PDB-7k8p: Crystal structure of an anti-SARS-CoV-2 human neutralizing antibo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k8p

タイトル

Crystal structure of an anti-SARS-CoV-2 human neutralizing antibody Fab fragment, C110

要素

C110 Fab Heavy Chain
C110 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Human Neutralizing Antibody (中和抗体) /

SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) /

Receptor Binding Domain (受容体) /

COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年))

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dam, K.A. / Barnes, C.O. / Bjorkman, P.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	P01-AI138938-S1	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	P50 AI150464-13	米国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: SARS-CoV-2 neutralizing antibody structures inform therapeutic strategies.
著者: Christopher O Barnes / Claudia A Jette / Morgan E Abernathy / Kim-Marie A Dam / Shannon R Esswein / Harry B Gristick / Andrey G Malyutin / Naima G Sharaf / Kathryn E Huey-Tubman / Yu E Lee / ...
要旨: The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic presents an urgent health crisis. Human neutralizing antibodies that target the host ACE2 receptor-binding domain (RBD) of the severe acute ...

履歴

登録	2020年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k8p.cif.gz	213.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k8p.ent.gz	139.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/7k8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	22729C 22730C 22731C 22732C 22733C 22734C 22735C 22736C 22737C 7k8mC 7k8nC 7k8oC 7k8qC 7k8rC 7k8sC 7k8tC 7k8uC 7k8vC 7k8wC 7k8xC 7k8yC 7k8zC 7k90C 6xcaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lgh-d 5l7x-d 6al4-3 6co3-d 6bi0-2 6wk4-d 4ncc-2 5tdp-1 3lex-1 6wos-d 2ymx-d 6n16-1 2fjf-5 5vh3-1 3fzu-1 3u0t-1 1rih-d 4why-1 3g6j-4 6amj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: C110 Fab Heavy Chain

L: C110 Fab Light Chain

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.498, 62.738, 78.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.508, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: 抗体	C110 Fab Heavy Chain 分子量: 25866.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	C110 Fab Light Chain 分子量: 23653.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.2 M sodium tartrate dibasic dihydrate, 20 % w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.9 Å / Num. obs: 42891 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.83 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4284 / CC_1/2: 0.78 / R_pim(I) all: 0.82 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6XCA

6xca

解像度: 1.8→38.69 Å / SU ML: 0.2005 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6076
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2292	2181	5.09 %
R_work	0.1964	40681	-
obs	0.1981	42862	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3171	0	0	170	3341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	3255
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2095	4448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0936	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5286	455

