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254件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、145473件になりました。(10月17日付)

その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。

2018-10-17 (last edited: more than 1 year ago)2017-08-31
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登録や検証、編集処理に使用されているOneDepシステムは、 X線自由電子レーザー(XFEL)と連続フェムト秒結晶構造解析(SFX)によって解析された構造に対して、メタデータの収集範囲を拡張しました。 登録者は、結晶搬送法の詳細、 集光光学系、パルスエネルギー、周波数、使用した結晶の数など、データ測定についての詳細を、 XFEL及びSFX実験に特化したPDBx/mmCIFカテゴリ内に、入力できるようになりました。

PDBアーカイブ中の既存のXFELエントリーについては、登録者に連絡をとり、情報を追加する予定です。

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2018-10-03

トーゴーの日シンポジウム2018

(2018年10月5日(金) 日本科学未来館

口頭発表 (講演プログラム)

  1. 10月5日(金)11:35~11:50「 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化・統合化と創薬研究
    発表者: 栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所)

ポスター発表 (日程・一覧)

  1. No. 9 「 Linked Open Dataを利用するアラインメントビューアの開発
    発表者: 藤 博幸 (関西学院大学理工学部)
  2. No. 42 「 PDBアーカイブの検証レポートのRDF化
    発表者: 横地 政志(大阪大学蛋白質研究所)
  3. No. 43「 統合化されたNMRデータベース、BMRBと深層学習への応用
    発表者: 小林 直宏(大阪大学蛋白質研究所)
2018-10-01
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PDBjが開発・提供しているmmJSONファイルが、これまでの RESTインターフェースに加えて、 PDBjのFTPサイトからもご利用頂けるようになりました

詳細は、mmJSONヘルプページをご覧ください。
2018-09-28
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wwPDBは、信頼できるデジタルリポジトリとして、CoreTrustSealの認定を受けました。 CoreTrustSealは、データリポジトリの認証のための統一された国際組織として、国際科学会議世界科学データシステム(ICSU World Data System)とData Seal of Approval(DSA)によって、設立されました。 この認定の要件は、PDBデータの管理やプロジェクトの組織及び管理の完全なライフサイクルを広くカバーしています。 wwPDBは、永続的な公共の利益として、自由にアクセス可能な、実験的に決定された生物学的高分子の構造データの唯一の国際アーカイブを維持するために、CoreTrustSealの基準に準拠するよう努めています。

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2018-09-12 (last edited: 1 month ago)2018-09-12

荘銀タクト鶴岡 にて開催される生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)にてPDBjランチョンセミナーを開催します。

日時
2018年9月20日(木)12:30-13:30
場所
荘銀タクト鶴岡 会議室 (B会場) [会場]
講演者
PDBj とwwPDB の最近の活動について」栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所)
Introduction to PDBj services for searching and exploring the PDB” BEKKER, Gert-Jan (大阪大学蛋白質研究所)

要旨および ランチョンセミナープログラムもご覧ください。

2018-09-09 (last edited: 2 weeks ago)2018-10-04

岡山大学、津島キャンパスにて開催される第56回日本生物物理学会年会にてPDBjランチョンセミナーを開催します。

日時
2018年9月16日(日)11:45-12:35
場所
岡山大学 津島キャンパス D会場(A棟3階 A36) [交通アクセス]
講演者
「wwPDB検証レポートの活用法」“Making full use of the wwPDB validation reports” 横地 政志(大阪大学蛋白質研究所)
「遺伝研スパコンとDDBJの紹介」“Introduction to NIG Supercomputer and DDBJ” 有田 正規(国立遺伝学研究所)

要旨およびランチョンセミナープログラムもご覧ください。

2018-09-07 (last edited: 3 weeks ago)2018-10-02
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OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー(連絡先)情報で、 これまで任意となっていた研究者ID番号(ORCiD)が、必須となりました。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。

