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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6771 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human respiratory complex I matrix arm | |||||||||
![]() | This map was obtained by sub-region refinemet | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein lipoylation / Complex I biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / ubiquinone biosynthetic process / cellular respiration / cellular response to oxygen levels ...protein lipoylation / Complex I biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / Respiratory electron transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / blastocyst hatching / ubiquinone biosynthetic process / cellular respiration / cellular response to oxygen levels / respiratory chain complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit binding / gliogenesis / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / cardiac muscle tissue development / neural precursor cell proliferation / [2Fe-2S] cluster assembly / oxygen sensor activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / sodium ion transport / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / regulation of protein phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / positive regulation of execution phase of apoptosis / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase activity / RHOG GTPase cycle / respiratory chain complex I / endopeptidase activator activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / cellular response to interferon-beta / response to cAMP / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / neurogenesis / substantia nigra development / Mitochondrial protein degradation / reactive oxygen species metabolic process / aerobic respiration / fatty acid binding / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / synaptic membrane / mitochondrial membrane / brain development / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protease binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / nuclear body / mitochondrial matrix / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Gu J / Wu M / Yang M | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV. 著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang / ![]() 要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 21.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 15.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 305 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 304.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5xtbMC ![]() 6772C ![]() 6773C ![]() 6774C ![]() 6775C ![]() 6776C ![]() 5xtcC ![]() 5xtdC ![]() 5xteC ![]() 5xthC ![]() 5xtiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This map was obtained by sub-region refinemet | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.083 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human respiratory complex I matrix arm
全体 | 名称: Human respiratory complex I matrix arm |
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要素 |
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-超分子 #1: Human respiratory complex I matrix arm
超分子 | 名称: Human respiratory complex I matrix arm / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3.0) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 167761 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |