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Yorodumi- PDB-6wiz: Crystal structure of Fab 54-1G05 bound to H1 influenza hemagglutinin -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wiz | |||||||||
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Title | Crystal structure of Fab 54-1G05 bound to H1 influenza hemagglutinin | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Influenza hemagglutinin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza A virus Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.2 Å | |||||||||
Authors | Wu, N.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Cell Host Microbe / Year: 2020 Title: Convergent Evolution in Breadth of Two VH6-1-Encoded Influenza Antibody Clonotypes from a Single Donor. Authors: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / ...Authors: Wu, N.C. / Andrews, S.F. / Raab, J.E. / O'Connell, S. / Schramm, C.A. / Ding, X. / Chambers, M.J. / Leung, K. / Wang, L. / Zhang, Y. / Mascola, J.R. / Douek, D.C. / Ledgerwood, J.E. / McDermott, A.B. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wiz.cif.gz | 397.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wiz.ent.gz | 327.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wiz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wiz_validation.pdf.gz | 480.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6wiz_full_validation.pdf.gz | 497.9 KB | Display | |
Data in XML | 6wiz_validation.xml.gz | 34.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6wiz_validation.cif.gz | 46.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/6wiz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wiyC 6wj0C 6wj1C 6fytS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36480.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A7Y8I1*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 19956.131 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A7UPX0*PLUS |
#3: Antibody | Mass: 24651.646 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#4: Antibody | Mass: 23662.328 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#5: Sugar | ChemComp-NAG / |
Has ligand of interest | N |
Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.41 Å3/Da / Density % sol: 80.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 50% PEG 200 and 0.1 M CHES pH 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4.2→46.844 Å / Num. obs: 19952 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 111.32 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.401 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.412 / Net I/σ(I): 4.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6FYT Resolution: 4.2→46.844 Å / SU ML: 0.75 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 43.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 289.24 Å2 / Biso mean: 134.9033 Å2 / Biso min: 50.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 4.2→46.844 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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