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2018-07-23

7/10(火)に物質・材料研究機構にて開催される統合データベース講習会:AJACS筑波4でPDBjからも講演を行います。

日時
2018年7月10日(火)9:30-17:30(開場および受付開始は、開始時間の30分前)
場所
物質・材料研究機構 千現地区研究本館1階第2会議室(茨城県つくば市千現1-2-1)アクセス Google Map
参加費
無料
持ち物
パソコン ※会場に電源、無線LANの環境あり
PDBjからの講演
16:00-17:30「タンパク質立体構造データベース(PDBj)」 鈴木 博文(大阪大学蛋白質研究所)

※他の講演内容についてはAJACS筑波4をご覧ください

2018-07-05 (last edited: 4 months ago)2018-07-05
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wwPDBのOneDepシステムは、登録、検証、編集処理で使用されていますが、 OneDepシステムから登録する際に必要なコンタクトオーサー(連絡先)情報で、 現在は任意となっている研究者ID番号(ORCID)が、夏以降に必須となる予定です。 この変更によって、wwPDBが、PDBエントリーを登録者に正しく結びつけられるようになります。 将来的には、ORCIDがOneDep登録システムへのログイン認証に使用される予定です。

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2018-06-27 (last edited: 4 months ago)2018-06-27

朱鷺メッセ(新潟県新潟市)で開催される第18回日本蛋白質科学会年会にて、化学情報協会(JAICI)と合同でランチョンセミナーを開催します。

日時:
2018年6月28日(木) 11:45 - 12:35
場所:
C会場(中会議室 302B)
講演内容・演者:
演題 演者 所属
PDBとBMRB: データベースの高度化と機械学習への応用(PDB and BMRB: Innovation of database and application to machine learning) 小林 直宏(Naohiro Kobayashi) 大阪大学蛋白質研究所(Institute for Protein Research, Osaka University)
ケンブリッジ結晶構造データベース(CSD) - 創薬のための極めて重要なリソース (The Cambridge Structural Database (CSD): An invaluable resource for drug discovery) Dr. Paul Sanschagrin Cambridge Crystallographic Data Centre, USA

詳細はこちらの資料(PDB:669KB)をご覧ください。

2018-06-15 (last edited: 4 months ago)2018-07-13
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新しいバージョン(V3.0)のOneDepでは、公開前に、PDBやEMDBエントリーのデータを差し替える際の手続きが改善されています。 V3.0では、新しいファイルが登録セッションにマージされる前に、全ての新しいデータのチェックと検証が行われます。 データが更新される度に、新しい検証レポートが作成されます。 登録者は検証レポートを慎重に確認し、ハイライト表示された問題は、全て調査する必要があります。 登録者は、アーカイブへデータを再提出する前に、検証レポートを承認する必要があります。 今回のバージョンアップによって、データの差し替え過程で以前のデータが誤って削除されることがなくなり、 ファイルの差し替えに伴うエラーが減少し、新しいファイルを効率よく編集することが可能になります。 深刻なデータのエラーや、バージョン間のデータの矛盾は、登録者が確認できるように表示され、再提出の前に修正できます。 全体として、これらの変更は、データの品質とファイルの差し替え手続きの透明性を向上させるはずです。 新しいファイルの差し替え手続きについてのご質問やコメントは、 登録サイトからセッションにログインし、 コミュニケーションタブからwwPDBへお問い合わせください。

加えて、wwPDBは、OneDepにおける個人情報の取り扱いについて、オープンで明確であることを確認しています。 EU一般データ保護規則(GDPR)による変更に準拠するよう、wwPDBのプライバシー・ポリシーページを更新しました。 プライバシー・ポリシーについてのご質問は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで英語にてお寄せください。

