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- PDB-6qx2: 3.4A structure of benzoisoxazole 3 with S.aureus DNA gyrase and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qx2
タイトル3.4A structure of benzoisoxazole 3 with S.aureus DNA gyrase and DNA
要素
  • (DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)- ...) x 3
  • (DNA gyrase subunit ...) x 9
キーワードISOMERASE / Inhibitor / DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JK8 / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bax, B.D.
資金援助1件
組織認可番号
European Union115583
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / : 2019
タイトル: Structure-guided design of antibacterials that allosterically inhibit DNA gyrase.
著者: Thalji, R.K. / Raha, K. / Andreotti, D. / Checchia, A. / Cui, H. / Meneghelli, G. / Profeta, R. / Tonelli, F. / Tommasi, S. / Bakshi, T. / Donovan, B.T. / Howells, A. / Jain, S. / Nixon, C. / ...著者: Thalji, R.K. / Raha, K. / Andreotti, D. / Checchia, A. / Cui, H. / Meneghelli, G. / Profeta, R. / Tonelli, F. / Tommasi, S. / Bakshi, T. / Donovan, B.T. / Howells, A. / Jain, S. / Nixon, C. / Quinque, G. / McCloskey, L. / Bax, B.D. / Neu, M. / Chan, P.F. / Stavenger, R.A.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
A: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
K: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
J: DNA gyrase subunit A
M: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
L: DNA gyrase subunit A
N: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
R: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
V: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
b: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
a: DNA gyrase subunit A
d: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
c: DNA gyrase subunit A
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k: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
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m: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
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n: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
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s: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
r: DNA gyrase subunit A
u: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
t: DNA gyrase subunit A
v: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
w: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)993,37548
ポリマ-988,99736
非ポリマー4,37812
00
1
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
A: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,0648
ポリマ-165,3346
非ポリマー7302
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19190 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area55710 Å2
手法PISA
2
K: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
J: DNA gyrase subunit A
M: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
L: DNA gyrase subunit A
N: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2238
ポリマ-164,4936
非ポリマー7302
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19370 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area55710 Å2
手法PISA
3
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
R: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
V: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,7608
ポリマ-165,0306
非ポリマー7302
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19890 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area55580 Å2
手法PISA
4
b: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
a: DNA gyrase subunit A
d: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
c: DNA gyrase subunit A
e: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
f: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,3698
ポリマ-163,6406
非ポリマー7302
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19000 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area55570 Å2
手法PISA
5
k: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
j: DNA gyrase subunit A
m: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
l: DNA gyrase subunit A
n: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
o: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,9948
ポリマ-165,2646
非ポリマー7302
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19570 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area55850 Å2
手法PISA
6
s: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
r: DNA gyrase subunit A
u: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
t: DNA gyrase subunit A
v: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
w: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,9658
ポリマ-165,2356
非ポリマー7302
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20100 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area55160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.640, 410.120, 93.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12B
22K
13B
23M
14B
24S
15B
25U
16B
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17B
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28k
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29m
110B
210s
111B
211u
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115A
215R
116A
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117A
217a
118A
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119A
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122A
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224M
125D
225S
126D
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228d
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2198w

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSVALVALBA417 - 6382 - 186
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18LYSLYSALAALABA417 - 6372 - 185
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194ASNASNGLNGLNLJ10 - 4899 - 488
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198

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 9種, 24分子 BSbsACLRTacjlrtDUmKJMdku

#1: タンパク質
DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 20846.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, gyrB, SAV0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0K8, UniProt: P66936, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質
DNA gyrase subunit A


分子量: 55537.312 Da / 分子数: 11 / Mutation: 123 phosphotyrosine / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#3: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21111.018 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, gyrB, SAR0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0K8, UniProt: Q6GKU0, EC: 5.99.1.3
#5: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21009.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005, gyrB, SAUSA300_0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P66937, UniProt: Q2FKQ1, UniProt: P0A0K8*PLUS, EC: 5.99.1.3
#6: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 54370.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#7: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21274.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005, gyrB, SAUSA300_0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P66937, UniProt: Q2FKQ1, UniProt: P0A0K8*PLUS, EC: 5.99.1.3
#9: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 20363.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005, gyrB, SAR0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P66937, UniProt: Q6GKU0, UniProt: P0A0K8*PLUS, EC: 5.99.1.3
#11: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21080.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005, gyrB, SAR0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P66937, UniProt: Q6GKU0, UniProt: P0A0K8*PLUS, EC: 5.99.1.3
#12: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 21011.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005, gyrB, SAUSA300_0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P66937, UniProt: Q2FKQ1, UniProt: P0A0K8*PLUS, EC: 5.99.1.3

-
DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)- ... , 3種, 12分子 EFNOWenvwVof

#4: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6150.966 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5846.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#10: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5204.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 1種, 12分子

#13: 化合物
ChemComp-JK8 / (2~{R})-2-[[5-(2-chlorophenyl)-1,2-benzoxazol-3-yl]oxy]-2-phenyl-ethanamine


分子量: 364.825 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C21H17ClN2O2

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 10% perg 5k mme, 150mM Bis Tris pH6.2 - see paper for details.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.525
11-H-4/2L, -K, L20.475
反射解像度: 3.4→162.15 Å / Num. obs: 135780 / % possible obs: 81.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Num. unique obs: 20498 / Rpim(I) all: 0.237 / Rrim(I) all: 0.44 / % possible all: 83.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XCS
解像度: 3.4→162.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 20.499 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.119 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20834 6786 5 %RANDOM
Rwork0.17627 ---
obs0.17787 128993 80.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.745 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.76 Å20 Å2-1.93 Å2
2--15.83 Å20 Å2
3----23.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→162.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数61755 4642 312 0 66709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01369826
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01762645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.61195659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2371.642144583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14758294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.38221.4513735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.821511236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.57415652
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.29378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0277551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0215141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1955.76632804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1955.76632803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.438.6441197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.438.6441198
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9446.02537023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.0698.9454454
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.951284993
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.951284994
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11B55760.08
12D55760.08
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62b57660.03
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Rfactor反射数%反射
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Rwork0.209 8831 -
obs--74.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る