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345件のPDBエントリーが新たに公開されました。 公開済みのPDBエントリーは、166301件になりました。(7月8日付)

その他の更新情報は、PDB / EMDB 最新情報ページをご覧ください。

作成日: 2020-07-08
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国や公的機関からの研究費ではまかなえない広報活動を充実・整備することを目的としたPDBjへの寄付窓口を大阪大学未来基金に開設しました。

寄付金は所得税や住民税の控除対象となります。税制上の優遇措置について詳しくはこちらをご覧ください。

皆さまのご支援をお待ちしております。

作成日: 2020-04-27 (最終更新日: 3 months ago)2020-04-27
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PDB-Devウェブサイトを更新しました

新しく改善されたPDB-Devウェブサイトをご利用頂けるようになりました。 PDB-Devは、wwPDBが統合構造のアーカイブ要件を理解するために役立つプロトタイプシステムであり、 wwPDB 統合/ハイブリッド法専門委員会(wwPDB Integrative/Hybrid Methods (I/HM) Task Force)の提言に基づいて構築されました。 PDB-Devには現在、37件の生体高分子複合体の統合構造があります。

更新されたPDB-Devウェブインターフェイスは、動的で応答性の高いウェブページを提供し、2つの新機能が含まれています。

  • PDB-Devにアーカイブされた構造の検索を容易にする新しい検索サービス。 現在の実装では、高分子名、エントリーの識別子、実験データ種別、著者名、引用文献、ソフトウェア、その他いくつかのキーワードによる検索をサポートしています。 ブール演算子とワイルドカードを使用した複雑なクエリをサポートしています。 検索結果はcsvまたはExcelファイルとしてダウンロードできます。
  • 公開済みエントリーに対する個々のエントリーページ、強調表示した各構造の主要な詳細、ダウンロードリンク。

PDB-Devチームは、ユーザからのフィードバックを歓迎します。 コメントやご提案がございましたら、pdb-dev@mail.wwpdb.orgまで、英語にてお送りください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-04-10
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大阪大学蛋白質研究所では、2000年からPDBjの活動を開始し、欧米と協調して国際的蛋白質構造データバンクを推進し、基礎から応用まで幅広い研究分野に対して蛋白質構造データを国内から発信・供与してまいりました。その業績「国際的蛋白質構造データバンク構築への貢献と統合利用の振興」に対し、2020年4月7日付にて、PDBjの前統括責任者の中村 春木(国立大学法人大阪大学名誉教授)と現統括責任者の栗栖 源嗣(国立大学法人大阪大学蛋白質研究所教授)が、令和2年度科学技術分野の文部科学大臣表彰科学技術賞(振興部門)を受賞することが発表されました。

参照:令和2年度科学技術分野の文部科学大臣表彰受賞者の決定について:文部科学省

作成日: 2020-04-08 (最終更新日: 3 months ago)2020-04-08
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2020年4月15日から、電子顕微鏡データバンク(EMDB)は、一次マップと関連ファイルの公開の前にエントリーのメタデータ (いわゆるXMLヘッダファイル)を公開する手続きを終了します。

EMDBマップの新しい登録に対しては、マップが公開されるまで、メタデータはEMDBのFTPアーカイブに公開されません。 すでにメタデータが公開済みの未公開エントリーについては、マップが公開されるまで、状態に変更はありません。 EMDBは、登録者に、できるだけマップを早く公開するよう求めます。

EMDBヘッダファイルの事前公開を廃止することは、EMDBとwwPDBのポリシーと処理手順に合致させる過程の一環です。 EMDBポリシーの詳細については、EMDBサイトの文書をご覧ください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-04-08
作成日: 2020-03-20 (最終更新日: 4 months ago)2020-03-25
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PDBjでは,猛威をふるう新型コロナウイルス感染症(COVID-19)に直接関連する構造情報をまとめて公開しました。 新型コロナウイルス(SevereAcute Respiratory Syndrome Coronavirus 2: SARS-CoV-2)がもつ蛋白質の情報を、 何処よりも早く正確に公開します。

【COVID-19特集ページ】
https://pdbj.org/featured/covid-19

【今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ】
https://numon.pdbj.org/mom/242

