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- PDB-7o31: Crystal structure of the anti-PAS Fab 1.2 in complex with its epi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o31
タイトルCrystal structure of the anti-PAS Fab 1.2 in complex with its epitope peptide and the anti-Kappa VHH domain
要素
  • (anti-PAS Fab 1.2 chimeric ...) x 2
  • PAS#1 epitope peptide
  • anti-Kappa VHH domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / disordered protein antigen / PAS polypeptide / protein engineering
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schilz, J. / Schiefner, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular recognition of structurally disordered Pro/Ala-rich sequences (PAS) by antibodies involves an Ala residue at the hot spot of the epitope.
著者: Schilz, J. / Binder, U. / Friedrich, L. / Gebauer, M. / Lutz, C. / Schlapschy, M. / Schiefner, A. / Skerra, A.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-PAS Fab 1.2 chimeric light chain
H: anti-PAS Fab 1.2 chimeric heavy chain
X: anti-Kappa VHH domain
P: PAS#1 epitope peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9478
ポリマ－63,6994
非ポリマー2484
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.296, 44.373, 93.032
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#4: タンパク質・ペプチド PAS#1 epitope peptide


分子量: 862.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PCA in the peptide sequence is the residue code for PYROGLUTAMIC ACID
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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抗体 , 3種, 3分子 LHX

#1: 抗体 anti-PAS Fab 1.2 chimeric light chain


分子量: 23870.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 anti-PAS Fab 1.2 chimeric heavy chain


分子量: 24774.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 anti-Kappa VHH domain


分子量: 14190.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 376分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% (w/v) PEG 3350 300 mM K-acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→33.39 Å / Num. obs: 77314 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.923 % / Biso Wilson estimate: 30.697 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 15.03 / Num. measured all: 535265 / Scaling rejects: 68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.656.7770.9881.648784913533129630.7921.0795.8
1.65-1.87.0640.5263.1210223815026144740.9330.56796.3
1.8-27.2440.2217.469614613694132720.9870.23896.9
2-2.56.7370.09416.2711865918038176140.9960.10297.6
2.5-37.180.05229.4256773803979070.9990.05798.4
3-46.6860.03540.5542329641863310.9990.03898.6
4-66.4020.03145.5721210334233130.9990.03499.1
6-87.2310.03547.9659808388270.9990.03798.7
8-107.1110.03450.8821052982960.9980.03699.3
10-33.396.2330.03446.8119763473170.9990.03791.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.7 Å33.37 Å
Translation1.7 Å33.37 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDS16.8.2013データ削減
XSCALEMar 15, 2019データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7O2Z, 6ANA

7o2z

6ana


解像度: 1.55→33.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.347 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.0922 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 3884 5 %RANDOM
Rwork0.1943 ---
obs0.1962 73508 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.16 Å2 / Biso mean: 26.694 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å2-0.99 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→33.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4343 0 16 372 4731
Biso mean--27.91 34.8 -
残基数----573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.6456217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4031.5719417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.575594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36122.5204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11315716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9441521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02955
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 264 -
Rwork0.341 5344 -
all-5608 -
obs--95.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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