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Yorodumi- PDB-7mtx: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mtx | |||||||||
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Title | Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P176 | |||||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.44 Å | |||||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Bacillus anthracis in the complex with IMP and the inhibitor P176 Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mtx.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mtx.ent.gz | 871.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mtx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/7mtx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4mjmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40709.574 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) Gene: guaB, BA_0008, A9486_01210, ABW01_29210, BVG01_30935, COL95_27530 Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A6H3A7R4, IMP dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-IMP / #3: Chemical | ChemComp-ZO4 / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 10 % (W/V) PEG8000, 0.1 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.2, 0.2 M SODIUM CHLORIDE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 29, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→50 Å / Num. obs: 111274 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 35.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.49 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5504 / % possible all: 97.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MJM Resolution: 2.44→40.08 Å / SU ML: 0.2833 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 24.0567 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→40.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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