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2018-05-25
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2018年に、米国保健福祉省(U.S. Department of Health and Human Services)の研究公正局(Office of Research Integrity, ORI)は、 H.M. Krishna Murthy事件の最終的な調査で、研究不正行為があったと発表しました。 Murthy氏は、10件の研究論文と、それらに対応する12件のPDB構造において、偽造及び/又は捏造した研究を報告したことが判明しました 。 研究公正局がこの問題で証拠を集めて評価している間に、 Murthy氏の5件のPDB構造は、4件の研究論文の撤回に対応するwwPDBの方針に従って、すでに廃止(obsolete)されました。 2018年4月23日に受け取ったORIからの正式な要請に応じて、Murthy氏の残りの7つのPDB構造は、wwPDBの方針に従って再び廃止されました。 ORIの調査は、研究上の不正行為で非難された個人に対し、適正な手続きを行うことを目的としており、厳格な機密保持が維持されています。 研究不正行為の調査結果だけが公表されています。

2009年12月に、アラバマ大学バーミンガム校(UAB)は、 当時、研究責任者(PI)とUAB雇用者という立場で発表した、H.M. Krishna Murthy氏のPDBエントリー12件と 10件の関連出版物を取り下げる予定であることを発表しました。 UABの要請に応じてwwPDBがレビューを行い、wwPDBの方針に従って、構造のうちの5つは、関連する文献の撤回時に廃止されました。 UABの要請に応じてwwPDBがレビューを行い、wwPDBの方針に従って、残りの7件の構造は、ORIからの要請を受けた際に廃止されました。

この事件の詳細なPDBの経緯は、wwPDBサイトをご覧ください。 .

構造の検証と、アーカイブデータのリソースとしてのPDBの役割

PDBは、構造モデルとその関連実験データを保存し、アノテーションを行い、配布するアーカイブリソースです。 wwPDBは、X線(2008年)、NMR(2009年)及び、Cryo-EM(2010年)(EMDataBankと協力)に対して、 検証に関する専門委員会(Validation Task Forces)を招集し、 構造が登録された際に、構造(モデル構造、実験データ、モデルとデータの適合)を検証する際に使用する最も適切な評価基準について、助言を行っています。 検証に関する専門家委員会の提言は、PDB構造の登録、アノテーション及び検証を行う、wwPDBのOneDepシステムの一部に取り入れられてきました。

wwPDBの検証手続きの結果は、検証レポートに取り込まれます。 このレポートは、登録者に提供され、対応する論文が投稿される際に登録者から学術誌にも提出されます。 このような報告書が利用できることで、構造的データの信頼性の評価や、学術誌の編集者と査読者によるその解釈が、同じように非常に容易になっています。 wwPDBは、生体高分子の構造データを扱う学術誌に、投稿論文と一緒にwwPDBの検証レポートの提出を求めるよう、要請しています。 wwPDBパートナーの継続的な使命は、国際的な構造生物学コミュニティの支援を受けて、構造アーカイブを完全に守り、品質を向上させることです。

以下の文献もご覧ください。

  • Case Summary: Murthy, Krishna H.M. (2018) US Department of Health and Human Services, The Office of Research Integrity
  • Findings of Research Misconduct Notice 2018-07782 (2018) Federal Register 83: 16370
  • Berman, H. M., G. J. Kleywegt, H. Nakamura, J. L. Markley and S. K. Burley (2010). "Safeguarding the integrity of protein archive." Nature 463(7280): 425 doi: 10.1038/463425c.
  • Baker, E. N., Z. Dauter, H. Einspahr and M. S. Weiss (2010). "In defence of our science--validation now!" Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66(Pt 2): 115 doi: 10.1107/S1744309110001326

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2018-05-10 (last edited: 6 months ago)2018-05-10
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蛋白質立体構造予測の国際コンテスト (CASP)は、蛋白質の立体構造モデリングの最先端技術を進歩させることを目的とした、研究者コミュニティの実験です。 1994年以来隔年で、CASPは、間もなく公開される実験構造に関する情報を集め、配列データを構造モデリングのコミュニティへ伝え、 評価のための構造のブラインド予測を収集しています。 世界中から、およそ100個のモデリング団体が参加してきました。 CASP実験の結果は、学術誌Proteinsの特別号に掲載されています (例えばCASP12)。

