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- PDB-5kg9: Crystal structure of the gp120 v2 antibody RE505-22 Fab from IGH-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kg9
タイトルCrystal structure of the gp120 v2 antibody RE505-22 Fab from IGH- and IGK-humanized mouse
要素
  • Antibody RE505-22 Fab heavy chain
  • Antibody RE505-22 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 gp120 antibody Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nicely, N.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1-AI100645 米国
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Immunodominance of Antibody Recognition of the HIV Envelope V2 Region in Ig-Humanized Mice.
著者: Wiehe, K. / Nicely, N.I. / Lockwood, B. / Kuraoka, M. / Anasti, K. / Arora, S. / Bowman, C.M. / Stolarchuk, C. / Parks, R. / Lloyd, K.E. / Xia, S.M. / Duffy, R. / Shen, X. / Kyratsous, C.A. / ...著者: Wiehe, K. / Nicely, N.I. / Lockwood, B. / Kuraoka, M. / Anasti, K. / Arora, S. / Bowman, C.M. / Stolarchuk, C. / Parks, R. / Lloyd, K.E. / Xia, S.M. / Duffy, R. / Shen, X. / Kyratsous, C.A. / Macdonald, L.E. / Murphy, A.J. / Scearce, R.M. / Moody, M.A. / Alam, S.M. / Verkoczy, L. / Tomaras, G.D. / Kelsoe, G. / Haynes, B.F.
履歴
登録2016年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42021年3月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody RE505-22 Fab heavy chain
L: Antibody RE505-22 Fab light chain
A: Antibody RE505-22 Fab heavy chain
B: Antibody RE505-22 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9044
ポリマ－94,9044
非ポリマー00
水66737
1
H: Antibody RE505-22 Fab heavy chain
L: Antibody RE505-22 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4522
ポリマ－47,4522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
2
A: Antibody RE505-22 Fab heavy chain
B: Antibody RE505-22 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4522
ポリマ－47,4522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.183, 76.749, 184.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Antibody RE505-22 Fab heavy chain


分子量: 23683.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): Expi392 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody RE505-22 Fab light chain


分子量: 23768.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaF, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月9日
放射モノクロメーター: insertion device / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.507 Å / Num. obs: 46019 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HPY, 3FFD

4hpy

3ffd


解像度: 2.3→39.507 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.51
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2807 1952 4.36 %Random
Rwork0.24 ---
obs0.2418 44809 96.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6434 0 0 37 6471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7538962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.472339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35830.35681130.32242616X-RAY DIFFRACTION84
2.3583-2.4220.36841180.30782882X-RAY DIFFRACTION92
2.422-2.49330.32011470.29612950X-RAY DIFFRACTION94
2.4933-2.57380.34471320.29382990X-RAY DIFFRACTION96
2.5738-2.66570.3411440.29332983X-RAY DIFFRACTION96
2.6657-2.77240.30891330.29313077X-RAY DIFFRACTION98
2.7724-2.89860.30871490.2813052X-RAY DIFFRACTION98
2.8986-3.05130.31771440.27913104X-RAY DIFFRACTION99
3.0513-3.24240.35611380.27763138X-RAY DIFFRACTION100
3.2424-3.49260.31181470.25833149X-RAY DIFFRACTION100
3.4926-3.84390.24551440.23593169X-RAY DIFFRACTION100
3.8439-4.39940.25171440.19883185X-RAY DIFFRACTION100
4.3994-5.54040.24041440.18023222X-RAY DIFFRACTION100
5.5404-39.50690.231550.20863340X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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