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Yorodumi- PDB-3fov: Crystal structure of protein RPA0323 of unknown function from Rho... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fov | ||||||
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Title | Crystal structure of protein RPA0323 of unknown function from Rhodopseudomonas palustris | ||||||
Components | UPF0102 protein RPA0323 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC7380 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: X-ray crystal structure of protein RPA0323 of unknown function from Rhodopseudomonas palustris. Authors: Osipiuk, J. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3fov.cif.gz | 33.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3fov.ent.gz | 25.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3fov.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fov | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION. |
-Components
#1: Protein | Mass: 14714.326 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) Strain: CGA009 / Gene: RPA0323 / Plasmid: pET15b modified / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6NCZ4 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 31.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 20% PEG 3350, 0.2 M Magnesium nitrate, 0.3 M NSDB-256, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2008 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→26.3 Å / Num. all: 8519 / Num. obs: 8519 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.211 / Net I/σ(I): 40.099 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.94 Å / Redundancy: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 492 / Χ2: 1.492 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.88→26.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 8.988 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.144 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 55.54 Å2 / Biso mean: 23.636 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→26.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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