CASPの成功は、構造決定のコミュニティの寛大さにかかっています。 CASP組織は現在、5月初めに開始される予定のCASP13実験のターゲットを求めています。 CASPコミュニティは、テンプレートありとなしのモデリングのために、 広い難易度にわたるモデリングターゲットを必要としています。 X線結晶解析、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡法によるいずれの構造でも歓迎ですが、 膜蛋白質、蛋白質複合体、低温電子顕微鏡法の構造に特に関心があります。 また、CASP組織は、蛋白質材料が必要とされる NMR、SAXS(X線小角散乱法)、SANS(中性子小角散乱法)、crosslinking(架橋操作と質量分析)、FRET(蛍光共鳴エネルギー移動測定)の 実験グループと連携して、まばらな実験データによって支援されたモデリングを、より多く含めるようにCASPを拡張しています (もちろんこれは、ほとんどのターゲットでは期待されていませんが、もし利用できる場合、ぜひお願いします!)

従って、もし該当するデータをお持ちであれば、PDB登録の際に、wwPDBのOneDep登録システム上で、「CASPターゲット」の印をつけてください。 あるいは、CASP13ターゲットの登録ページから直接、あなたの蛋白質がCASPであると示唆してください。

以前CASPにターゲットを提供していない場合でも、簡単かつすぐに手続きできます。 PDBの公開前には構造を必要としません。そして十分に前もってお知らせ頂ければ(公開の最低3週間前ですが、もっと余裕がある方が良い) 構造の公開を遅らせる必要はありません。 詳細はCASP13のページをご覧ください。

CASPターゲットの提供者は、以下の例のように、定期的に特別号の論文に寄稿するよう招待されます。

  • 2018: Kryshtafovych A, Albrecht R, Baslé A, Bule P, Caputo AT, Carvalho AL, Chao KL, Diskin R, Fidelis K, Fontes CMGA, Fredslund F, Gilbert HJ, Goulding CW, Hartmann MD, Hayes CS, Herzberg O, Hill JC, Joachimiak A, Kohring GW, Koning RI, Lo Leggio L, Mangiagalli M, Michalska K, Moult J, Najmudin S, Nardini M, Nardone V, Ndeh D, Nguyen TH, Pintacuda G, Postel S, van Raaij MJ, Roversi P, Shimon A, Singh AK, Sundberg EJ, Tars K, Zitzmann N, Schwede T. (2018). Target highlights from the first post-PSI CASP experiment (CASP12, May-August 2016). Proteins 86 (S1), 27-50. doi: 10.1002/prot.25392. PMID: 28960539
  • 2016: Kryshtafovych A, Moult J, Baslé A, Burgin A, Craig TK, Edwards RA, Fass D, Hartmann MD, Korycinski M, Lewis RJ, Lorimer D, Lupas AN, Newman J, Peat TS, Piepenbrink KH, Prahlad J, van Raaij MJ, Rohwer F, Segall AM, Seguritan V, Sundberg EJ, Singh AK, Wilson MA, Schwede T. (2016). Some of the most interesting CASP11 targets through the eyes of their authors. Proteins 84 (S1), 34-50. doi: 10.1002/prot.24942. PMID: 26473983
  • 2014: Kryshtafovych A, Moult J, Bales P, Bazan JF, Biasini M, Burgin A, Chen C, Cochran FV, Craig TK, Das R, Fass D, Garcia-Doval C, Herzberg O, Lorimer D, Luecke H, Ma X, Nelson DC, van Raaij MJ, Rohwer F, Segall A, Seguritan V, Zeth K, Schwede T. (2014). Challenging the state-of-the-art in protein structure prediction: Highlights of experimental target structures for the 10th critical assessment of techniques for protein structure prediction experiment CASP10. Proteins 82 (S2), 26-42. doi: 10.1002/prot.24489. PMID: 24318984
  • 2011: Kryshtafovych A, Moult J, Bartual SG, Bazan JF, Berman H, Casteel DE, Christodoulou E, Everett JK, Hausmann J, Heidebrecht T, Hills T, Hui R, Hunt JF, Seetharaman J, Joachimiak A, Kennedy MA, Kim C, Lingel A, Michalska K, Montelione GT, Otero JM, Perrakis A, Pizarro JC, van Raaij MJ, Ramelot TA, Rousseau F, Tong L, Wernimont AK, Young J, Schwede T. (2011). Target highlights in CASP9: Experimental target structures for the critical assessment of techniques for protein structure prediction. Proteins 79 (S10), 6-20. doi: 10.1002/prot.23196. PMID: 22020785

