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- PDB-5k36: Structure of an eleven component nuclear RNA exosome complex boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k36
タイトルStructure of an eleven component nuclear RNA exosome complex bound to RNA
要素
  • (Exosome complex component ...) x 9
  • (Exosome complex exonuclease ...) x 2
  • RNA (17-MER)
キーワードHydrolase/RNA / Exoribonuclease / Complex / RNA / STRUCTURAL PROTEIN / Hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing ...nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / rRNA catabolic process / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / rRNA primary transcript binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / regulation of telomere maintenance / nonfunctional rRNA decay / rRNA metabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / mRNA processing / manganese ion binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / tRNA binding / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #700 / : / Exosome complex component CSL4, N-terminal domain / Exosome complex exonuclease Rrp40, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp40 N-terminal domain / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / HRDC domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / K Homology domain, type 1 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / HRDC domain superfamily / Large family of predicted nucleotide-binding domains / 3'-5' exonuclease / PIN domain / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 ...RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component SKI6 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component CSL4 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex exonuclease DIS3 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP6 / Exosome complex component RRP42
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lima, C.D. / Zinder, J.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079196 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Nuclear RNA Exosome at 3.1 angstrom Reveals Substrate Specificities, RNA Paths, and Allosteric Inhibition of Rrp44/Dis3.
著者: Zinder, J.C. / Wasmuth, E.V. / Lima, C.D.
履歴
登録2016年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex component RRP45
B: Exosome complex component SKI6
C: Exosome complex component RRP43
D: Exosome complex component RRP46
E: Exosome complex component RRP42
F: Exosome complex component MTR3
G: Exosome complex component RRP40
H: Exosome complex component RRP4
I: Exosome complex component CSL4
J: Exosome complex exonuclease RRP6
K: Exosome complex exonuclease DIS3
M: RNA (17-MER)
L: RNA (17-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,52031
ポリマ－475,85013
非ポリマー1,67118
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area62510 Å2
ΔGint-444 kcal/mol
Surface area152450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)140.701, 212.257, 218.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Asymmetric unit is the biological assembly according to gel filtration chromatography and activity assays

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要素

-
Exosome complex component ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Exosome complex component RRP45 / Ribosomal RNA-processing protein 45


分子量: 34001.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP45, YDR280W, D9954.1 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q05636
#2: タンパク質 Exosome complex component SKI6 / Extracellular mutant protein 20 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / Superkiller protein 6


分子量: 28007.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SKI6, ECM20, RRP41, YGR195W, G7587 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P46948
#3: タンパク質 Exosome complex component RRP43 / Ribosomal RNA-processing protein 43


分子量: 44060.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP43, YCR035C, YCR35C, YCR522 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P25359
#4: タンパク質 Exosome complex component RRP46 / Ribosomal RNA-processing protein 46


分子量: 24574.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP46, YGR095C / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P53256
#5: タンパク質 Exosome complex component RRP42 / Ribosomal RNA-processing protein 42


分子量: 29492.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP42, YDL111C / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q12277
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / mRNA transport regulator 3


分子量: 27603.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MTR3, YGR158C, G6676 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P48240
#7: タンパク質 Exosome complex component RRP40 / Ribosomal RNA-processing protein 40


分子量: 26990.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP40, YOL142W / プラスミド: pTOPO-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q08285
#8: タンパク質 Exosome complex component RRP4 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 39877.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP4, YHR069C / プラスミド: pTOPO-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P38792
#9: タンパク質 Exosome complex component CSL4 / CEP1 synthetic lethal protein 4


分子量: 32026.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSL4, SKI4, YNL232W, N1154 / プラスミド: pTOPO-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P53859

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Exosome complex exonuclease ... , 2種, 2分子 JK

#10: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 64515.590 Da / 分子数: 1 / Mutation: D238N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / プラスミド: pTOPO-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#11: タンパク質 Exosome complex exonuclease DIS3 / Chromosome disjunction protein 3 / Ribosomal RNA-processing protein 44


分子量: 114056.008 Da / 分子数: 1 / Mutation: D171N, D551N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DIS3, RRP44, YOL021C, O2197 / プラスミド: pTOPO-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q08162, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

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RNA鎖 , 1種, 2分子 ML

#12: RNA鎖 RNA (17-MER)


分子量: 5321.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Original compound used for crystallization is 3'AAAAUUUUAUUUAUUAU5'-1,1'-(oxybis(ethane-2,1-diyl))bis(4-butyl-1H-1,2,3-triazole)-5'UAUUAUUUAUUUUAAAA3'
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 298分子