作成日: 2020-03-11 (最終更新日: 4 months ago)2020-03-12
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2020年7月に、wwPDBは糖鎖分子の標準化された表現を使って、PDB構造ファイルと参照データファイルを更新し、PDBデータの発見可能性(Findability)と相互運用可能性(Interoperability)を改善します。 この改善作業に関する詳細情報とPDBx/mmCIF辞書の拡張情報、500件以上のサンプルファイルは、 wwPDBサイトからご利用いただけます 。 PDBデータを作成・アクセスしたり、または視覚化するソフトウェアパッケージの開発者は、変更情報を確認して、必要に応じてソフトウェアを更新することをお勧めします。

糖質科学のコミュニティと協力して、化合物辞書(CCD)内の800近い単糖類の原子命名法を標準化するソフトウェアツールを開発しました。 このツールは、PDBアーカイブ内のオリゴ糖や多糖を、分岐ポリマー表現(branched polymeric representation)で表すことができるほか、糖鎖生物学でよく用いられる他の分子表現に変換することもできます。 影響を受けるPDBエントリーおよそ12,000件のそれぞれにおいて、オリゴ糖/多糖の明確な化学的記述を保証するために、単量体単位間の共有結合情報の明示的な記述を含めました。 一般的なオリゴ糖(例えば、ショ糖、ルイスX因子)を継続的に確実に発見するために、 BIRD(Biologically Interesting molecule Reference Dictionary; ペプチド様 の抗生物質・阻害剤分子の辞書)を拡張しました。 これには、共有結合情報や分子の一般的な別名が含められます。

wwPDBは、この機会を利用して、新しいデータカテゴリ_pdbx_chem_comp_synonymsを導入することにより、CCD内の化学的同義語の体系を改善しています。 これにより、PDB内の低分子の代替名称をより包括的にとらえることが可能になります。 ユーザーへの影響を最小限に抑えるために、最初の移行期間をもうけ、その間はレガシーデータ項目_chem_comp.pdbx_synonymsも保持されます。

carbohydrate News image上図の構造は: 1b5f

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-02-26 (最終更新日: 5 months ago)2020-02-27
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2020年2月18日から、全ての公開済みのPDBエントリーの登録者(PI)は、同じPDBアクセッションコードを保持したままモデル座標を更新でき、そのPDB IDの論文とのリンクを維持できるようになります。 バージョニングプロジェクトの最終段階では、現在のwwPDB OneDepシステムが開始される前に登録された構造についても、バージョン管理機能を拡張しました。

OneDepで登録されたエントリーについては、登録者はまずOneDep登録サイトにログインし、コミュニケーションパネルから、変更したい旨を連絡をする必要があります。 OneDep以前の古いシステムから登録されたエントリーについては、最初に deposit-help@mail.wwpdb.org宛のメールで希望を連絡し、件名と本文にPDB IDを記載する必要があります。 新しい座標の登録後、wwPDBのバイオキュレータが再処理を行い、登録者の確認後、直ちに新しいバージョンが公開されます。 PDBエントリーのバージョニングは、座標等の変更に限定され、登録済みの実験データ(構造因子)の差替え・変更は行えません。 座標の変更は、年間に1エントリー当たり1回まで、一人の研究責任者(PI)に対して3件のエントリーまでに制限しています。 通常の登録作業とのバランスを検証した後、この制限は2021年に見直す予定です。

各エントリーの最新のバージョンは、メインPDBアーカイブのFTPサイト(ftp.pdbj.org [PDBj]/ ftp.wwpdb.org [wwPDB])で公開されます。全てのメジャーバージョンのPDB構造ファイルは、バージョン化アーカイブ(ftp-versioned.pdbj.org [PDBj]/ ftp-versioned.wwpdb.org [wwPDB])に保管されます。詳細は、wwPDBウェブサイトをご覧ください。バージョン化アーカイブの構造は、将来のPDBアクセションコードの拡張を想定したものとなっています。そのためPDBエントリー1abcのファイルは、pdb_00001abcというフォルダ内に配置されています。

バージョニング管理の中でエントリーに行われる変更は、「メジャー」又は「マイナー」のどちらかに分類されます。 原子座標やポリマー配列、化合物等の化学的な表現に更新があると、メジャーバージョンが一つ増えることになります。他の変更は「マイナー」バージョンの更新になります。バージョン化の中で行われた変更はすべて、PDBx/mmCIFファイルのauditカテゴリに記録されます。

PDBバージョニングについて何かご質問がございましたら、wwPDB(deposit-help@mail.wwpdb.org)まで、英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-02-20
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PDBデータが、蛋白質構造に基づいた新薬発見の出発点となります。

