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- PDB-6o3d: Crystal structure of the unbound Fab fragment of the human HIV-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3d
タイトルCrystal structure of the unbound Fab fragment of the human HIV-1 neutralizing antibody PGZL1.
要素
  • PGZL1 FAB HEAVY CHAIN
  • PGZL1 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / PGZL1 ANTI HIV-1 / GP41 MPER / MEMBRANE LIPIDS / BROADLY NEUTRALISING HIV-1 ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.402 Å
データ登録者Irimia, A. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI100663 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: An MPER antibody neutralizes HIV-1 using germline features shared among donors.
著者: Lei Zhang / Adriana Irimia / Lingling He / Elise Landais / Kimmo Rantalainen / Daniel P Leaman / Thomas Vollbrecht / Armando Stano / Daniel I Sands / Arthur S Kim / / Pascal Poignard / ...著者: Lei Zhang / Adriana Irimia / Lingling He / Elise Landais / Kimmo Rantalainen / Daniel P Leaman / Thomas Vollbrecht / Armando Stano / Daniel I Sands / Arthur S Kim / / Pascal Poignard / Dennis R Burton / Ben Murrell / Andrew B Ward / Jiang Zhu / Ian A Wilson / Michael B Zwick /
要旨: The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic ...The membrane-proximal external region (MPER) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) can be targeted by neutralizing antibodies of exceptional breadth. MPER antibodies usually have long, hydrophobic CDRH3s, lack activity as inferred germline precursors, are often from the minor IgG3 subclass, and some are polyreactive, such as 4E10. Here we describe an MPER broadly neutralizing antibody from the major IgG1 subclass, PGZL1, which shares germline V/D-region genes with 4E10, has a shorter CDRH3, and is less polyreactive. A recombinant sublineage variant pan-neutralizes a 130-isolate panel at 1.4 μg/ml (IC). Notably, a germline revertant with mature CDR3s neutralizes 12% of viruses and still binds MPER after DJ reversion. Crystal structures of lipid-bound PGZL1 variants and cryo-EM reconstruction of an Env-PGZL1 complex reveal how these antibodies recognize MPER and viral membrane. Discovery of common genetic and structural elements among MPER antibodies from different patients suggests that such antibodies could be elicited using carefully designed immunogens.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PGZL1 FAB LIGHT CHAIN
H: PGZL1 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,23213
ポリマ－47,2152
非ポリマー1,01711
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.590, 96.021, 67.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-301-

SO4

21H-601-

HOH

31H-608-

HOH

41H-634-

HOH

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要素

#1: 抗体 PGZL1 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23300.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PGZL1 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23913.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Reservoir: 20% PEG 4000, 20% glycerol, 0.08 M sodium acetate pH 4.6, 0.16 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月12日 / 詳細: NULL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→37.0477 Å / Num. obs: 89730 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rpim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3906 / Rpim(I) all: 0.609 / Rsym value: 0.891 / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.3.10位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fx7

2fx7


解像度: 1.402→37.035 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 4486 5 %
Rwork0.1464 --
obs0.1481 89715 95.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.402→37.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3288 0 65 579 3932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3915246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7421447
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009688
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4017-1.41760.31171250.27592377X-RAY DIFFRACTION80
1.4176-1.43430.3031360.27042576X-RAY DIFFRACTION86
1.4343-1.45180.30741360.25862583X-RAY DIFFRACTION88
1.4518-1.47020.30771430.24542705X-RAY DIFFRACTION90
1.4702-1.48950.24641410.23212694X-RAY DIFFRACTION90
1.4895-1.50990.26471480.20512799X-RAY DIFFRACTION95
1.5099-1.53150.25421490.19532853X-RAY DIFFRACTION96
1.5315-1.55430.22181560.18012956X-RAY DIFFRACTION97
1.5543-1.57860.22521490.16812846X-RAY DIFFRACTION97
1.5786-1.60450.21991510.16342864X-RAY DIFFRACTION97
1.6045-1.63220.22161510.16062868X-RAY DIFFRACTION97
1.6322-1.66180.19371540.1572909X-RAY DIFFRACTION97
1.6618-1.69380.22681510.15452869X-RAY DIFFRACTION97
1.6938-1.72840.1821520.14422888X-RAY DIFFRACTION97
1.7284-1.7660.21891440.13762738X-RAY DIFFRACTION92
1.766-1.8070.18311530.13052923X-RAY DIFFRACTION97
1.807-1.85220.18521520.12482873X-RAY DIFFRACTION97
1.8522-1.90230.15411530.12272918X-RAY DIFFRACTION97
1.9023-1.95830.16781510.1232869X-RAY DIFFRACTION97
1.9583-2.02150.14391540.12392921X-RAY DIFFRACTION98
2.0215-2.09370.16981540.13092942X-RAY DIFFRACTION98
2.0937-2.17760.18081550.13222927X-RAY DIFFRACTION98
2.1776-2.27660.19161450.13642754X-RAY DIFFRACTION94
2.2766-2.39670.17861570.14382976X-RAY DIFFRACTION99
2.3967-2.54680.2141550.14632942X-RAY DIFFRACTION99
2.5468-2.74340.18861550.1462941X-RAY DIFFRACTION99
2.7434-3.01930.15131540.14452940X-RAY DIFFRACTION98
3.0193-3.4560.17431510.1422860X-RAY DIFFRACTION95
3.456-4.35310.14181560.12992969X-RAY DIFFRACTION99
4.3531-37.04770.16731550.15022949X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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