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- PDB-7mtx: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mtx

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P176

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P176
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2021年6月9日	ID: 5URR
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mtx.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mtx.ent.gz	871.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mtx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mtx_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mtx_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	7mtx_validation.xml.gz	99.6 KB	表示
CIF形式データ	7mtx_validation.cif.gz	131.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mjmS 3tsb 3tsd 3usb 4my1 4my8 4my9 4mya 4myx 4qm1 5urs 7mtu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7mtx-2 4mya-2 7mtu-1 5urs-2 4my1-2 4mya-1 5uzs-d 5urs-1 5uuv-d 4fo4-2 5upy-1 4myx-2 6mgu-2 4myx-1 7mtu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01178

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

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集合体

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

333 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.390, 89.921, 104.856
Angle α, β, γ (deg.)	81.413, 90.030, 83.443
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 40709.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) 遺伝子: guaB, BA_0008, A9486_01210, ABW01_29210, BVG01_30935, COL95_27530 プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A6H3A7R4, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-ZO4 / N-{2-chloro-5-[({2-[3-(prop-1-en-2-yl)phenyl]propan-2-yl}carbamoyl)amino]phenyl}-beta-D-ribopyranosylamine 分子量: 475.965 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀ClN₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10 % (W/V) PEG8000, 0.1 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2, 0.2 M SODIUM CHLORIDE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 111274 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.44→2.49 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5504 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MJM

4mjm

解像度: 2.44→40.08 Å / SU ML: 0.2833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.0567
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	5152	4.93 %
R_work	0.1779	99338	-
obs	0.1801	104490	91.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→40.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20621	0	456	429	21506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	21431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5403	29026
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	3387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3706
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8072	7850

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.46	0.3031	66	0.2096	1214	X-RAY DIFFRACTION	33.94
2.46-2.49	0.2585	112	0.2248	2636	X-RAY DIFFRACTION	71.62
2.49-2.52	0.3074	143	0.2303	2639	X-RAY DIFFRACTION	73.44
2.52-2.55	0.2895	142	0.2293	2797	X-RAY DIFFRACTION	76.26
2.55-2.59	0.2932	146	0.2238	2868	X-RAY DIFFRACTION	78.57
2.59-2.62	0.2774	135	0.2325	2906	X-RAY DIFFRACTION	80.43
2.62-2.66	0.3357	179	0.2323	3008	X-RAY DIFFRACTION	82.76
2.66-2.7	0.2844	164	0.2224	3109	X-RAY DIFFRACTION	86.29
2.7-2.74	0.3206	181	0.2213	3257	X-RAY DIFFRACTION	90.09
2.74-2.79	0.2344	162	0.2196	3377	X-RAY DIFFRACTION	92.86
2.79-2.84	0.3081	190	0.2158	3520	X-RAY DIFFRACTION	95.84
2.84-2.89	0.2704	158	0.2081	3496	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.89-2.94	0.2756	186	0.1983	3584	X-RAY DIFFRACTION	98.2
2.94-3	0.2617	180	0.2149	3573	X-RAY DIFFRACTION	98.19
3-3.07	0.2494	188	0.2149	3575	X-RAY DIFFRACTION	98.4
3.07-3.14	0.2697	192	0.2171	3565	X-RAY DIFFRACTION	98.53
3.14-3.22	0.281	182	0.2037	3568	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3.22-3.31	0.2364	177	0.2004	3601	X-RAY DIFFRACTION	98.69
3.31-3.4	0.249	200	0.1969	3555	X-RAY DIFFRACTION	98.66
3.4-3.51	0.2271	179	0.1879	3601	X-RAY DIFFRACTION	98.8
3.51-3.64	0.2092	203	0.1848	3586	X-RAY DIFFRACTION	98.93
3.64-3.78	0.2376	189	0.1725	3560	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.78-3.96	0.2018	181	0.1613	3599	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.96-4.16	0.1946	206	0.142	3561	X-RAY DIFFRACTION	99.05
4.16-4.42	0.1655	181	0.1401	3609	X-RAY DIFFRACTION	98.98
4.42-4.77	0.1773	193	0.1354	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.06
4.77-5.24	0.1608	186	0.1324	3587	X-RAY DIFFRACTION	99.26
5.24-6	0.1857	210	0.1642	3570	X-RAY DIFFRACTION	99.37
6-7.55	0.1833	183	0.1578	3624	X-RAY DIFFRACTION	99.37
7.55-40.08	0.173	158	0.1521	3572	X-RAY DIFFRACTION	97.59