新型コロナウイルス(2019-nCoVコロナウイルス)由来の3CL加水分解酵素(Mpro)の高分解能の結晶構造を、上海科技大学のRao Zihe氏とYang Haitao氏が率いる研究チームが決定しました。 このウイルスのメインプロテアーゼ構造(PDB 6lu7)が直ちに一般に公開されることで、新たに認識されたヒト病原体に関する研究が進むことが期待されます。

新型コロナウイルス(2019-nCoV)の最近の出現により、WHOは公衆衛生上の緊急事態を宣言し、国際的な懸念事項となっています。 この特定のウイルスをより深く理解し、さらなる拡散を防ぐための治療法とワクチンを開発するために、世界中で多大な研究努力がなされています。

この特定のコロナウイルス由来の酵素で決定された構造は、現在のところ6LU7のみですが、PDBには、他のコロナウイルス由来の酵素の構造が多数存在します。 2003年に、関係が深い重症急性呼吸器症候群コロナウイルス(SARS)が出現し、このウイルスについて最初の構造がPDBに登録されましたが、 現在は、SARS蛋白質の構造について200を超えるPDBエントリーが公開されています。 これら関連する蛋白質の構造情報は、コロナウイルスを更に理解するために、又、ウイルスをこれ以上発生させないための新しい治療法とワクチンの開発に不可欠です。

メインプロテアーゼとしても知られるコロナウイルス由来の3CL加水分解酵素(Mpro)は、 ウイルスの蛋白質分解の成熟に不可欠です。 ウイルスのポリ蛋白質の切断を阻害し、感染の拡大を防ぐ低分子薬の発見にとって有望なターゲットであると考えられています。

2019-nCoVコロナウイルス由来の3CL加水分解酵素(Mpro)のアミノ酸配列を、PDBアーカイブのエントリーと比較すると、 少なくとも90%の配列相同性を持つ蛋白質が95件のPDBエントリーで同定されました。 さらに、これらの関連蛋白質構造には、約30個の異なる低分子阻害剤が含まれており、新薬の発見に役立つ可能性があります。 2019-nCoVコロナウイルスの3CL加水分解酵素(Mpro)とSARSウイルスのメインプロテアーゼ(PDB 1q2w)の間で、アミノ酸配列の相同性が96%という 非常によく一致しているのは、創薬において特に重要です。 これら密接に関連するPDB構造についての要約データが利用でき、 (CSVファイル) 、容易にこの情報を見つけることができます。 さらに、PDBには、2番目のウイルスプロテアーゼ、RNAポリメラーゼ、ウイルススパイク蛋白質、ウイルスRNA、その他の蛋白質など、 200を超えるPDBエントリー中に20を超える固有のSARS蛋白質の3次元構造データが保管されています (CSVファイル)。

2019-nCoVコロナウイルス由来の3CL加水分解酵素(Mpro)の公開により、この情報が最も重要で価値があると証明できる時期に、 科学データがオープンでタイムリーに利用できることの重要性が強調されます。 wwPDBは、可能な限り包括的かつ正確なアーカイブを維持する一方で、高分子の構造データを誰もが自由に利用できるように努めています。 この新しい構造と関連ウイルスの構造により、研究者や臨床医が2019-nCoVコロナウイルスによる世界規模の緊急事態へ対処するのに役立つことを願っています。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-02-05 (最終更新日: 5 months ago)2020-02-05
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本日、リニューアルしたEDMapサービスを開始しました。 新しいバージョンのEDMapは、新エントリーについては、最近、wwPDBから導入された電子密度マップ係数を表示します。 既存のエントリーに対しては、古いデータが使われますが、デフォルトのマップ表示領域が、10 Å から25 Å に大きくなるように改良されています。

新エントリーに対しては、wwPDBから提供されているマップ係数 (2fo-fc と fo-fc)の両方、またはどちらかを選べるようになっています。 一方、既存のエントリーに対しては、PDBjが作成した(2fo-fc)のオリジナルのマップ係数だけがご利用できます。 さらに、ダウンロードについて、新しいwwPDBのマップに対しては、構造因子ファイル、mmCIFフォーマットファイル、私達が作成したMTZおよび フルマップのCCP4ファイルをご利用頂けます。一方、既存のエントリーについては、これまでのパイプラインで生成されてきた精密化ファイルとともに、 構造因子ファイルとCCP4ファイルだけがご利用頂けます。 これまでのように、CCP4フォーマットで作成されたローカルマップは、両方のタイプで、ダウンロードしてご利用頂けます。

