PDB-4y48: Endothiapepsin in complex with fragment B50

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y48

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment B50

要素

Endothiapepsin

エンドチアペプシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / fragment screening /

inhibition (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

エンドチアペプシン / aspartic-type endopeptidase activity /

タンパク質分解
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.249 Å

データ登録者

Huschmann, F.U. / Linnik, J. / Weiss, M.S. / Mueller, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
著者: Huschmann, F.U. / Linnik, J. / Sparta, K. / Uhlein, M. / Wang, X. / Metz, A. / Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G. / Weiss, M.S. / Mueller, U.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y48.cif.gz	196.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y48.ent.gz	167.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y38C 4y3jC 4y3yC 4y4dC 4y4gC 4y4jC 4ze6C 4zeaC 3pb5 4y35 4y36 4y37 4y39 4y3a 4y3d 4y3e 4y3f 4y3g 4y3h 4y3l 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3t 4y3w 4y3x 4y3z 4y41 4y43 4y45 4y47 4y4a 4y4b 4y4e 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p5i-d 5p1c-d 5r32-d 5p3u-d 5er1-d 4zea-d 5p4l-d 5p1i-d 5p5w-d 5r26-d 5r2t-d 5rdy-d 4yd4-d 5rdw-d 5r38-d 5qbe-d 1xc1-8 5r2q-d 5rcy-d 5p29-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.177, 73.519, 53.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / エンドチアペプシン / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) / 参照: UniProt: P11838, エンドチアペプシン

-
非ポリマー , 6種, 302分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#6: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.98 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.249→42.601 Å / Num. obs: 90188 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.73 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.02
反射シェル	解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 3.65 % / R_merge(I) obs: 0.56 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot	coot 0.6.2	モデル構築
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.249→39.596 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1402	4510	5 %	Random selection
R_work	0.1127	-	-	-
obs	0.114	90186	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.249→39.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2375	0	66	289	2730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2594
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.355	3566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.971	865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2494-1.2636	0.2602	146	0.218	2761	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2636-1.2784	0.2455	149	0.2036	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2784-1.294	0.2342	152	0.1951	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.294-1.3104	0.1986	148	0.1874	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3104-1.3276	0.2117	151	0.176	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3276-1.3458	0.2031	147	0.17	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3458-1.3651	0.2084	151	0.1627	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3651-1.3854	0.1875	150	0.158	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3854-1.4071	0.1756	149	0.1455	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4071-1.4301	0.1831	150	0.1346	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4301-1.4548	0.1627	150	0.1214	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4548-1.4813	0.1459	150	0.1146	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4813-1.5098	0.1328	152	0.1092	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5098-1.5406	0.1329	149	0.0975	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5406-1.5741	0.1395	151	0.0946	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5741-1.6107	0.1494	150	0.0879	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6107-1.651	0.126	149	0.0873	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.6956	0.1202	151	0.0858	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6956-1.7455	0.1217	150	0.0847	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7455-1.8018	0.1201	151	0.084	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8018-1.8662	0.12	150	0.0791	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8662-1.941	0.1008	151	0.0756	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.941-2.0293	0.0908	150	0.0742	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0293-2.1363	0.1029	151	0.0732	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1363-2.2701	0.1043	152	0.0792	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2701-2.4454	0.1198	150	0.0894	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4454-2.6914	0.1252	151	0.0911	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6914-3.0807	0.1176	152	0.1014	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0807-3.8809	0.1206	153	0.1161	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8809-39.6162	0.1974	154	0.1768	2924	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 302分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 302分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 302分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)