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- PDB-1ju5: Ternary complex of an Crk SH2 domain, Crk-derived phophopeptide, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ju5
タイトルTernary complex of an Crk SH2 domain, Crk-derived phophopeptide, and Abl SH3 domain by NMR spectroscopy
要素
  • (Crk) x 2
  • Abl
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / Crk / SH2 / Abl / SH3 / adaptor protein / phosphopeptide / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ARMS-mediated activation / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / response to hepatocyte growth factor / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / regulation of leukocyte migration ...PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ARMS-mediated activation / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / response to hepatocyte growth factor / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / regulation of leukocyte migration / response to peptide / Downstream signal transduction / regulation of intracellular signal transduction / postsynaptic specialization assembly / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / reelin-mediated signaling pathway / negative regulation of phospholipase C activity / positive regulation of actin filament binding / regulation of dendrite development / positive regulation of oxidoreductase activity / transitional one stage B cell differentiation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / activation of protein kinase C activity / response to yeast / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / Regulation of signaling by CBL / regulation of modification of synaptic structure / regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / neuroepithelial cell differentiation / negative regulation of wound healing / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / mitochondrial depolarization / regulation of protein binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin signaling pathway / negative regulation of cell motility / neuropilin binding / bubble DNA binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / ARMS-mediated activation / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / VEGFA-VEGFR2 Pathway / MET receptor recycling / protein localization to membrane / regulation of cell motility / regulation of axon extension / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / MET activates RAP1 and RAC1 / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / syntaxin binding / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cardiac muscle cell proliferation / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / regulation of T cell differentiation / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / establishment of cell polarity / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of GTPase activity / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of cell-cell adhesion / Myogenesis / dendrite development / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / Bergmann glial cell differentiation / 学習
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Variant SH3 domain / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Variant SH3 domain / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase ABL1 / Adapter molecule crk / Adapter molecule crk
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / ARIA 1.0, CNS 1.0
データ登録者Donaldson, L.W. / Pawson, T. / Kay, L.E. / Forman-Kay, J.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Structure of a regulatory complex involving the Abl SH3 domain, the Crk SH2 domain, and a Crk-derived phosphopeptide
著者: Donaldson, L.W. / Gish, G. / Pawson, T. / Kay, L.E. / Forman-Kay, J.D.
履歴
登録2001年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crk
B: Crk
C: Abl


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3763
ポリマ－20,3763
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Crk / PROTO-ONCOGENE C-CRK / ADAPTER MOLECULE CRK / P38


分子量: 12142.571 Da / 分子数: 1 / 断片: Crk SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46108
#2: タンパク質・ペプチド Crk / PROTO-ONCOGENE C-CRK / ADAPTER MOLECULE CRK / P38


分子量: 1468.480 Da / 分子数: 1 / 断片: Crk phosphopeptide / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pAED4-MMHB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q64010
#3: タンパク質 Abl / proto-oncogene tyrosine-protein kinase


分子量: 6764.461 Da / 分子数: 1 / 断片: Abl SH3 domain / Mutation: L122K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00519, EC: 2.7.1.112

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1313D 13C F1-FILTERED F3-EDITED NOESY
141J-HNHA
151IPAP-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: Intermolecular distance restraints were obtained from reverse half-filtered 2D- and 3D-NOESY spectra (300 ms mixing time) on sample in 99% D2O. Methyl prochiral assignments were made on a 10% ...Text: Intermolecular distance restraints were obtained from reverse half-filtered 2D- and 3D-NOESY spectra (300 ms mixing time) on sample in 99% D2O. Methyl prochiral assignments were made on a 10% 13C-labeled sample according to Neri et al (Biochemistry 28:7510; 1989). HACAN and CBCA(CO)N(CA)HA experiments were used to assign the proline residues in the Crk SH2 domain according to Kanelis et al (JBNMR 16:253; 2000)

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試料調製

詳細内容: 0.6-1.5mM Crk SH2 domain U-15N, 13C; 50mM sodium phosphate pH6.8, 0.02% sodium azide
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50mM sodium phosphate / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.8Delaglio解析
PIPP4.3.2Garrettデータ解析
CNS1Brunger構造決定
ARIA1Brunger構造決定
ARIA1Brunger精密化
精密化手法: ARIA 1.0, CNS 1.0 / ソフトェア番号: 1
詳細: This structure represents the lowest energy solution based on 2406 SH2 intramolecular restraints, 1628 SH3 intramolecular restraints, 37 SH2-SH3 intermolecular restraints, 64 SH2- ...詳細: This structure represents the lowest energy solution based on 2406 SH2 intramolecular restraints, 1628 SH3 intramolecular restraints, 37 SH2-SH3 intermolecular restraints, 64 SH2-phosphopeptide intermolecular restraints, 50 hydrogen bonds, 54 direct 3J-HNHA couplings and 166 dihedral angle restraints from TALOS Residues 217-220 and 225-229 of the Crk phosphopeptide (Chain B) are disordered. As intermolecular contacts between the SH2 domain (Chain A) and the SH3 domain (Chain C) limited to amino acids 67-75 in DE-loop of the SH2 domain, there is no unique orientation between the SH2 domain and SH3 domain.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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