PDB-3svk: Crystal structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3svk

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA acetyltransferase from Mycobacterium avium

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / NIH / NIAID /

SBRI / UW / Emerald BioStructures /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3svk.cif.gz	274.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3svk.ent.gz	221.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3svk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/3svk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3u0bC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 3goaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qdr-1 6li4-d 2he8-d 5ltd-d 6t80-1 6inm-d 2b05-2 6qhm-1 4w1o-1 6hep-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyavA.00781.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (12) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase

B: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

85.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.310, 98.330, 151.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 403 / Label seq-ID: 1 - 403

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase 分子量: 42953.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_0980 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0QBF2, UniProt: A0A0H2ZTN6*PLUS, アセチルCoA C-アセチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Internal tracking number 220558g1. PACT G1. 0.2 M sodium fluoride, 0.1 M Bis Tris propane, pH 7.5, 20% PEG3350. MyavA.00781.a.A1 PW28926 at 28 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月29日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→47.541 Å / Num. all: 42089 / Num. obs: 40680 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.668 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.2-2.26		2.5	0.342	3.3	12939	5090	86.3
2.26-2.32			0.418	2.4	15895	5156	90.5
2.32-2.39			0.283	3.5	17618	5539	98.7
2.39-2.46			0.251	4	17083	5389	99.5
2.46-2.54			0.21	4.6	16596	5181	99.3
2.54-2.63			0.165	5.7	16180	5055	99.2
2.63-2.73			0.161	6.5	14751	4862	98.3
2.73-2.84			0.117	7.9	14866	4644	99.8
2.84-2.97			0.095	9.2	14603	4540	99.6
2.97-3.11			0.077	11.2	13685	4274	99.5
3.11-3.28			0.062	13.6	13070	4113	99.6
3.28-3.48			0.058	15.2	11432	3825	98.7
3.48-3.72			0.049	17	10363	3527	96.8
3.72-4.02			0.044	19.3	9637	3280	95.7
4.02-4.4			0.039	22.1	9651	3100	99.7
4.4-4.92			0.035	22.9	8797	2853	99.8
4.92-5.68			0.038	21.4	7730	2472	99.7
5.68-6.96			0.036	21.4	6518	2112	99.5
6.96-9.84			0.028	25.7	5213	1618	99.8
	9.84		0.027	27.9	2866	895	98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.54 Å
Translation	2.5 Å	47.54 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GOA

3goa

解像度: 2.2→47.541 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 14.246 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	2053	5 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.242	40680	96.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.489 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.541 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5167	0	1	165	5333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.969	7115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.939	3	8178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.933	5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.823	23.96	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.065	15	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.677	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.636	1.5	3533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.15	1.5	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.134	2	5561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.748	3	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.757	4.5	1554

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4212 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
MEDIUM THERMAL	0.43	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.477	130	-
R_work	0.527	2440	-
all	-	2570	-
obs	-	-	83.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0701	0.9508	-0.2633	3.1982	0.3475	3.526	-0.1565	-0.0896	-0.0371	-0.5407	0.1799	-0.3792	0.1863	0.3406	-0.0234	0.2641	0.0101	0.0557	0.2281	-0.0103	0.0522	35.014	21.671	64.905
2	3.198	-0.6784	0.6775	1.2312	-0.1713	2.5585	-0.2221	-0.2363	0.3362	-0.0217	0.1685	0.1684	-0.1301	-0.2365	0.0536	0.1758	-0.0037	-0.0483	0.3291	-0.0135	0.0988	14.787	32.125	77.947
3	1.5105	-0.1501	-0.5109	2.0782	0.2239	2.2523	-0.1287	-0.0868	-0.1062	-0.2775	0.0794	0.1867	0.3668	-0.2718	0.0493	0.3025	-0.0772	-0.0433	0.2485	0.0204	0.0373	18.387	16.912	69.706
4	1.7411	-1.0545	-0.0384	3.4628	-0.4279	3.5228	-0.083	0.0949	-0.0757	0.5571	0.1185	0.4692	0.1539	-0.3423	-0.0356	0.2402	-0.0141	0.049	0.2161	0.0077	0.0787	19.243	21.418	39.593
5	3.296	0.2311	0.7151	1.3798	0.1731	2.3081	-0.2743	0.2855	0.3856	0.0095	0.1896	-0.1862	-0.1819	0.3303	0.0847	0.1775	-0.0101	-0.0565	0.3484	0.0301	0.1027	39.68	32.237	26.696
6	1.6182	0.0199	-0.3362	1.9934	-0.518	2.4877	-0.0324	0.0938	-0.1036	0.2266	-0.0237	-0.1486	0.3332	0.3437	0.0561	0.2649	0.0732	-0.0576	0.2324	-0.0158	0.0485	36.084	16.878	34.922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	134 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	256 - 403
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	134 - 255
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	256 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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