PDB-4yo0: Crystal structure of monoclonal anti-human podoplanin antibody NZ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yo0

タイトル

Crystal structure of monoclonal anti-human podoplanin antibody NZ-1 with bound PA peptide

要素

Heavy chain of antigen binding fragment, Fab
Light chain of antigen binding fragment, Fab
PA14 peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibodies / Monoclonal / Antibody Affinity / Chromatography / Affinity / Epitopes / Rats / Immunoglobulin Fab Fragments / Kinetics / Peptides / Protein Binding / Proteins / Recombinant Fusion Proteins / Human podoplanin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of myofibroblast contraction / lymphatic endothelial cell fate commitment / leading edge of lamellipodium / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / actin-mediated cell contraction / chemokine binding / positive regulation of extracellular matrix disassembly / Specification of primordial germ cells / lymphangiogenesis / regulation of lamellipodium morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Fujii, Y. / Kitago, Y. / Arimori, T. / Takagi, J.

引用

ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2016
タイトル: Tailored placement of a turn-forming PA tag into the structured domain of a protein to probe its conformational state
著者: Fujii, Y. / Matsunaga, Y. / Arimori, T. / Kitago, Y. / Ogasawara, S. / Kaneko, M.K. / Kato, Y. / Takagi, J.

履歴

登録	2015年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 2.0	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yo0.cif.gz	354.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yo0.ent.gz	289.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yo0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yo0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ynySC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cd3-2 4qhk-1 3idi-d 4trp-d 5kg9-2 1r24-3 6p60-4 4qhk-2 5f6h-2 6y1m-d 5wca-d 5itb-d 4rnr-2 5ggu-2 7kqy-2 4ktd-d 4a6y-2 6nfn-1 3mme-3 6meg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

B: Light chain of antigen binding fragment, Fab

C: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

D: Light chain of antigen binding fragment, Fab

E: PA14 peptide

F: PA14 peptide

ヘテロ分子

105 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

B: Light chain of antigen binding fragment, Fab

E: PA14 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Heavy chain of antigen binding fragment, Fab

D: Light chain of antigen binding fragment, Fab

F: PA14 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.180, 80.010, 132.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Heavy chain of antigen binding fragment, Fab 分子量: 25560.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Light chain of antigen binding fragment, Fab 分子量: 25494.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド	PA14 peptide 分子量: 1345.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86YL7*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCES OF THIS PROTEIN WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...THE SEQUENCES OF THIS PROTEIN WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→40 Å / Num. obs: 121358 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.56→1.65 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: 000)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YNY

