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- PDB-4ll9: Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB1 molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ll9
タイトルCrystal structure of D3D4 domain of the LILRB1 molecule
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like domain / immune-modulatory molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / negative regulation of dendritic cell differentiation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity ...HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / negative regulation of dendritic cell differentiation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / immune response-regulating signaling pathway / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / MHC class I receptor activity / negative regulation of transforming growth factor beta production / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of serotonin secretion / dendritic cell differentiation / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / MHC class I protein binding / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of type II interferon production / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of cell cycle / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / SH2 domain binding / response to virus / receptor internalization / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.686 Å
データ登録者Nam, G. / Shi, Y. / Ryu, M. / Wang, Q. / Song, H. / Liu, J. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of the two membrane-proximal Ig-like domains (D3D4) of LILRB1/B2: alternative models for their involvement in peptide-HLA binding
著者: Nam, G. / Shi, Y. / Ryu, M. / Wang, Q. / Song, H. / Liu, J. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
C: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,52415
ポリマ－64,0013
非ポリマー1,52312
水1,62190
1
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9686
ポリマ－21,3341
非ポリマー6355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8415
ポリマ－21,3341
非ポリマー5084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7144
ポリマ－21,3341
非ポリマー3813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.257, 71.976, 75.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-204-

IOD

21B-321-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1 / LIR-1 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / CD85 antigen-like family member J / ...LIR-1 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / CD85 antigen-like family member J / Immunoglobulin-like transcript 2 / ILT-2 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 7 / MIR-7


分子量: 21333.711 Da / 分子数: 3 / 断片: D3D4 domain, UNP residues 222-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NHL6
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.2M NaI, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.686→50 Å / Num. all: 18041 / Num. obs: 17596 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.04 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.686→32.808 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7378 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 889 5.05 %RANDOM
Rwork0.2448 16701 --
obs0.2464 17590 97.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 219.31 Å2 / Biso mean: 70.1278 Å2 / Biso min: 14.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.686→32.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 0 12 90 4590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2396282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7341680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6862-2.85440.37351360.33152664280095
2.8544-3.07460.34921450.32212790293597
3.0746-3.38380.35181340.28022775290997
3.3838-3.87270.28321640.24692791295598
3.8727-4.87670.24091500.20082825297598
4.8767-32.81060.23721600.22992856301698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1942.2827-1.20645.7713-0.53894.8626-0.53620.2339-0.7057-0.61440.3315-0.62530.61310.12150.22230.37160.01140.10860.328-0.04260.3083-11.0277-24.9937-17.2445
23.8258-1.4536-1.3977.5896-5.23092.0033-0.09560.0239-1.2585-0.69080.51330.76122.0044-1.13420.91140.6443-0.14590.10690.41950.05921.2152-14.2671-37.0163-19.46
33.3476-0.3455-0.4097.16380.15456.2894-0.41280.238-0.5489-0.08760.2702-0.83420.82270.32140.10410.36790.01850.14940.4693-0.03580.4907-8.1571-25.9907-16.7779
42.8375-0.74471.00112.0433-0.9343.70030.07490.310.3573-0.1593-0.17620.2729-1.1361-1.38930.11820.60060.32680.03730.70760.04950.3927-23.2915-0.0062-19.3214
55.57547.0964-0.0189.4647-1.57195.03910.5562-0.2705-2.1712-0.867-0.7881-1.8866-0.2486-0.1112-0.02370.70070.3880.07180.74090.17640.6989-19.0313-6.7699-25.743
63.128-0.43461.21322.3756-0.00923.583-0.14860.1533-0.2365-0.07690.1114-0.0746-0.5812-0.66360.08050.43940.18360.08350.47710.09880.3496-22.5952-0.012-20.5077
76.0951-0.47622.67991.4889-0.75737.7344-0.24130.5550.0338-0.14760.21760.3064-0.2053-0.1306-0.24030.2825-0.02790.02960.2789-0.02430.4048-43.7573.16852.6695
85.6576-0.18751.21581.4097-0.31722.3286-0.1988-0.1772-0.0685-0.08570.07120.1114-0.19870.1387-0.00070.42880.00570.01160.26-0.02130.2232-27.2681-0.88965.2064
95.25343.9896-2.06014.8376-0.61964.3294-0.16860.2728-0.0732-0.49540.09490.2267-0.04620.17570.23510.37630.0429-0.01850.3111-0.00840.267-15.7776-1.17474.5426
104.15990.68980.39823.4522-1.16370.70790.13540.67660.2485-0.1669-0.1306-0.4282-0.94840.0134-0.18150.84190.02260.01240.47680.11560.4073-8.08779.807229.0561
114.6963-1.12542.48197.16660.55673.06540.81961.0521.69180.1068-0.1537-1.28280.3204-0.458-0.31851.01930.1429-0.05170.5030.14470.5406-4.835916.776930.8594
124.03350.4729-1.33632.8928-1.00475.2155-0.26830.18660.1797-0.44050.12760.51340.3009-0.1546-0.06050.45680.1275-0.07560.35880.04590.1741-18.35690.506130.6268
133.94950.24950.88348.11080.27358.51160.00640.194-0.1008-0.6494-0.1137-0.05380.9242-0.55970.13450.5712-0.0061-0.03150.47290.02860.3019-24.1135-9.414128.3687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:46 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 47:58 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 59:93 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 94:140 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 141:150 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 151:197 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 2:58 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 59:139 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 140:197 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESSEQ 2:39 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 40:58 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 59:133 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 134:197 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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