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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wiy | |||||||||
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Title | Crystal structure of Fab 54-1G05 | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wu, N.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Convergent Evolution in Breadth of Two VH6-1-Encoded Influenza Antibody Clonotypes from a Single Donor. Authors: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / ...Authors: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / McDermott, A.B. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 162.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 449.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6wizC ![]() 6wj0C ![]() 6wj1C ![]() 4fqhS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24971.049 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Antibody | Mass: 23765.471 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl, and 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 62699 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.639 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 802134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FQH Resolution: 1.65→48.258 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.01 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.12 Å2 / Biso mean: 31.0469 Å2 / Biso min: 13.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→48.258 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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