PDB-5y9k: Structure of the belimumab Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y9k

タイトル

Structure of the belimumab Fab fragment

要素

belimumab heavy chain
belimumab light chain

キーワード

PROTEIN BINDING / belimumab / antibody / BAFF / lupus

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Heo, Y.-S. / Shin, W.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: BAFF-neutralizing interaction of belimumab related to its therapeutic efficacy for treating systemic lupus erythematosus.
著者: Shin, W. / Lee, H.T. / Lim, H. / Lee, S.H. / Son, J.Y. / Lee, J.U. / Yoo, K.Y. / Ryu, S.E. / Rhie, J. / Lee, J.Y. / Heo, Y.S.

履歴

登録	2017年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y9k.cif.gz	180.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y9k.ent.gz	141.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/5y9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cr9-d 1uz8-1 1s3k-d 4qhk-4 4m5y-1 4qhm-1 5wca-d 2vq1-2 5kg9-1 5kg9-2 6ele-1 6meg-d 5cgy-2 4j1u-3 6dca-4 4qhk-1 4yhy-1 4zyk-1 5awn-d 6p8d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: belimumab light chain

H: belimumab heavy chain

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.912, 52.279, 63.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	belimumab light chain 分子量: 22764.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	belimumab heavy chain 分子量: 24982.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v)polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 31056 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 40.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.9→26.314 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2057	1571	5.06 %
R_work	0.1665	-	-
obs	0.1686	31056	97.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3172	0	0	393	3565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	4428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.209	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	573

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9005-1.9618	0.2521	130	0.1829	2471	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9618-2.0319	0.2352	137	0.1807	2639	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0319-2.1132	0.2066	163	0.1678	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1132-2.2093	0.224	124	0.1733	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2093-2.3258	0.2414	146	0.1806	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3258-2.4714	0.2403	129	0.1809	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4714-2.662	0.2527	147	0.1841	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.662-2.9296	0.2107	162	0.174	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9296-3.3528	0.1957	132	0.1651	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3528-4.2213	0.1861	145	0.1455	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2213-26.317	0.1774	156	0.1622	2686	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.288	-0.4185	-0.4802	4.0527	0.4453	1.9934	-0.0454	-0.0466	-0.0666	0.006	0.0269	0.0194	0.0747	0.0085	0.0105	0.1311	0.0021	-0.0147	0.1635	0.0003	0.1462	28.3174	4.503	22.7529
2	3.9911	-1.6247	0.1084	4.4614	0.3774	2.3393	0.1167	0.0132	-0.0025	-0.337	-0.0973	0.1257	0.0542	0.0197	-0.0099	0.2109	0.0155	0.0197	0.1512	-0.0156	0.1849	0.3941	-20.8193	13.2487
3	2.2003	0.5947	0.863	3.3249	1.033	2.9392	0.0289	0.0682	-0.0673	-0.2598	-0.0013	0.1775	-0.0568	-0.0434	-0.0443	0.147	0.0242	-0.0107	0.1742	0.0061	0.1543	-11.0428	-2.9316	17.8744
4	2.3751	0.6703	-1.2322	1.2061	-0.847	5.1758	0.0347	0.0036	0.0661	-0.1	-0.0113	0.0341	0.139	0.1529	-0.0254	0.1642	0.0214	-0.0119	0.1434	-0.0137	0.1876	15.8234	11.5999	14.5996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and ((resseq 111:211))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and ((resseq 3:110))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and ((resseq 2:123))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and ((resseq 124:224))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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