CASP組織委員会
John Moult, University of Maryland, USA
Krzysztof Fidelis, University of California, Davis, USA
Andriy Kryshtafovych, University of California, Davis, USA
Torsten Schwede, University of Basel, Switzerland

連絡先: casp@predictioncenter.org
詳細情報: http://www.predictioncenter.org/casp13/index.cgi
ターゲットの登録: http://www.predictioncenter.org/casp13/targets_submission.cgi

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2018-04-12 (last edited: 7 months ago)2018-04-12
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PDBアーカイブの全てのエントリーについて、検証レポートが更新され、レポート内の統計グラフも、2017年12月31日時点のアーカイブ情報を反映したものとなっています。 また、CCP4/Refmac (7.0 v44)、Phenix (1.13)、Mogul (2018)など、更新されたソフトウェアやCSDアーカイブ(as539be)が使用されています。 電子密度に上手くフィットしないリガンドを識別するために、これまではLLDF統計が使用されてきましたが、 実空間R因子(RSR>0.4) と実空間相関係数(RSCC<0.8)の組み合わせに置き換わりました。 標準アミノ酸や核酸が電子密度に一致しないことの識別は、Refmacソフトウェアが、登録者のR因子をいかに確実に再現するかを考慮するよう、修正されました。 wwPDBサイトのドキュメントは、これら変更を反映して更新されています。

更新されたレポートは、以下のFTPサイトからご利用頂けます。

更新前の検証レポートは、RCSB PDBPDBjのスナップショットにて、ご覧頂けます。

更新された検証レポートでは、検証に関する専門委員会(Validation Task Force)の意見を取り入れ、 広く受け入れられている評価基準を使って、構造の品質が評価されています。 wwPDBパートナーは、学術誌の編集者や査読者に、論文の投稿・査読過程の中で、著者に検証レポートの提出を求めるよう、推奨しています。 レポートには、日付とwwPDBのロゴが表示されており、その構造がどこのwwPDB拠点で処理されたかにかかわらず、同じ情報が含まれています。 すでに、複数の学術誌 (NatureeLifeThe Journal of Biological Chemistrythe International Union of Crystallography (IUCr) journalsFEBS journalsJournal of ImmunologyAngew Chem Int Ed Engl) では、論文投稿の過程で、wwPDB検証レポートの提出が求められます。

また、OneDep(wwPDBの登録・アノテーション・検証ポータルシステム)では、登録者に検証レポートが提供されます。 wwPDBは、スタンドアロンの検証サーバーや、 ウェブサービスAPIを使って、 登録者が登録前に構造を検証することを推奨しています。 登録者は、データを登録する過程で、レポートの内容を確認し、承認することが求められます。 今後も、X線やNMR、電子顕微鏡(EM)の専門委員会(VTF)、リガンド検証の専門家の意見を取り入れ、 また、登録者やユーザからのフィードバックを集めながら、更に検証レポートを開発し、改善していく予定です。

wwPDBによる、構造検証レポートに関する以下の論文も参照してください。
Validation of Structures in the Protein Data Bank (2017) Structure 25: 1916-1927 doi: 10.1016/j.str.2017.10.009.

