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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o30 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the anti-PAS Fab 1.1 in complex with its epitope peptide | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / disordered protein antigen / PAS polypeptide / protein engineering | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schilz, J. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular recognition of structurally disordered Pro/Ala-rich sequences (PAS) by antibodies involves an Ala residue at the hot spot of the epitope. 著者: Schilz, J. / Binder, U. / Friedrich, L. / Gebauer, M. / Lutz, C. / Schlapschy, M. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23977.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 24723.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 862.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: PCA in the peptide sequence is the residue code for pyroglutamic acid 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% (w/v) PEG 3350 100 mM HEPES pH 7.5 200 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→34.13 Å / Num. obs: 30855 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 22.197 % / Biso Wilson estimate: 63.305 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 24.34 / Num. measured all: 684889 / Scaling rejects: 1117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7O2Z 解像度: 2.65→34.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 15.506 / SU ML: 0.302 / SU R Cruickshank DPI: 1.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.105 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 169.14 Å2 / Biso mean: 67.467 Å2 / Biso min: 30.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→34.13 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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