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.82201080847	2.56010199435	0.764944580196	4.35589105526	1.34151657742	1.12245158493	-0.206631714446	-0.354566318215	-0.0820621193523	-0.196259579652	0.0321560042265	0.0495971930147	-0.114961421095	-0.0416530112475	0.174471776798	0.26624364198	0.0705241039784	0.0113576852854	0.328216568106	0.024306440127	0.266023590078	-15.1421006673	4.33705664986	6.04000245979
2	1.6072302296	-0.101752145764	0.0965439665979	2.79981118294	-0.527219826181	2.5903301659	-0.0359168276889	0.22857874722	0.18647188638	-0.306778969978	-0.0216410552839	0.347263661993	-0.159620977591	-0.211411326376	0.0311041604753	0.277167329266	0.0473749245113	-0.122260919245	0.30372734653	0.0386278265709	0.401379433225	-31.5707523951	12.62911256	-18.9875785949
3	1.47784865006	0.151922523506	0.868286386337	0.126758191899	0.0962713054325	2.44631031081	0.0125049388601	0.180034427752	0.187181901282	0.0336156816177	0.181761882115	0.445166256082	-0.377138942607	-0.0670625923809	-0.185891631861	0.44840695251	0.108157605974	-0.0734542402653	0.346132375834	0.035048108544	0.56905320799	-30.7814859395	24.7406631116	-13.3665475074
4	1.05181676188	0.236323801567	0.46913875743	0.844308236682	-0.034957151472	0.723034870635	-0.0427435980305	-0.1088234295	0.210762572747	-0.00960034498506	-0.0208269638708	0.309311465932	-0.142299701053	-0.175122253356	0.0613514359352	0.286484305311	0.0783436844696	0.0157090386092	0.239941055086	0.00897530937047	0.312926067657	-24.5389911718	15.0048061929	-3.47511113324
5	3.95818411828	0.0114704348781	-0.64858243369	1.93865224532	1.36030802733	1.28063417837	-0.210846676329	0.565842607053	-0.429031682623	-0.475904616292	0.155387800269	-0.226271506587	-0.04476673332	0.305524661759	0.0382560014228	0.398022646823	0.0116442490055	0.0405576727287	0.429165292772	-0.0139115326808	0.303356753526	-14.5206697193	6.93029095309	-27.24799261
6	3.41335232808	1.11476174557	0.871653197851	3.72896257572	2.37572043249	3.22615843394	-0.203558198727	0.465198950007	0.561110807472	-0.451271956455	0.303753749326	0.133031351382	-0.658848133725	0.194948606309	-0.063783773835	0.409582721345	0.0321963435582	-0.0440417609936	0.264860656763	0.0713318943244	0.297948465039	-11.4165424313	17.5191277903	-21.3437428028
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 26 )	A	A	-1 - 26	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 27 through 232 )	A	A	27 - 232	29 - 107
3	3	chain 'A' and (resid 233 through 257 )	A	A	233 - 257	108 - 132
4	4	chain 'A' and (resid 258 through 363 )	A	A	258 - 363	133 - 238
5	5	chain 'A' and (resid 364 through 389 )	A	A	364 - 389	239 - 264
6	6	chain 'A' and (resid 390 through 427 )	A	A	390 - 427	265 - 291
7	7	chain 'A' and (resid 428 through 446 )	A	A	428 - 446	292 - 310
8	8	chain 'A' and (resid 447 through 486 )	A	A	447 - 486	311 - 350
9	9	chain 'B' and (resid -1 through 26 )	B	E	-1 - 26	1 - 28
10	10	chain 'B' and (resid 27 through 232 )	B	E	27 - 232	29 - 107
11	11	chain 'B' and (resid 233 through 355 )	B	E	233 - 355	108 - 230
12	12	chain 'B' and (resid 356 through 418 )	B	E	356 - 418	231 - 282
13	13	chain 'B' and (resid 419 through 445 )	B	E	419 - 445	283 - 309