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2018-03-29
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学術雑誌 Databaseから、論文 Worldwide Protein Data Bank biocuration supporting open access to high-quality 3D structural biology dataが公開されました。

PDBに登録されたデータは全て、wwPDBのバイオキュレーター(アノテーション、キュレーション処理担当者)によって、厳格な審査を受けます。 処理担当者は、構造データが首尾一貫しているか検査を行い、規定の用語を使って標準化し、 他の生物学的データリソースとの相互参照を追加し、科学的又は技術的な正確さのために検証を行います。

バイオキュレーションは、生物学的分子の構造データを、正確で一貫性があり総合的な表現にするために、PDBデータのアーカイブにとって不可欠なものです。 これによって、科学者や教育者、学生、世界中の興味を持つ人々がデータを効率的で効果的に使用できるようになります。

この論文では、PDBへ登録される構造生物学データに対するバイオキュレーションの重要性、 wwPDBのバイオキュレーション手続き、高い品質のアーカイブを維持する上での熟練したバイオキュレーターの役割 を述べています。

Worldwide Protein Data Bank biocuration supporting open access to high-quality 3D structural biology data
Jasmine Y. Young, John D. Westbrook, Zukang Feng, Ezra Peisach, Irina Persikova, Raul Sala, Sanchayita Sen, John M. Berrisford, G. Jawahar Swaminathan, Thomas J. Oldfield, Aleksandras Gutmanas, Reiko Igarashi, David R. Armstrong, Kumaran Baskaran, Li Chen, Minyu Chen, Alice R. Clark, Luigi Di Costanzo, Dimitris Dimitropoulos, Guanghua Gao, Sutapa Ghosh, Swanand Gore, Vladimir Guranovic, Pieter M. S. Hendrickx, Brian P. Hudson, Yasuyo Ikegawa, Yumiko Kengaku, Catherine L. Lawson, Yuhe Liang, Lora Mak, Abhik Mukhopadhyay, Buvaneswari Narayanan, Kayoko Nishiyama, Ardan Patwardhan, Gaurav Sahni, Eduardo Sanz-García, Junko Sato, Monica R. Sekharan, Chenghua Shao, Oliver S. Smart, Lihua Tan, Glen van Ginkel, Huanwang Yang, Marina A. Zhuravleva, John L. Markley, Haruki Nakamura, Genji Kurisu, Gerard J. Kleywegt, Sameer Velankar, Helen M. Berman, Stephen K. Burley
Database 2018: bay002 (2018) doi: 10.1093/database/bay002

RCSB PDB News Image
Biocurators at a 2014 wwPDB Summit

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2018-02-22 (last edited: 8 months ago)2018-02-22
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PDBjのJava分子ビューアjVの新たなバージョン4.5.4を公開しました。

変更内容はコード署名に用いている証明書の更新だけで、機能上の変更点はありません。

Javaアプレットを埋め込んだウェブサイトを運営されている場合は更新が必要な場合があります。詳細は以下をご覧ください。

利用種別 対処 備考
バイナリファイル(jar)版 更新の必要なし 既にローカルマシンにダウンロードされているjarファイルを実行するもの。 機能上の違いはなくローカルで実行する上で証明書の確認はないので更新の必要はありませんが、 更新しても構いません。
Java Web Start(jnlp)版 更新の必要なし 起動の度にインターネット経由で最新のソフトをダウンロードするもの。 常に最新のものを配信しているので利用者側で特に対処の必要はありません。
ウェブサイトのJavaアプレット(注) 独自に配置したjVを参照している場合は更新の必要あり

ウェブサイトに埋め込んだJavaアプレットが独自に配置したjVを参照している場合、 その配置しているjVを更新する必要があります。 更新しないと証明書の期限切れでjVが起動できなくなります。

(注)現在、FirefoxGoogle ChromeなどのWebブラウザ最新版ではJavaアプレットを利用できなくなっています。

2018-02-08
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2018年1月1日現在の、PDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト (wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org)に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

