2023-10-11 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (3.4 Å) | | 主引用文献 | Bypassing a 8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosine lesion by human DNA polymerase eta at atomic resolution.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 115, 2018
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6M7P
 | | Human DNA polymerase eta extension complex with cdA at the -2 position | | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*CP*(02I)P*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), ... | | 著者 | Gregory, M.T, Yang, W. | | 登録日 | 2018-08-20 | | 公開日 | 2018-09-12 | | 最終更新日 | 2023-10-11 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (1.75 Å) | | 主引用文献 | Bypassing a 8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosine lesion by human DNA polymerase eta at atomic resolution.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 115, 2018
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6M7O
 | | Human DNA polymerase eta ternary complex with Mn2+ and dTMPNPP oppositing cdA | | 分子名称: | 5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]thymidine, DNA (5'-D(*AP*TP*(02I)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(P*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G*(1FZ))-3'), ... | | 著者 | Weng, P, Gao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2018-08-20 | | 公開日 | 2018-09-12 | | 最終更新日 | 2023-10-11 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (3 Å) | | 主引用文献 | Bypassing a 8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosine lesion by human DNA polymerase eta at atomic resolution.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 115, 2018
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6M7V
 | | Human DNA polymerase eta extension complex with cdA at the -1 position | | 分子名称: | 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(P*(02I)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*T)-3'), ... | | 著者 | Weng, P, Gao, Y, Yang, W. | | 登録日 | 2018-08-21 | | 公開日 | 2018-09-12 | | 最終更新日 | 2023-10-11 | | 実験手法 | X-RAY DIFFRACTION (3.062 Å) | | 主引用文献 | Bypassing a 8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosine lesion by human DNA polymerase eta at atomic resolution.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 115, 2018
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6N7W
 | | Structure of bacteriophage T7 leading-strand DNA polymerase (D5A/E7A)/Trx in complex with a DNA fork and incoming dTTP (from multiple lead complexes) | | 分子名称: | DNA (25-MER), DNA (77-MER), DNA-directed DNA polymerase, ... | | 著者 | Gao, Y, Fox, T, Val, N, Yang, W. | | 登録日 | 2018-11-28 | | 公開日 | 2019-03-06 | | 最終更新日 | 2024-03-20 | | 実験手法 | ELECTRON MICROSCOPY (4.5 Å) | | 主引用文献 | Structures and operating principles of the replisome.
Science, 363, 2019
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