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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6077
タイトルCharacterization of a broadly neutralizing monoclonal antibody that targets the fusion domain of group 2 influenza A virus hemagglutinin
マップデータNegative stain reconstruction of Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2), initiated with common lines, refined with projection matching against single particles, under C3 symmetry
試料
  • 試料: Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2)
  • タンパク質・ペプチド: hemagglutinin
  • タンパク質・ペプチド: Fab of monoclonal antibody 9H10
キーワードgroup 2 influenza A virus / broadly neutralizing antibody
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.6 Å
データ登録者Tan GS / Lee PS / Hoffman RMB / Mazel-Sanchez B / Krammer F / Leon PE / Ward AB / Wilson IA / Palese P
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2014
タイトル: Characterization of a broadly neutralizing monoclonal antibody that targets the fusion domain of group 2 influenza A virus hemagglutinin.
著者: Gene S Tan / Peter S Lee / Ryan M B Hoffman / Beryl Mazel-Sanchez / Florian Krammer / Paul E Leon / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Peter Palese /
要旨: Due to continuous changes to its antigenic regions, influenza viruses can evade immune detection and cause a significant amount of morbidity and mortality around the world. Influenza vaccinations can ...Due to continuous changes to its antigenic regions, influenza viruses can evade immune detection and cause a significant amount of morbidity and mortality around the world. Influenza vaccinations can protect against disease but must be annually reformulated to match the current circulating strains. In the development of a broad-spectrum influenza vaccine, the elucidation of conserved epitopes is paramount. To this end, we designed an immunization strategy in mice to boost the humoral response against conserved regions of the hemagglutinin (HA) glycoprotein. Of note, generation and identification of broadly neutralizing antibodies that target group 2 HAs are rare and thus far have yielded only a few monoclonal antibodies (MAbs). Here, we demonstrate that mouse MAb 9H10 has broad and potent in vitro neutralizing activity against H3 and H10 group 2 influenza A subtypes. In the mouse model, MAb 9H10 protects mice against two divergent mouse-adapted H3N2 strains, in both pre- and postexposure administration regimens. In vitro and cell-free assays suggest that MAb 9H10 inhibits viral replication by blocking HA-dependent fusion of the viral and endosomal membranes early in the replication cycle and by disrupting viral particle egress in the late stage of infection. Interestingly, electron microscopy reconstructions of MAb 9H10 bound to the HA reveal that it binds a similar binding footprint to MAbs CR8020 and CR8043.
IMPORTANCE: The influenza hemagglutinin is the major antigenic target of the humoral immune response. However, due to continuous antigenic changes that occur on the surface of this glycoprotein, ...IMPORTANCE: The influenza hemagglutinin is the major antigenic target of the humoral immune response. However, due to continuous antigenic changes that occur on the surface of this glycoprotein, influenza viruses can escape the immune system and cause significant disease to the host. Toward the development of broad-spectrum therapeutics and vaccines against influenza virus, elucidation of conserved regions of influenza viruses is crucial. Thus, defining these types of epitopes through the generation and characterization of broadly neutralizing monoclonal antibodies (MAbs) can greatly assist others in highlighting conserved regions of hemagglutinin. Here, we demonstrate that MAb 9H10 that targets the hemagglutinin stalk has broadly neutralizing activity against group 2 influenza A viruses in vitro and in vivo.
履歴
登録2014年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年9月24日-
マップ公開2014年9月24日-
更新2014年11月12日-
現状2014年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6077.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6077.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain reconstruction of Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2), initiated with common lines, refined with projection matching against single particles, under C3 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.15 Å/pix.
x 64 pix.
= 393.6 Å		6.15 Å/pix.
x 64 pix.
= 393.6 Å		6.15 Å/pix.
x 64 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 24.0 / ムービー #1: 24
最小 - 最大-23.517362590000001 - 134.20054626000001
平均 (標準偏差)0.16498315 (±6.23728752)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 393.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.156.156.15
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ969680
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-23.517134.2010.165

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1...

全体名称: Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2)
要素
  • 試料: Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2)
  • タンパク質・ペプチド: hemagglutinin
  • タンパク質・ペプチド: Fab of monoclonal antibody 9H10

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超分子 #1000: Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1...

超分子名称: Fab 9H10 bound to hemagglutinin (H3) from Influenza A/Hong Kong/1/1968 (H3N2)
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: one hemagglutinin homotrimer binds to three 9H10 Fabs
Number unique components: 2
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: hemagglutinin

分子名称: hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) / 別称: flu virus
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #2: Fab of monoclonal antibody 9H10

分子名称: Fab of monoclonal antibody 9H10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: antigen-binding fragment / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 別称: house mouse
分子量理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein adsorbed for 20 seconds, blotted, stained with 2% uranyl formate for 20 seconds, and blotted again.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid coated with nitrocellulose and a thin layer of carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度平均: 298 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism monitored/corrected using continuously acquired FFTs at 52000X.
日付2014年2月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 283
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -55
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Initial model determined by common lines from reference-free class averages. Final model refined against single particles using projection matching.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Sparx / 使用した粒子像数: 4791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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