ディレクトリ 20180101は、 136,472件の実験的に決定された座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 スナップショットのサイズは、1034GBあります。

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2018-01-11 (last edited: 10 months ago)2018-01-11

2018年2月20日(火)、大阪大学吹田キャンパスにて、大阪大学蛋白研セミナー / PDBj & BINDS 合同講習会を開催します。

PDBjに収納されている生体高分子の立体構造データには、生命科学の研究に広く役立つ有用な情報が含まれています。本講習会では、立体構造データの検索法、分子表示ソフトの使い方、ホモロジー・モデリングの方法などを、初心者にもわかりやすく説明します。また最近注目されているクライオ電子顕微鏡によるデータの解説や、創薬等先端支援技術プラットフォーム(BINDS)による研究支援申請方法、生命科学の総合データベースVaProSの紹介も行います。

講習会概要

日時 2018年2月20日(火)13:00~18:00 (受付は 12:30 〜 )
会場 大阪大学吹田キャンパス 銀杏会館 [Google Map]大会議室(大阪府吹田市)
演者・演題
  • 13:00-13:20 由良 敬(早稲田大・先進理工): BINDS事業の紹介
  • 13:20-13:50 栗栖 源嗣(大阪大・蛋白研): PDBjの活動の紹介
  • 13:50-14:30 岩﨑 憲治(大阪大・蛋白研): クライオ電子顕微鏡技術の紹介
  • 14:30-14:40 == 休憩 ==
  • 14:40-15:20 由良 敬(早稲田大・先進理工): 生命科学総合データベースVaProS
  • 15:20-15:50 工藤 高裕(大阪大・蛋白研): PDBjのWEBサービスの紹介
  • 15:50-16:00 == 休憩 ==
  • 16:00-17:00 鈴木 博文(大阪大・蛋白研): クライオ電顕の密度マップと原子モデルの可視化 
  • 17:00-18:00 川端 猛(大阪大・蛋白研): ホモロジー・モデリングと複合体の検索・モデリングサーバHOMCOSの紹介
対象 学部生、大学院生、研究者の方
参加費 無料
定員数 50名 (先着順)
PCについて 原則として各自でノートPCを持参していただくようお願いたします。 無線LANが使用できるPCであればOSはWindowsでもMacでもかまいません。

また、各自でマウスとACアダプタをお持ちいただくことをお奨め致します。

阪大で保有するWindows PCの貸し出しも行いますので、希望される方は参加申し込みの際お知らせください。 なお、貸し出し用PCの数には限りがあります。希望者が多い場合は先着順とさせていただきます。
ソフトウエアのインストール お持ち込みのノートPCに、講習で用いるソフトウェアUCSF ChimeraとMODELLERを事前にインストールしていただくようお願いします。

なお、これらのソフトウェアを無償で利用できる方は大学など非営利団体に所属する方に限られ、営利企業に所属される方については有償となる場合があります。詳細はUCSF Chimeraの利用規約およびMODELLERの利用規約をご覧ください。 企業の方でインストールが難しい方は貸し出しPCの使用をお勧めいたします。

当日の会場はネットワークの混雑が予想されます。PCをご持参される方は、 できれば、以下のデータを前もってダウンロードいただくようお願い致します。

申し込み 参加申し込みページよりお申し込みください。
お問い合わせ PDBjお問い合わせフォームよりお問い合わせください。
主催
共催

講義・講習概要

由良 敬(早稲田大・先進理工): BINDS事業の紹介 [講義資料]

創薬等先端支援技術プラットフォーム(BINDS)事業では、生体高分子の構造解析、タンパク質生産、ケミカルシーズ・リードの探索と構造展開、ゲノミクス解析およびバイオインフォマティクス解析などの最先端技術をもつ研究者を集めてプラットフォームを構築し、さまざまな研究の支援活動を行っています。ここでは、BINDSがもつ技術の概要と、どのようにして支援を受けることができるかを紹介します。