14	14	chain 'B' and (resid 446 through 486 )	B	E	446 - 486	310 - 350
15	15	chain 'C' and (resid -4 through 12 )	C	I	-4 - 12	1 - 17
16	16	chain 'C' and (resid 13 through 232 )	C	I	13 - 232	18 - 110
17	17	chain 'C' and (resid 233 through 257 )	C	I	233 - 257	111 - 135
18	18	chain 'C' and (resid 258 through 355 )	C	I	258 - 355	136 - 233
19	19	chain 'C' and (resid 356 through 427 )	C	I	356 - 427	234 - 295
20	20	chain 'C' and (resid 428 through 446 )	C	I	428 - 446	296 - 314
21	21	chain 'C' and (resid 447 through 486 )	C	I	447 - 486	315 - 354
22	22	chain 'D' and (resid -2 through 26 )	D	M	-2 - 26	1 - 29
23	23	chain 'D' and (resid 27 through 242 )	D	M	27 - 242	30 - 118
24	24	chain 'D' and (resid 243 through 270 )	D	M	243 - 270	119 - 146
25	25	chain 'D' and (resid 271 through 355 )	D	M	271 - 355	147 - 231
26	26	chain 'D' and (resid 356 through 389 )	D	M	356 - 389	232 - 265
27	27	chain 'D' and (resid 390 through 446 )	D	M	390 - 446	266 - 311
28	28	chain 'D' and (resid 447 through 486 )	D	M	447 - 486	312 - 351
29	29	chain 'E' and (resid -3 through 56 )	E	Q	-3 - 56	1 - 60
30	30	chain 'E' and (resid 57 through 242 )	E	Q	57 - 242	61 - 119
31	31	chain 'E' and (resid 243 through 270 )	E	Q	243 - 270	120 - 147
32	32	chain 'E' and (resid 271 through 293 )	E	Q	271 - 293	148 - 170
33	33	chain 'E' and (resid 294 through 368 )	E	Q	294 - 368	171 - 245
34	34	chain 'E' and (resid 369 through 389 )	E	Q	369 - 389	246 - 266
35	35	chain 'E' and (resid 390 through 427 )	E	Q	390 - 427	267 - 293
36	36	chain 'E' and (resid 428 through 446 )	E	Q	428 - 446	294 - 312
37	37	chain 'E' and (resid 447 through 486 )	E	Q	447 - 486	313 - 352
38	38	chain 'F' and (resid -4 through 12 )	F	U	-4 - 12	1 - 17
39	39	chain 'F' and (resid 13 through 242 )	F	U	13 - 242	18 - 120
40	40	chain 'F' and (resid 243 through 270 )	F	U	243 - 270	121 - 148
41	41	chain 'F' and (resid 271 through 368 )	F	U	271 - 368	149 - 246
42	42	chain 'F' and (resid 369 through 389 )	F	U	369 - 389	247 - 267
43	43	chain 'F' and (resid 390 through 427 )	F	U	390 - 427	268 - 296
44	44	chain 'F' and (resid 428 through 446 )	F	U	428 - 446	297 - 315
45	45	chain 'F' and (resid 447 through 486 )	F	U	447 - 486	316 - 355
46	46	chain 'G' and (resid -1 through 26 )	G	Y	-1 - 26	1 - 28
47	47	chain 'G' and (resid 27 through 242 )	G	Y	27 - 242	29 - 117
48	48	chain 'G' and (resid 243 through 270 )	G	Y	243 - 270	118 - 145
49	49	chain 'G' and (resid 271 through 376 )	G	Y	271 - 376	146 - 251
50	50	chain 'G' and (resid 377 through 427 )	G	Y	377 - 427	252 - 290
51	51	chain 'G' and (resid 428 through 486 )	G	Y	428 - 486	291 - 349
52	52	chain 'H' and (resid -1 through 26 )	H	H	-1 - 26	1 - 28
53	53	chain 'H' and (resid 27 through 232 )	H	H	27 - 232	29 - 107
54	54	chain 'H' and (resid 233 through 257 )	H	H	233 - 257	108 - 132
55	55	chain 'H' and (resid 258 through 363 )	H	H	258 - 363	133 - 238
56	56	chain 'H' and (resid 364 through 398 )	H	H	364 - 398	239 - 273
57	57	chain 'H' and (resid 399 through 446 )	H	H	399 - 446	274 - 309
58	58	chain 'H' and (resid 447 through 486 )	H	H	447 - 486	310 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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