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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xtb | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human respiratory complex I matrix arm | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / Respiratory (呼吸器) / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of peptidase activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Complex I biogenesis / blastocyst hatching / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / ubiquinone-6 biosynthetic process / cellular response to oxygen levels / Respiratory electron transport / respiratory gaseous exchange by respiratory system ...positive regulation of peptidase activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Complex I biogenesis / blastocyst hatching / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / ubiquinone-6 biosynthetic process / cellular response to oxygen levels / Respiratory electron transport / respiratory gaseous exchange by respiratory system / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / mitochondrial respirasome / NADH dehydrogenase activity / cardiac muscle tissue development / oxygen sensor activity / 細胞呼吸 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / acyl binding / mitochondrial ribosome / electron transport coupled proton transport / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / acyl carrier activity / mitochondrial translation / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / sodium ion transport / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / RHOG GTPase cycle / quinone binding / cellular response to interferon-beta / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / 細胞呼吸 / ATP metabolic process / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cAMP / substantia nigra development / reactive oxygen species metabolic process / respiratory electron transport chain / 神経発生 / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic membrane / fatty acid binding / apoptotic signaling pathway / ミトコンドリア / regulation of protein phosphorylation / brain development / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / negative regulation of cell growth / 概日リズム / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / positive regulation of fibroblast proliferation / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / protease binding / electron transfer activity / nuclear body / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / protein-containing complex binding / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Gu, J. / Wu, M. / Yang, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV. 著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang / 要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 5xtb.cif.gz | 632.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xtb.ent.gz | 517.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xtb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/5xtb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6771MC 6772C 6773C 6774C 6775C 6776C 5xtcC 5xtdC 5xteC 5xthC 5xtiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 AKO
#1: タンパク質 | 分子量: 47323.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 27-457 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P49821, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ |
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#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3900.312 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 74-106 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56181 |
#14: タンパク質 | 分子量: 23430.881 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 36-247 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P19404, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 6種, 6分子 BCLPQT
#2: タンパク質 | 分子量: 20314.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O00217, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ |
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#3: タンパク質 | 分子量: 17887.928 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 58-213 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75251, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ |
#11: タンパク質 | 分子量: 13721.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 58-175 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43181 |
#15: タンパク質 | 分子量: 24432.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 43-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75489, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ |
#16: タンパク質 | 分子量: 43987.625 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 79-463 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: O75306, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ |
#17: タンパク質 | 分子量: 10578.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75380 |
-NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 7種, 7分子 EFHIJNW
#4: タンパク質 | 分子量: 13758.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-154 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56556 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 9535.905 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 14-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43678 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13119.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16718 |
#8: タンパク質 | 分子量: 12282.051 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 4-113 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95182 |
#9: タンパク質 | 分子量: 38387.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 40-375 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16795 |
#13: タンパク質 | 分子量: 16880.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UI09 |
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2560.952 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 7-28 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J0 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 GM
#6: タンパク質 | 分子量: 9845.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 75471.484 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 30-716 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P28331, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型), NADHデヒドロゲナーゼ |
-非ポリマー , 5種, 11分子
#19: 化合物 | ChemComp-SF4 / #20: 化合物 | ChemComp-FMN / | #21: 化合物 | ChemComp-8Q1 / | #22: 化合物 | ChemComp-NDP / | #23: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human respiratory complex I matrix arm / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167761 / 対称性のタイプ: POINT |