栗栖 源嗣(大阪大・蛋白研): PDBjの活動の紹介 [講義資料]

PDBjは、wwPDBのメンバーとして国際的な共同作業により、蛋白質等の生体高分子の構造を登録し、PDB(Protein Data Bank)データとして座標と実験データを全世界に無償で公開しています。今回は、PDBjの新しい体制と、wwPDBで行ってきた厳しい品質管理について紹介します。関連してPDBjで進めている構造データに対する検証レポートの充実について、今後の計画を含めて解説します。

岩﨑 憲治(大阪大・蛋白研): クライオ電子顕微鏡技術の紹介 [講義資料]

2017年のノーベル化学賞の受賞理由にもなったクライオ電子顕微鏡技術は、急速な進歩を遂げました。生体分子の原子モデルを結晶なしで画像のみから得られるようになり、PDBへの登録数も急増しています。BINDS事業内では、国内ではトップ、世界でもトップクラスの分解能2.3Åに到達し、水分子の可視化にも成功しています。その技術の利点と課題点をご紹介致します。

由良 敬(早稲田大・先進理工): 生命科学総合データベースVaProS [講義資料]

現在の生命科学研究は、莫大な量のデータを生み出しています。それらのデータは生命現象を俯瞰する材料ですので、うまく解析することができれば、新たな知見を見いだすことや、新たな仮説を構築することができるはずです。しかし生命ビッグデータを解析する道具は、まだ完備できていません。VaProSは生命ビッグデータの解析に挑戦するアプリケーションです。VaProSをどのように使うことで、どのようなことがわかるかを紹介します。

工藤 高裕(大阪大・蛋白研): PDBjのWEBサービスの紹介 [講義資料] [付録]

PDBjではPDBデータを検索するためのウェブサービス「PDBj Mine」を提供しています。これはPDBデータファイルの内容を関係データベースに取り込み、ウェブ経由でPDBデータを検索できるようにしたものです。PDBj Mineではキーワードでの検索に加え、公開日、著者名、生物種、鎖のタイプや長さ、含まれるリガンドなど様々な条件で結果を絞り込むこともできます。各PDBエントリーの情報ページには、よく参照される情報を構造、機能などのカテゴリごとに分類して表示しています。また分子をマウス等で対話的に操作できる分子ビューアを埋め込んだページも用意しています。本講習会ではこのPDBj Mineを使った検索と結果の閲覧について紹介と実習を行います。

鈴木 博文(大阪大・蛋白研): クライオ電顕の密度マップと原子モデルの可視化 [講義資料] [演習資料]

この講習は、「データベースに登録されているクライオ電顕の立体構造データを見る」をテーマとし、PC操作の伴う実習とします。 前半では、演者の開発しているEM Navigatorを利用し、クライオ電顕研究の動向などの情報収集、データの検索、閲覧、評価などを体験します。 後半はUCSF-Chimeraを利用し、3次元マップデータと原子モデルの閲覧と評価を実施します。 立体構造の研究の初心者、「結晶学ならわかるが電顕データはよくわからない」といった方を想定した講習にする予定です。

川端 猛(大阪大・蛋白研): ホモロジー・モデリングと複合体の検索・モデリングサーバHOMCOSの紹介 [講義資料]

アミノ酸配列と立体構造を結び付ける立体構造予測法のなかで、もっとも簡便で信頼性が高い方法は、近縁のタンパク質の立体構造を鋳型にするホモロジー・モデリング法です。本演習では、PDBjのサービスと、UCSF Chimera、およびMODELLERを使用したモデル構造の作成法を説明します。また、他のタンパク質・低分子化合物などとの複合体の立体構造の検索・ホモロジー・モデリングを支援するHOMCOSサーバの紹介も行います。

2018-01-05 (last edited: 8 months ago)2018-02-20
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