4yny

解像度: 1.56→40 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.67

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2141	6035	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1791	-	-	-
obs	0.1808	121132	97.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6441	0	4	499	6944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	6755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.504	9230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.044	4072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	1048
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.5777	0.4321	166	0.3812	3118	X-RAY DIFFRACTION	81
1.5777-1.5963	0.3368	183	0.3214	3550	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5963-1.6158	0.318	173	0.3036	3839	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6158-1.6362	0.3209	217	0.2908	3791	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6362-1.6577	0.2905	204	0.271	3770	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6577-1.6804	0.3068	191	0.2625	3864	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6804-1.7045	0.2859	200	0.2435	3832	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7045-1.7299	0.2796	198	0.2416	3778	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7299-1.7569	0.2584	204	0.2339	3889	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7569-1.7857	0.2371	197	0.2136	3753	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7857-1.8165	0.2602	207	0.2066	3888	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8165-1.8496	0.2279	203	0.2034	3829	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8496-1.8851	0.2321	202	0.1952	3835	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8851-1.9236	0.2397	206	0.1908	3899	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9236-1.9654	0.246	201	0.1912	3836	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9654-2.0112	0.2299	206	0.1903	3914	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0112-2.0614	0.216	199	0.1909	3809	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0614-2.1172	0.2544	205	0.1866	3903	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1172-2.1795	0.2375	204	0.1824	3852	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1795-2.2498	0.2185	205	0.1812	3903	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2498-2.3302	0.2295	204	0.1861	3924	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3302-2.4235	0.1952	206	0.1923	3893	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4235-2.5338	0.2401	206	0.1917	3909	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5338-2.6673	0.2411	208	0.1897	3945	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6673-2.8344	0.2058	206	0.1836	3926	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8344-3.0532	0.2326	207	0.1841	3926	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0532-3.3603	0.2036	207	0.1812	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3603-3.8462	0.1844	209	0.1549	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8462-4.8445	0.1756	209	0.1295	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8445-40.0181	0.1697	202	0.1543	3855	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.403	-0.1427	1.6553	2.1949	-0.0417	2.175	-0.1705	-0.3238	-0.1204	0.0833	0.1672	0.1207	-0.1105	-0.1226	0.0059	0.183	0.0212	0.049	0.1763	0.0368	0.1862	-52.7074	13.2613	-55.4384
2	3.5902	-0.8042	-0.6183	3.9045	0.053	6.4216	-0.0769	-0.1534	-0.1297	0.2986	0.0814	0.0252	0.6283	-0.1531	-0.0163	0.4895	0.0222	-0.0057	0.2797	0.0156	0.1952	-44.0353	33.8134	-33.2712
3	1.463	-0.6438	-0.1161	7.0448	0.6889	1.2317	-0.026	-0.047	0.0029	0.0551	0.1015	0.4043	0.0621	-0.0984	-0.0672	0.2319	0.0073	-0.0053	0.1746	0.0305	0.1966	-63.3596	31.7487	-64.2808
4	4.1806	-1.4798	2.3826	5.0509	-1.2619	6.5366	-0.2458	-0.0783	0.2963	0.2304	-0.0629	-0.6928	-0.7508	0.342	0.295	0.527	-0.0436	-0.037	0.2928	0.0667	0.2902	-39.5939	48.0531	-40.8213
5	1.8699	1.6135	0.4259	4.2881	1.788	3.2186	-0.3017	0.2076	0.275	-0.645	0.2336	0.3051	-0.2898	-0.0206	0.0141	0.2542	-0.0174	-0.0455	0.1643	0.0299	0.2832	-27.6198	25.815	-8.6946
6	4.3853	-0.2717	0.8446	4.77	-0.1601	5.1346	0.1889	-0.1721	-0.4156	-0.9538	0.302	0.9421	-0.5133	-0.5107	-0.4083	0.5822	0.0124	-0.1271	0.3501	0.1222	0.4614	-38.111	7.3409	-28.4102
7	2.0218	0.6811	0.0427	6.4893	0.894	0.6703	-0.0112	-0.1848	-0.0152	0.5424	0.0465	-0.1479	0.006	-0.055	-0.0297	0.2255	0.0144	-0.0085	0.1621	0.0132	0.1872	-27.2623	7.4964	5.0722
8	2.8527	0.1789	2.6884	2.8905	-0.3731	5.5844	0.3024	0.0654	-0.5689	-0.9457	0.3893	0.4281	0.2857	-0.2282	-0.6268	0.5985	-0.0285	-0.2051	0.3444	0.0651	0.5088	-30.6634	-7.6868	-28.7994
9	7.4865	3.7129	-5.2744	5.8428	-2.4209	8.2401	-0.0664	0.2241	-0.561	-0.3695	0.018	0.8842	-0.1598	-0.9844	0.0763	0.2229	0.0129	-0.0545	0.2351	0.017	0.4387	-67.2766	10.9532	-64.9584
10	4.8024	-4.5642	0.3299	4.9107	0.9376	2.7246	-0.201	-0.5478	0.3517	0.9364	-0.0093	0.2664	0.0722	-0.5317	0.2053	0.3277	0.0148	0.0207	0.2265	-0.0468	0.3522	-29.2723	28.9482	7.9986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 20:137)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 138:235)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resseq 20:130)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resseq 131:229)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resseq 20:137)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resseq 138:235)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resseq 20:130)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resseq 131:229)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain E and resseq 3:14)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain F and resseq 4:14)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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