PDB-6meg: Crystal structure of human monoclonal antibody HEPC46

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6meg

タイトル

Crystal structure of human monoclonal antibody HEPC46

要素

antibody HEPC46 Heavy Chain
antibody HEPC46 Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: HCV Broadly Neutralizing Antibodies Use a CDRH3 Disulfide Motif to Recognize an E2 Glycoprotein Site that Can Be Targeted for Vaccine Design.
著者: Flyak, A.I. / Ruiz, S. / Colbert, M.D. / Luong, T. / Crowe Jr., J.E. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J.

履歴

登録	2018年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6meg.cif.gz	256.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6meg.ent.gz	209.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6meg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6meg_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6meg_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	6meg_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	6meg_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6meg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6meg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6medC 6meeC 6mefC 6mehC 6meiC 6mejC 6mekC 3p30S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wca-d 4qhk-1 4rnr-2 5kg9-2 5cgy-2 4yo0-1 5y9k-d 6p3b-d 6y1m-d 2fl5-4 6p60-1 4odu-2 4trp-d 5bk3-3 6p60-2 1jnh-2 1s3k-d 4m5y-1 4qf1-2 4qhk-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: antibody HEPC46 Heavy Chain

L: antibody HEPC46 Light Chain

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.640, 71.302, 108.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	antibody HEPC46 Heavy Chain 分子量: 24681.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	antibody HEPC46 Light Chain 分子量: 22938.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.36 % / Mosaicity: 0.44 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 30% PEG 2,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.41→48.81 Å / Num. obs: 81686 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 402521 / Scaling rejects: 227

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.41-1.43	5	0.893	20048	4003	0.64	0.429	0.995	1.6	99.8
7.72-48.81	5.4	0.04	3122	575	0.997	0.018	0.044	30.9	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P30

3p30

解像度: 1.41→33.872 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	4072	4.99 %
R_work	0.1743	77538	-
obs	0.1756	81610	99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.17 Å² / B_iso mean: 27.164 Å² / B_iso min: 9.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.41→33.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3224	0	0	597	3821
B_iso mean	-	-	-	33.19	-
残基数	-	-	-	-	432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3309
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	4521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.502	1177

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.41-1.4266	0.2899	149	0.2853	2659	2808	100
1.4266-1.444	0.3182	127	0.2812	2651	2778	100
1.444-1.4623	0.327	142	0.2778	2660	2802	100
1.4623-1.4815	0.2717	126	0.271	2702	2828	100
1.4815-1.5018	0.2596	126	0.2479	2633	2759	100
1.5018-1.5233	0.3077	140	0.2433	2680	2820	100
1.5233-1.546	0.2345	152	0.2398	2621	2773	99
1.546-1.5702	0.2367	134	0.2279	2579	2713	97
1.5702-1.5959	0.2553	136	0.2201	2591	2727	97
1.5959-1.6234	0.2482	138	0.2161	2688	2826	100
1.6234-1.6529	0.263	148	0.2136	2667	2815	100
1.6529-1.6847	0.2461	150	0.2104	2628	2778	100
1.6847-1.7191	0.2298	138	0.1996	2703	2841	100
1.7191-1.7565	0.234	136	0.2001	2681	2817	100
1.7565-1.7973	0.2379	135	0.1986	2656	2791	100
1.7973-1.8423	0.2458	137	0.1939	2671	2808	99
1.8423-1.8921	0.2152	135	0.186	2595	2730	96
1.8921-1.9478	0.1981	146	0.179	2684	2830	100
1.9478-2.0106	0.2107	159	0.1767	2666	2825	100
2.0106-2.0825	0.2089	140	0.1691	2681	2821	100
2.0825-2.1658	0.1922	149	0.173	2695	2844	100
2.1658-2.2644	0.1974	135	0.165	2691	2826	99
2.2644-2.3838	0.1999	153	0.1643	2638	2791	98
2.3838-2.5331	0.1716	135	0.165	2659	2794	98
2.5331-2.7286	0.1648	136	0.1634	2719	2855	99
2.7286-3.003	0.2058	133	0.161	2713	2846	99
3.003-3.4372	0.1914	137	0.1601	2723	2860	98
3.4372-4.3291	0.1475	148	0.145	2763	2911	100
4.3291-33.882	0.1829	152	0.1494	2841	2993	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4821	0.0622	-0.2425	0.2311	-0.0777	0.5502	0.2783	-0.0256	0.4029	-0.0575	0.0701	-0.02	-0.3099	-0.1784	-0.0357	0.2666	0.0864	0.2051	0.1325	0.0116	0.2993	27.195	37.114	113.611
2	1.6826	-0.0432	-0.1472	1.4735	-0.1712	1.2176	-0.0839	0.0759	-0.1725	-0.0442	-0.0368	-0.0049	-0.0782	0.1653	0.1149	0.1294	-0.0016	0.0021	0.1444	0.0177	0.1114	23.432	25.186	83.954
3	1.0269	-0.2556	0.0616	1.0179	0.1716	1.8228	0.1055	-0.0616	-0.1168	-0.046	0.0662	0.0191	0.0157	-0.0005	-0.1511	0.0848	-0.001	-0.0156	0.109	0.0087	0.1161	26.32	16.121	119.076
4	0.8031	-0.0722	0.2017	1.5718	-0.4643	1.2215	0.1001	0.0274	0.0102	-0.1849	-0.1056	-0.1348	0.1385	-0.0133	0.0096	0.1583	0.0085	0.0076	0.1403	0.0167	0.1223	33.988	13.307	81.715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 1:118 )	H	1 - 118
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 119:214 )	H	119 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:111 )	L	1 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 112:209 )	L	112 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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