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3068	147	0.2779	2513	X-RAY DIFFRACTION	98.92
1.84-1.88	0.3267	139	0.2517	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.88-1.93	0.2686	134	0.2233	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.93-1.98	0.2618	126	0.2146	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.98-2.04	0.2461	132	0.2107	2507	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.04-2.11	0.2126	134	0.1934	2529	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.11-2.18	0.238	129	0.1988	2500	X-RAY DIFFRACTION	97.51
2.18-2.27	0.2334	141	0.1972	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.27-2.37	0.2649	136	0.2197	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.37-2.5	0.2501	125	0.2137	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.5-2.65	0.2448	146	0.2158	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.65-2.86	0.2284	143	0.2196	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.86-3.14	0.2691	133	0.2105	2483	X-RAY DIFFRACTION	96.42
3.14-3.6	0.2528	147	0.1984	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.6-4.53	0.177	127	0.1636	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.53-38.69	0.1857	142	0.1676	2595	X-RAY DIFFRACTION	97.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.90804283957	-2.35767846243	1.54776995995	4.62778488573	-2.87237534355	2.6937318949	0.263352189105	0.184146025096	-0.395605703027	-0.502693800926	-0.249632344172	0.638544068617	0.1726963283	0.0868770120935	-0.0151129832445	0.18849316287	0.00328912749329	-0.0228892570096	0.133307548407	-0.0237717636909	0.233865003754	-21.8263198438	-26.6527335682	-6.39725894142
2	2.66165482101	-0.272336433722	-0.439058366824	0.817169290331	0.740671648315	1.10613486561	0.176413532306	-0.0666628291448	-0.105062759942	-0.0890894473526	-0.137816120415	0.043643083408	0.0739549203769	0.0296674605217	-0.0263929268933	0.171391818369	-0.00690083769943	-0.0206215416377	0.124153876137	0.00525602300914	0.185659822573	-16.3633715169	-31.2994487516	2.80823933774
3	1.79823063062	-0.395964178535	0.00836411348035	1.97609399061	-1.22532101082	1.70255559388	0.0615365874781	-0.075056733035	0.202819655668	0.231153719251	-0.061196611785	-0.0149603992439	-0.211810359218	0.0486022310109	-0.00873637936897	0.21782648967	-0.00660549428475	0.00862202144899	0.119530885524	-0.0420517079886	0.21937978736	-17.7170585526	-23.1281162865	3.22811558623
4	3.23750019374	-0.585854373965	0.238823245619	4.39005846386	-0.571862469013	1.17761823452	0.082776787455	-0.48360668864	-0.347101848143	0.514862392395	-0.0755879310079	-0.272836488276	0.152784570354	0.0992815618566	-0.0889979805306	0.222746935013	-0.018395066261	-0.0136381963698	0.213612889473	0.0130787238036	0.264752552228	-11.8884826416	-32.055509226	3.55986461728
5	3.72527973416	-0.490498695209	-1.88652458003	0.823982404995	-0.178015301424	1.78217669417	-0.197342758346	1.02276394806	-0.381184716868	-0.0605568830086	-0.0648403714213	0.0369398930114	0.17312170721	-0.384770992384	0.210202416054	0.247864472961	-0.0326289060345	0.00593266898555	0.455479073312	-0.0930753423758	0.231235915561	-12.7352679269	-21.0849485695	-32.41913701
6	1.97298640976	-0.851889153869	-1.50495393255	1.93997997747	1.88437293043	4.99569632562	0.047047083012	-0.1402097047	0.201979176508	0.110245560042	-0.0238102775854	-0.303324915974	0.00519634132359	0.499821609927	0.0049603169312	0.237752848009	-0.0287675953172	-0.0138075023429	0.337668837286	0.0598924748971	0.383086331115	10.1358444817	-26.0143677283	-6.20294621434
7	4.7826933101	-0.202777779588	-0.050115594546	3.08170375554	0.565826306009	4.95501510644	-0.0208613686123	-0.234392584051	-0.00751773630046	0.195516590368	-0.0962668751131	-0.149867990268	0.103906899611	0.236072138494	0.102827733314	0.135788502558	0.00156893927305	-0.0178242785404	0.160140973816	0.0391214297447	0.221890272881	3.22613663966	-31.689422655	1.62442370017
8	3.80639653096	-0.881413108969	0.403678141363	3.51858687903	0.825992372003	4.45743371752	-0.135208149992	-0.297927570485	0.484199166724	0.394332105191	0.0871011672584	-0.380732626366	0.183815370181	0.674240034665	0.0305155743166	0.161618582068	-0.0109731459025	-0.0260093098549	0.319300441199	0.0375345415386	0.327292688924	10.8292892137	-30.6807704837	3.34606119666
9	3.25002055694	-1.2203717675	-2.252062211	2.63289044094	0.572213592286	4.77995577033	-0.0229581025494	0.0778912807464	-0.245713047787	0.0226885986952	-0.167004228961	-0.268530269793	0.371924306378	0.430325089035	0.174572677541	0.176427774618	0.0187595484309	-0.00704953740905	0.237270624194	0.0162527447238	0.291756028649	4.59503529781	-31.8686407046	-6.75987673385
10	1.25992065393	0.229716071847	-1.71062967936	0.664198996792	-0.513722050277	5.05768908465	0.0108617709201	-0.0630194622908	0.0223537343414	0.0398800607185	-0.066877930442	0.000812216622728	0.000497995068867	0.234529233766	0.0298182530184	0.208245766526	-0.00712240495208	-0.0361999132864	0.219550360275	0.0183833937142	0.256139799328	3.8830414837	-24.3063650515	-6.47290522314
11	4.69593580729	-0.407640859194	-0.788433223977	3.72395206717	-0.298275956573	1.54460969438	-0.024444892169	0.461295461215	0.721635077209	0.0149207864224	0.164256289387	0.242537582255	-0.405055574537	-0.158868286822	-0.0785871125719	0.273306513186	0.0073190790473	0.00174428777733	0.320693745714	0.0848955023542	0.308949612345	-1.73305097367	-9.91100028952	-30.5894069445
12	4.37693927868	-1.43404090206	0.637086058968	3.63606225443	-2.0358649759	2.94473408852	-0.0275814627927	0.428235131838	0.753274734317	-0.0232416025054	0.0425692939459	-0.0767857274834	-0.329531415986	0.000797088172056	0.0963489735338	0.283576255827	-0.0046157748291	-0.0133657659006	0.293670609571	0.0767296886199	0.334893884151	1.35519240392	-10.8147488587	-31.5012737135

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	A	1 - 17	1 - 17
2	2	chain 'H' and (resid 18 through 40 )	H	A	18 - 40	18 - 40
3	3	chain 'H' and (resid 41 through 91 )	H	A	41 - 91	41 - 95
4	4	chain 'H' and (resid 92 through 114 )	H	A	92 - 114	96 - 129
5	5	chain 'H' and (resid 115 through 212 )	H	A	115 - 212	130 - 216
6	6	chain 'L' and (resid 2 through 18 )	L	B	2 - 18	1 - 17
7	7	chain 'L' and (resid 19 through 61 )	L	B	19 - 61	18 - 60
8	8	chain 'L' and (resid 62 through 75 )	L	B	62 - 75	61 - 74
9	9	chain 'L' and (resid 76 through 90 )	L	B	76 - 90	75 - 89
10	10	chain 'L' and (resid 91 through 113 )	L	B	91 - 113	90 - 112
11	11	chain 'L' and (resid 114 through 163 )	L	B	114 - 163	113 - 162
12	12	chain 'L' and (resid 164 through 211 )	L	B	164 - 211	163 - 212

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)