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万見
- PDB-3bo7: Crystal structure of Toxoplasma gondii peptidyl-prolyl cis-trans ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bo7
タイトルCrystal structure of Toxoplasma gondii peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, 541.m00136
要素
  • CYCLOSPORIN Aシクロスポリン
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN A (シクロスポリン) / IMMUNOSUPPRESSANT (免疫抑制剤) / CYCLOPHILIN / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
シクロスポリン / : / プロリルイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Lin, Y.H. / Sun, X. / Khuu, C. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Lin, Y.H. / Sun, X. / Khuu, C. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Artz, J.D. / Xiao, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Toxoplasma Gondii Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase, 541.M00136.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Lin, Y.H. / Sun, X. / Khuu, C. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Artz, J.D. / Xiao, T.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
D: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
E: CYCLOSPORIN A
F: CYCLOSPORIN A
G: CYCLOSPORIN A
H: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,25737
ポリマ－97,7098
非ポリマー2,54829
水8,719484
1
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
E: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9708
ポリマ－24,4272
非ポリマー5426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-56.2 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
2
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
F: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8116
ポリマ－24,4272
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-41.7 kcal/mol
Surface area8870 Å2
手法PISA
3
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
G: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,22411
ポリマ－24,4272
非ポリマー7979
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-76.2 kcal/mol
Surface area9330 Å2
手法PISA
4
D: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE
H: CYCLOSPORIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,25212
ポリマ－24,4272
非ポリマー82510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-72.7 kcal/mol
Surface area9070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.631, 100.805, 86.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23D
33B
43C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROVALVAL1AA160 - 166160 - 166
21PROPROVALVAL1BB160 - 166160 - 166
31PROPROVALVAL1CC160 - 166160 - 166
41PROPROVALVAL1DD160 - 166160 - 166
12GLYGLYPROPRO1AA60 - 6760 - 67
22GLYGLYPROPRO1BB60 - 6760 - 67
32GLYGLYPROPRO1CC60 - 6760 - 67
42GLYGLYPROPRO1DD60 - 6760 - 67
13GLUGLUASNASN2AA127 - 130127 - 130
23GLUGLUASNASN2DD127 - 130127 - 130
33GLUGLUASNASN2BB127 - 130127 - 130
43GLUGLUASNASN2CC127 - 130127 - 130

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE CYCLOPHILIN-TYPE / PPIASE / ROTAMASE


分子量: 23206.619 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
遺伝子: 541.M00136 / プラスミド: P15-MHL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5A / 参照: UniProt: D0VWS5
#2: タンパク質・ペプチド
CYCLOSPORIN A / シクロスポリン / CICLOSPORIN / CICLOSPORINE / シクロスポリン


タイプ: Cyclic peptide環状ペプチド / クラス: 免疫抑制剤免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, シクロスポリン
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化pH: 7.3
詳細: 28% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M HEPES PH 7.3, 2 MM TCEP, 2 MM CYCLOSPORIN A, 20% ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 54466 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.834 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å24.92 Å
Translation2.5 Å24.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FUO

2fuo


解像度: 2.35→33.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.865 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2422 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 47813 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→33.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5676 0 138 484 6298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9998059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7125697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59623.525278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.687151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0881546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.23967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5051.53705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87925790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16632493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9294.52259
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A51tight positional0.020.05
12B51tight positional0.020.05
13C51tight positional0.020.05
14D51tight positional0.020.05
21A49tight positional0.030.05
22B49tight positional0.020.05
23C49tight positional0.040.05
24D49tight positional0.040.05
31A16tight positional0.020.05
32D16tight positional0.010.05
33B16tight positional0.020.05
34C16tight positional0.020.05
31A19medium positional0.540.5
32D19medium positional0.240.5
33B19medium positional0.20.5
34C19medium positional0.220.5
11A51tight thermal0.040.5
12B51tight thermal0.080.5
13C51tight thermal0.080.5
14D51tight thermal0.040.5
21A49tight thermal0.040.5
22B49tight thermal0.050.5
23C49tight thermal0.090.5
24D49tight thermal0.080.5
31A16tight thermal0.110.5
32D16tight thermal0.050.5
33B16tight thermal0.130.5
34C16tight thermal0.090.5
31A19medium thermal0.682
32D19medium thermal0.452
33B19medium thermal0.512
34C19medium thermal0.582
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 185 -
Rwork0.28 3333 -
obs--99.94 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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