FTPサイトに保管されているデータについては、全ての新しいwwPDBマップ係数が更新されるまでの間は、我々の既存のデータは、 これまで通り、ftp://ftp.pdbj.org/edmap/から、ご利用頂けます。 wwPDBのマップデータについては、FTPサイトの"validation_reports"フォルダから公開されています。
  • /pub/pdb/validation_reports/*/*/*_validation_fo-fc_map_coef.cif.gz
  • /pub/pdb/validation_reports/*/*/*_validation_2fo-fc_map_coef.cif.gz

一方、MTZファイルと、CCP4ファイルにつきましては、以下の新しい"edmap2"フォルダからご利用頂けます。
  • /edmap2/mtz/*_validation_fo-fc_map_coef.mtz
  • /edmap2/ccp4/*_validation_fo-fc_map_coef.ccp4

リニューアルされたEDmapサービスについて、ご質問等ございましたら、PDBjお問い合わせページ より、ご連絡ください。
作成日: 2020-02-02 (最終更新日: 5 months ago)2020-02-04
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2020年3月から、OneDepシステムは、NMR-STARまたはNEF形式の単一ファイルでNMRデータのアップロードの受付けを開始します。現在は、化学シフト、距離制限、およびピークリストのような各種NMR実験データが個別にアップロードされていますが、この状況が変わることになります。

NMR-STARは、NMRのデータを記述する公式なwwPDBのフォーマットであり、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: comprehensive ontology for representing, archiving and exchanging data from nuclear magnetic resonance spectroscopic experiments Journal of Biomolecular NMR, 73: 5–9. doi: 10.1007/s10858-018-0220-3] でサポートされています。 一方、NEF (NMR exchange format; Gutmanas et al. (2015) NMR Exchange Format: a unified and open standard for representation of NMR restraint data Nature Structural & Molecular Biology 22: 433–434 doi: 10.1038/nsmb.3041) は、軽量なフォーマット及びディクショナリで定義され、NMR構造決定において主流のソフトウェアがサポートしています。 これら2つの相互変換可能な標準フォーマットを一つのデータファイルとして利用することにより、データの保管や配布が簡単になるだけでなく、登録過程が容易になります。

統合データファイルを伴って登録される新しいエントリーについては、NMR-STARフォーマットで単一のファイルとしてNMRの実験データをPDB FTPアーカイブ上に配置します。NEFフォーマットへ最大限変換したファイルも提供します。 これら統合されたNMRデータファイルは、アーカイブ上で、既存のnmr_restraintsやnmr_chemical_shiftsと並んで作成される、新しいディレクトリ「nmr_data」内に追加されます。 加えて、これまでに利用ユーザに対応するため、統合ファイルは、既存のディレクトリ「nmr_restraints」 や「nmr_chemical_shifts」内にもコピーされます。

関連するNMRデータに容易にアクセスできるよう、NMR統合データファイルの標準化した命名規則も開発しています。ファイル名はPDBアクセションコードで始まり、nmr_dataが続き、その後にフォーマットタイプの拡張子が続きます。 例えば、「2lcb_nmr_data.nef」や 「2lcb_nmr_data.str」となります。 統合ファイルでのNMRデータの受け付け・配布の開始は、2020年3月頃を予定しています。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-01-15 (最終更新日: 6 months ago)2020-01-15
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EMDBデータに対する首尾一貫したルールを確認するため、EMDBチームは、アーカイブに対する包括的なポリシーと処理手順に関する文書を作成しました。 この文書は、EMDBウェブサイトから公開されています

2002年の設立以来、電子顕微鏡データバンク(EMDB; https://emdb-empiar.org/)は、公開アーカイブとして、生体高分子、その複合体、 細胞構造の3次元低温(クライオ)電子顕微鏡(cryo-EM)マップと断層像を保管しています。 2002年に最初の8つのEMDBエントリーが公開されて以来、EMDBアーカイブのエントリー数は着実に増大し続け、現在はほぼ1万件のマップが公開されています。 2016年からは、EMDBエントリーは、wwPDBのOneDepシステムを介して登録及び処理が行われ、 登録者の所属地域によって、EMDB、PDBe、RCSB PDB及びPDBjの各サイトが分担してバイオキュレーション処理作業を行っています。

