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- PDB-6plh: FAB fragment complexed with C-mannosylated tryptophan peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6plh
タイトルFAB fragment complexed with C-mannosylated tryptophan peptide
要素
  • Fab 5G12 heavy chain
  • Fab 5G12 light chain
  • Interleukin-21 receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-mannosylation / FAB-fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-21 receptor activity / Interleukin-21 signaling / natural killer cell activation / cytokine receptor activity / immunoglobulin mediated immune response / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / external side of plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / PHOSPHATE ION / Interleukin-21 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者John, A. / Jarva, M.A. / Goddard-Borger, E.D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1139546 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Yeast- and antibody-based tools for studying tryptophan C-mannosylation.
著者: John, A. / Jarva, M.A. / Shah, S. / Mao, R. / Chappaz, S. / Birkinshaw, R.W. / Czabotar, P.E. / Lo, A.W. / Scott, N.E. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2019年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 5G12 light chain
B: Fab 5G12 heavy chain
C: Interleukin-21 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6025
ポリマ－52,3273
非ポリマー2752
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.232, 89.892, 59.317
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Fab 5G12 light chain


分子量: 24119.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab 5G12 heavy chain


分子量: 23904.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Interleukin-21 receptor / IL-21R / Novel interleukin receptor


分子量: 4302.589 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 202-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL21R, NILR, UNQ3121/PRO10273 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9HBE5
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 371分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 1500, 0.1 M succinate-phosphate-glycine, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953664 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.95 Å / Num. obs: 58074 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 26.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 339287 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.635.11.4461341226180.3930.6941.609189.9
8.76-44.955.30.03719103620.9970.0180.04141.894.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MYK

5myk


解像度: 1.6→44.946 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 2824 4.87 %
Rwork0.1892 --
obs0.1908 58029 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.57 Å2 / Biso mean: 34.7777 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→44.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3415 0 27 370 3812
Biso mean--36.99 42 -
残基数----446
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5987-1.62620.43191210.38872515263690
1.6262-1.65580.38411320.36532663279594
1.6558-1.68770.39541460.33622719286596
1.6877-1.72210.3271340.30682757289197
1.7221-1.75960.27881380.27332710284897
1.7596-1.80050.31791310.26392802293397
1.8005-1.84550.25781390.2412709284897
1.8455-1.89540.24711480.21472751289998
1.8954-1.95120.28371360.22252779291598
1.9512-2.01420.24981550.22282722287798
2.0142-2.08610.26281300.22622786291698
2.0861-2.16970.24211280.20712819294798
2.1697-2.26840.26231280.19562800292898
2.2684-2.3880.21261620.19382762292499
2.388-2.53760.23311550.20242783293899
2.5376-2.73350.23361440.19562796294099
2.7335-3.00850.24111490.19552809295899
3.0085-3.44380.20331530.17962831298499
3.4438-4.33820.18311460.15022840298699
4.3382-44.96380.15861490.13692852300199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06160.2880.0311-0.18130.10981.41470.0440.04480.0241-0.0702-0.0385-0.01480.09630.37620.00930.16810.0386-0.02380.2123-0.02610.212618.27070.17768.6635
20.32660.07750.41350.11840.20511.34430.1219-0.09550.0024-0.0061-0.0661-0.03760.1606-0.09180.00270.1923-0.00850.03430.1854-0.0180.21745.0339-5.469918.8518
30.03770.0794-0.10640.1601-0.2160.30160.10230.0541-0.1656-0.02850.1469-0.00270.2573-0.04460.01820.5259-0.0404-0.05610.2161-0.03930.26641.1165-22.7173-10.6623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 219)A1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 221)B1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 12 through 301)C12 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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