PDB-6phg: Predicted germline variant of human transmission blocking antibod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6phg

タイトル

Predicted germline variant of human transmission blocking antibody 2544

要素

Germline 2544 Antibody Fab, Heavy Chain
Germline 2544 Antibody Fab, Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Complex / Antigen / Immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

McLeod, B.R. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Potent antibody lineage against malaria transmission elicited by human vaccination with Pfs25.
著者: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. ...

履歴

登録	2019年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6phg.cif.gz	182.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6phg.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6phg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6phg_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6phg_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	6phg_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	6phg_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6phbC 6phcC 6phdC 6phfC 6phhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mqm-4 3lex-2 1gpo-1 5e2v-d 5dlm-1 2g2r-1 1ucb-d 3cfj-3 3e8u-d 3g6j-4 1rih-d 3lex-1 6qu9-2 6srv-1 4z95-d 1kcr-d 6z3k-8 5tpl-d 8fab-2 5e2w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Germline 2544 Antibody Fab, Heavy Chain

B: Germline 2544 Antibody Fab, Light Chain

ヘテロ分子

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.843, 60.557, 61.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-379- HOH

#1: 抗体	Germline 2544 Antibody Fab, Heavy Chain 分子量: 24482.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Germline 2544 Antibody Fab, Light Chain 分子量: 23845.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 25 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. obs: 29727 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4002 / CC_1/2: 0.776 / R_pim(I) all: 0.247 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2→35.782 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2278	1999	6.73 %
R_work	0.1817	-	-
obs	0.1848	29699	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3231	0	6	197	3434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3316
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.696	4516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.126	1967
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	578

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3752	129	0.2905	1958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1054	0.3292	150	0.2569	1987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1674	0.2781	137	0.2394	1953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1674-2.2373	0.253	144	0.218	1961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2373-2.3173	0.2653	142	0.2169	1966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3173-2.41	0.2799	133	0.2068	1966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.5197	0.2825	145	0.205	1977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5197-2.6525	0.2388	142	0.2046	1974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6525-2.8186	0.2476	153	0.2041	1956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8186-3.0361	0.2207	150	0.198	1985	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0361-3.3415	0.2172	139	0.1901	1983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3415-3.8245	0.2416	152	0.1689	1987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8245-4.8166	0.1841	140	0.1352	1997	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8166-35.7875	0.1901	143	0.1599	2050	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3829	-0.9449	-0.8894	2.2105	0.7026	3.795	-0.2045	-0.3606	0.1501	0.1427	0.1039	0.0019	-0.2399	0.0838	0.0853	0.223	0.0554	-0.0368	0.2674	-0.0261	0.1825	26.2986	34.1202	72.9122
2	3.8317	-1.9262	-3.7713	1.9022	2.3359	4.4194	-0.1278	0.1752	-0.0261	-0.1348	0.0553	-0.0693	-0.1981	0.0291	0.0555	0.2982	0.0073	-0.0335	0.3961	-0.0297	0.2389	29.144	28.1609	60.0354
3	3.9114	-0.5272	-1.8321	2.5634	0.1936	1.865	-0.3592	-0.5255	-0.0094	0.3655	0.4749	0.3939	-0.0449	-0.2174	-0.1474	0.4257	0.2067	-0.0009	0.5211	0.1155	0.3179	-0.4435	35.8036	77.0701
4	3.4389	-0.2267	0.0073	3.0111	0.9449	3.1575	-0.2272	-0.6809	-0.8419	0.4949	0.1555	0.3505	0.7652	0.0962	0.0435	0.4647	0.1712	0.0803	0.4108	0.1496	0.5193	-5.5646	30.2901	74.7815
5	4.1034	0.9727	0.192	5.5092	2.013	7.2591	-0.2008	0.8574	0.4311	-0.2762	-0.1223	0.3642	-0.6726	-0.2803	0.2949	0.4213	0.1724	-0.0559	0.5876	0.0688	0.3336	10.5842	39.3723	48.7369
6	8.1891	-1.271	-0.9659	8.1493	-0.0084	5.2925	-0.098	0.9701	1.4936	-0.6092	-0.1166	-0.491	-0.7614	0.2771	0.2515	0.4246	-0.0272	-0.07	0.4127	0.0763	0.4662	23.9663	35.1256	51.005
7	6.6188	-2.552	-0.183	2.7908	0.4477	2.9299	-0.0219	0.69	-0.3975	-0.1491	-0.2821	0.3608	-0.1079	-0.6323	0.2633	0.262	0.0716	-0.0206	0.4427	-0.0497	0.2913	16.8588	28.8214	50.0118
8	6.3843	0.1188	-0.2999	5.1282	1.2181	5.0023	-0.2266	0.0964	1.124	0.0191	-0.0543	-0.1896	-0.4698	-0.1751	0.1255	0.355	0.0374	0.0129	0.2551	0.0459	0.2926	18.9528	38.2882	55.0492
9	3.2229	-0.7219	-0.0377	1.7728	0.4287	2.6918	-0.1508	-0.3749	-0.4026	0.2823	0.1838	0.1573	0.5192	0.2249	-0.0518	0.2627	0.0697	0.0298	0.2959	0.0417	0.3503	-12.2981	39.183	65.0671
10	2.7807	0.0025	0.1059	1.1282	0.1	2.7195	-0.1941	-0.2868	-0.1549	0.1654	0.2403	0.0502	0.185	0.2137	-0.0085	0.2695	0.0713	0.0228	0.2931	0.0643	0.272	-10.6781	43.0732	67.6427
11	4.3386	-1.7162	-3.3971	2.6548	2.147	7.0303	-0.0815	0.3096	-0.4621	-0.0033	-0.0444	0.0782	-0.2312	-0.8622	0.1005	0.2533	0.0329	0.0054	0.3419	0.0425	0.3714	-20.9153	42.4101	63.6522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 115 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 116 through 146 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 227 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 22 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 23 through 42 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 43 through 95 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 96 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 110 through 153 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 154 through 191 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 192 through 216 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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