ポリシーの文書では、データ登録の要件や受付可能なフォーマット、エントリーの修正や公開について述べています。 例えば、単粒子解析データ法の登録に際して、フーリエシェル相関(FSC)データのような補助的ファイルだけでなく、 論文内で示される一次マップや生データのマップ(マスクなし、フィルターなし、シャープなし)、マスクなしのハーフマップを含めることを推奨しています。 またEMDBは、バイオキュレーション処理後に作成される公式なwwPDBの検証レポートを、登録者が論文の投稿・レビューを行う過程で、学術誌の編集者や査読者へ提出するよう勧めています。 現在wwPDBの検証レポートには、EMのマップ/トモグラムの検証結果や該当する場合はマップとモデルの検証結果も含まれています。

近年、クライオ電子顕微鏡法のコミュニティ内で、全データを一般に公開しようという要望が高まってきたことに対応して、 EMDBは、全ての原子モデル座標をPDBへ、全ての電子顕微鏡再構成データをEMDBへ、 そして全ての生データ(トモグラムの傾斜シリーズを含む)をEMPIARへ登録することを強く推奨しています。 これらアーカイブ内の関連するエントリーは、相互に参照でき、ユーザは必要な情報を簡単に見つけてデータにアクセスできます。

EMDBチームと母体組織のwwPDBは、ユーザや登録者からのポリシーと処理手順についてコメントを歓迎しています。 コメント等ございましたら、emdbhelp@ebi.ac.ukまで、メール(英語)にてご連絡ください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-01-14 (最終更新日: 6 months ago)2020-01-14
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2020年1月1日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト (wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org)に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

ディレクトリ 20200101は、159,140件の実験的に決定された座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、575GBとなっています。

2020年1月1日現在のEMDBアーカイブ(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb)のスナップショットは、 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20200101/と、ftp://snapshots.pdbj.org/20200101/からご利用頂けます。 公開済みエントリー(10370件)と廃止されたエントリー(130件)に対する、マップファイルとメタデータのXMLファイルを含んでおり、スナップショットのサイズは、1.7TBとなっています。

[ wwPDB News ]

作成日: 2020-01-09
学会名
韓国生体分子科学連合学会
プログラム・日程表
ここから
日程
2020年1月10日(金)
会場
韓国・光州市・光州科学技術院(GIST)
定員
200名
参加費
無料
参加登録
当日整理券を配布します

<演者・演題>

講演1:
OneDep: Unified System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures
中川敦史 (大阪大学 蛋白質研究所)
講演2:
Mandatory submission of PDBx/mmCIF format files for crystallographic depositions to the Protein Data Bank (PDB)
伊藤暢聡(東京医科歯科大学)

作成日: 2020-01-08

蛋白研セミナー:ケンブリッジ構造データベース(CSD)利用セミナー

日時
2020年1月29日(水)13:00—17:15
場所
大阪大学 蛋白質研究所 本館1階講堂

※本セミナーは、 2020年1月30日のPDBj・BINDSユニット連携講習会「創薬・生命科学における構造データの利用法」と 協同で蛋白研セミナーとして開催いたします。両日参加ではなく1日だけの参加でもかまいません。


<プログラム>

13:00-13:15
「趣旨説明 & Intro」栗栖 源嗣 (大阪大学 蛋白質研究所)
13:15-14:00
「CSD-System:ConQuest, Mercury」 岡村 高明(大阪大学・理)/ 藤内 謙光(大阪大学・工)
14:00-14:15
「Deposit StructuresとenCIFer 」 藤内 謙光(大阪大学・工)/ 岡村 高明(大阪大学・理)
14:15-14:30
休憩
14:30-15:00
「Mogul & IsoStar (+ FIM/SuperStar) 」桜井 尋海(化学情報協会)
15:00-15:45
「CSD-Materials: DASH, Mercury-Materials 」植草 秀裕(東工大)
15:45-16:15
休憩
16:15-17:00
「CSD-Discovery」ケンブリッジ結晶学データセンター(CCDC)スタッフ(※TV会議による)
17:00-17:15
質問タイム
【オーガナイザー】
栗栖 源嗣、川端 猛(大阪大学 蛋白質研究所)
【主催】
大阪大学 蛋白質研究所
【連絡先】
PDBjのお問い合わせページ をご利用ください。
  *29日(水)の事前参加申し込みは不要です。直接、会場までお越しください。
作成日: 2020-01-06 (最終更新日: 6 months ago)2020-01-16