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- PDB-6wj0: Crystal structure of Fab 54-4H03 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wj0
タイトルCrystal structure of Fab 54-4H03
要素
  • Fab 54-4H03 heavy chain
  • Fab 54-4H03 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI127371 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99 AI139445 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Convergent Evolution in Breadth of Two VH6-1-Encoded Influenza Antibody Clonotypes from a Single Donor.
著者: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / ...著者: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / McDermott, A.B. / Wilson, I.A.
履歴
登録2020年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 54-4H03 heavy chain
L: Fab 54-4H03 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6644
ポリマ－48,4802
非ポリマー1842
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.441, 80.069, 107.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-600-

HOH

21H-612-

HOH

31L-405-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab 54-4H03 heavy chain


分子量: 24881.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab 54-4H03 light chain


分子量: 23598.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, and 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48821 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 28.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 370933
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.877.10.7153250.830.2870.7680.461100
1.87-1.967.80.45153970.940.1720.4830.479100
1.96-2.067.70.27453190.9710.1050.2940.52100
2.06-2.197.10.18753820.9830.0750.2020.576100
2.19-2.367.40.13153590.9910.0510.1410.645100
2.36-2.68.20.09654010.9950.0360.1030.767100
2.6-2.977.70.06854360.9970.0260.0731.146100
2.97-3.747.60.04854900.9990.0180.0511.79100
3.74-507.70.03957120.9990.0140.0421.90199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FQH

4fqh


解像度: 1.802→40.132 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 2359 4.84 %
Rwork0.1634 --
obs0.1654 48752 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.3 Å2 / Biso mean: 39.791 Å2 / Biso min: 16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.802→40.132 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 12 456 3860
Biso mean--42.85 49.81 -
残基数----443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0025073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3692244
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8022-1.83890.24941270.2303264197
1.8389-1.87890.22481360.1982684100
1.8789-1.92260.22231190.18612694100
1.9226-1.97070.21621310.18272702100
1.9707-2.0240.20841240.16252734100
2.024-2.08350.21641380.16612715100
2.0835-2.15080.22531460.16312670100
2.1508-2.22770.22431290.16952742100
2.2277-2.31680.21721390.1712683100
2.3168-2.42230.20411420.17462733100
2.4223-2.550.23671500.17982691100
2.55-2.70970.24011450.18472729100
2.7097-2.91890.23821510.18422735100
2.9189-3.21250.21921520.17342741100
3.2125-3.67710.20611420.15272766100
3.6771-4.63160.151390.13342805100
4.6316-40.1320.18721490.15672928100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93310.7096-0.94612.4666-0.81622.389-0.08990.1946-0.242-0.096-0.0212-0.00160.3563-0.01850.06820.24280.00890.02770.202-0.02320.223411.0499-18.457111.091
22.0085-0.1575-0.11451.285-0.05211.6021-0.0055-0.2492-0.00130.2915-0.1143-0.0621-0.06860.15320.01480.29020.0053-0.03190.2328-0.01490.172415.4866-2.813818.2614
32.4969-0.5055-1.35381.83261.15493.6284-0.0766-0.4314-0.11460.69410.0292-0.23340.16610.38840.02050.3997-0.0134-0.11930.37370.03770.267425.66827.591524.1184
42.3607-0.4206-0.42273.5227-0.03041.923-0.01710.0829-0.12290.0547-0.08050.3540.017-0.23280.09790.1983-0.00270.03280.2213-0.030.2119-6.539-2.698515.2811
53.93770.0787-1.08692.28010.23131.71560.18640.04770.12050.169-0.062-0.4108-0.2710.2752-0.11470.3087-0.0772-0.00730.2932-0.01560.222321.333922.219117.0152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resid 1:97)H1 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2(chain H and resid 98:133)H98 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resid 134:214)H134 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4(chain L and resid 1:106)L1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5(chain L and resid 107:213)L107 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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