PDB-6hgu: Crystal Structure of an anti-APP-tag Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hgu

タイトル

Crystal Structure of an anti-APP-tag Fab

要素

anti-APP-tag Fab heavy-chain
anti-APP-tag Fab light-chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG / Fab fragment

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Rondeau, J.M. / Goepfert, A.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis Reveals that the Cytokine IL-17F Forms a Homodimeric Complex with Receptor IL-17RC to Drive IL-17RA-Independent Signaling.
著者: Goepfert, A. / Lehmann, S. / Blank, J. / Kolbinger, F. / Rondeau, J.M.

履歴

登録	2018年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年3月11日	Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.1	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hgu.cif.gz	359 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hgu.ent.gz	291.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hgu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/6hgu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hg4C 6hg9C 6hgaC 6hgoC 3iflS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kdh-d 5wtt-2 4qhl-1 2vxu-2 4m93-2 3mnv-1 2w65-1 2c1o-2 5vga-d 2dqu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-APP-tag Fab heavy-chain

B: anti-APP-tag Fab light-chain

H: anti-APP-tag Fab heavy-chain

L: anti-APP-tag Fab light-chain

ヘテロ分子

96.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: anti-APP-tag Fab heavy-chain

B: anti-APP-tag Fab light-chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: anti-APP-tag Fab heavy-chain

L: anti-APP-tag Fab light-chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.240, 67.840, 77.860
Angle α, β, γ (deg.)	109.760, 92.360, 115.300
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	anti-APP-tag Fab heavy-chain / 6E10A5 Fab 分子量: 23832.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	anti-APP-tag Fab light-chain / anti-APP Fab 分子量: 24150.826 Da / 分子数: 2 / Fragment: anti-APP-tag Fab heavy-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.94 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 20% isopropanol, 10% PEG 1,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9788 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→35.75 Å / Num. obs: 159668 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.66 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 1150437 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.58	4.2	0.525	22902	0.893	0.291	0.601	94.5
4.75-35.75	6	0.022	4990	0.999	0.01	0.024	95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.7	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IFL

3ifl

解像度: 1.5→15.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.07 / SU R_free Blow DPI: 0.069 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.068

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	7948	4.98 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.188	159563	96.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.33 Å² / B_iso mean: 31.9 Å² / B_iso min: 14.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1219 Å²	3.9687 Å²	3.9884 Å²
2-	-	4.2976 Å²	-2.3678 Å²
3-	-	-	-1.1756 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→15.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6634	0	39	812	7485
B_iso mean	-	-	35.71	42.01	-
残基数	-	-	-	-	864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2258	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1128	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6855	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	925	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	8202	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6855	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	9347	HARMONIC	2	1.1
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				4.3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				13.79

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	549	4.73 %
R_work	0.2258	11054	-
all	0.2261	11603	-
obs	-	-	93.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7478	-0.7929	0.4577	1.6556	-0.3539	0.8187	-0.1389	0.1007	0.0164	-0.11	0.0622	-0.0074	0.0124	-0.0036	0.0767	-0.0332	-0.0175	-0.005	-0.0196	0.0002	-0.0418	3.7872	18.8917	4.3143
2	1.5066	0.0172	0.7948	2.1878	0.0823	1.5594	-0.0786	-0.0257	0.1321	0.0981	-0.0352	-0.1631	-0.078	-0.013	0.1138	-0.0538	0.0117	-0.0165	-0.0525	0.0111	-0.0328	18.7819	16.2831	20.1644
3	4.7187	3.978	0.3001	3.9946	0.1332	0.5062	-0.317	0.3713	-0.1097	-0.4021	0.3124	-0.1001	-0.018	0.0148	0.0046	-0.0304	-0.0417	0.0159	-0.0656	-0.0213	-0.0427	15.9201	53.1204	3.4197
4	1.8267	-0.3946	0.0821	3.0819	0.4534	0.8554	0.081	-0.0883	-0.0232	0.459	-0.0577	-0.2022	0.1088	-0.0715	-0.0233	0.0176	-0.0237	-0.0256	-0.0937	0.0176	-0.037	14.2499	52.6209	19.3852
5	0.5439	0.0096	0.5019	0.8054	-0.1977	2.6187	0.0156	-0.0664	0.0673	-0.0054	0.0239	0.0656	-0.0233	-0.1093	-0.0395	-0.0251	0.0002	0.0035	-0.0283	0.0127	-0.038	31.1289	36.5924	-26.4491
6	1.3744	0.0394	0.4321	1.8343	-0.1723	1.4587	0.0245	-0.0536	-0.0237	0.0663	-0.0239	-0.062	0.0818	-0.0201	-0.0006	-0.0469	-0.0099	-0.0231	-0.0193	0.0298	-0.0622	41.7133	25.6871	-10.5203
7	2.1064	2.8776	-0.607	5.7934	-1.6962	0.7757	-0.2053	0.1414	0.243	-0.4457	0.2657	0.4715	-0.0335	-0.0419	-0.0603	0.0568	-0.0703	-0.0522	-0.1295	0.0399	-0.0602	14.362	4.6616	-32.0803
8	1.5278	0.4299	1.5418	1.9584	0.8645	4.13	-0.0595	0.2114	-0.205	-0.1263	0.0559	-0.3878	0.0446	0.3094	0.0036	-0.0201	-0.0415	0.0672	-0.0703	-0.0133	-0.0234	29.5985	-1.6357	-30.9537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	group1
2	X-RAY DIFFRACTION	2	group2
3	X-RAY DIFFRACTION	3	group3
4	X-RAY DIFFRACTION	4	group4
5	X-RAY DIFFRACTION	5	group5
6	X-RAY DIFFRACTION	6	group6
7	X-RAY DIFFRACTION	7	group7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	group8

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