#13: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#14: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#15: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The RNA chain in the crystal is two 17-mers linked head to head by (oxybis(ethane-2,1-diyl))bis(4- ...The RNA chain in the crystal is two 17-mers linked head to head by (oxybis(ethane-2,1-diyl))bis(4-butyl-1H-1,2,3-triazole) at their 5' ends to generate an RNA with two available 3' ends, 3'AAAAUUUUAUUUAUUAU5'-1,1'-(oxybis(ethane-2,1-diyl))bis(4-butyl-1H-1,2,3-triazole)-5'UAUUAUUUAUUUUAAAA3'. The crystallographic ASU includes two RNA chains that bridge the ASU to two other distinct ASUs. The linked 34-mer are intact in the crystal verified by analyzing the RNA after crystallization. The chemical bridge, and 10 nucleotides of one half of the 34mer RNA that is bound to Rrp44, are disordered. Densities are apparent along the path, but they were too ambiguous to be modeled.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.25, 7 mM sodium MES pH 6.5, 6.7% PEG 3350, 175 mM (NH4)2SO4, 0.5 mM MgCl2, 40 mM TRIS-Cl pH 8.0, 200 mM NaCl, 2 mM TCEP-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→106.13 Å / Num. obs: 116037 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 66.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OO1, 2WP8

4oo1

2wp8


解像度: 3.1→106.13 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.22
詳細: ITERATIVE ROUNDS OF REFINEMENT WERE ACCOMPLISHED USING PHENIX. RNA AND SIDE CHAINS WERE MANUALLY BUILT USING COOT. SIMULATED ANNEALING OMIT MAPS AND MAPS USED DURING BUILDING WERE ALSO ...詳細: ITERATIVE ROUNDS OF REFINEMENT WERE ACCOMPLISHED USING PHENIX. RNA AND SIDE CHAINS WERE MANUALLY BUILT USING COOT. SIMULATED ANNEALING OMIT MAPS AND MAPS USED DURING BUILDING WERE ALSO GENERATED USING CNS. THE MODEL WAS REFINED USING POSITIONAL REFINEMENT, REAL-SPACE REFINEMENT AND INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 5764 4.97 %Random
Rwork0.201 ---
obs0.203 116007 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→106.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29376 502 93 280 30251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00230520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42541404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.90518640
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.13530.36381920.30573580X-RAY DIFFRACTION96
3.1353-3.17210.37141660.30613638X-RAY DIFFRACTION97
3.1721-3.21080.32351890.2933631X-RAY DIFFRACTION97
3.2108-3.25150.37892080.29213616X-RAY DIFFRACTION98
3.2515-3.29430.33482070.27553600X-RAY DIFFRACTION97
3.2943-3.33940.30441800.25553640X-RAY DIFFRACTION98
3.3394-3.38710.28751900.2433634X-RAY DIFFRACTION98
3.3871-3.43770.30811890.24723655X-RAY DIFFRACTION98
3.4377-3.49140.31771860.2443657X-RAY DIFFRACTION97
3.4914-3.54860.33351620.23943631X-RAY DIFFRACTION97
3.5486-3.60980.29842100.22423649X-RAY DIFFRACTION97
3.6098-3.67550.27112030.2243566X-RAY DIFFRACTION97
3.6755-3.74620.25181850.21373576X-RAY DIFFRACTION95
3.7462-3.82260.29681690.20963484X-RAY DIFFRACTION93
3.8226-3.90580.29942240.20843651X-RAY DIFFRACTION98
3.9058-3.99660.26291800.19813698X-RAY DIFFRACTION99
3.9966-4.09660.24331970.19613706X-RAY DIFFRACTION99
4.0966-4.20730.26221990.18153692X-RAY DIFFRACTION99
4.2073-4.33110.20581930.16953718X-RAY DIFFRACTION99
4.3311-4.47090.22611940.16413745X-RAY DIFFRACTION99
4.4709-4.63070.1992190.15563694X-RAY DIFFRACTION99
4.6307-4.81610.19592120.15813718X-RAY DIFFRACTION99
4.8161-5.03530.2011680.16183569X-RAY DIFFRACTION95
5.0353-5.30080.20911420.16683775X-RAY DIFFRACTION99
5.3008-5.63290.21121940.17673783X-RAY DIFFRACTION99
5.6329-6.06780.26831990.18763773X-RAY DIFFRACTION99
6.0678-6.67830.27662000.19973771X-RAY DIFFRACTION99
6.6783-7.64440.19621880.19233657X-RAY DIFFRACTION96
7.6444-9.63020.19361950.16033847X-RAY DIFFRACTION99
9.6302-106.19070.2122240.20923889X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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