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Yorodumi- PDB-4qf1: Crystal structure of unliganded CH59UA, the inferred unmutated an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qf1 | ||||||
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Title | Crystal structure of unliganded CH59UA, the inferred unmutated ancestor of the RV144 anti-HIV antibody lineage producing CH59 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / anti-HIV antibody / gp120 | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TRIETHYLENE GLYCOL Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Wiehe, K. / Easterhoff, D. / Luo, K. / Nicely, N.I. / Bradley, T. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Zhang, R. / Lloyd, K.E. / Stolarchuk, C. ...Wiehe, K. / Easterhoff, D. / Luo, K. / Nicely, N.I. / Bradley, T. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Zhang, R. / Lloyd, K.E. / Stolarchuk, C. / Parks, R. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / Morris, L. / Kaewkungwal, J. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Rerks-Ngarm, S. / Michael, N. / Kim, J. / Kelsoe, G. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G. / Bonsignori, M. / Santra, S. / Kepler, T.B. / Alam, S.M. / Moody, M.A. / Liao, H.-X. / Haynes, B.F. | ||||||
Citation | Journal: Immunity / Year: 2014 Title: Antibody Light-Chain-Restricted Recognition of the Site of Immune Pressure in the RV144 HIV-1 Vaccine Trial Is Phylogenetically Conserved. Authors: Wiehe, K. / Easterhoff, D. / Luo, K. / Nicely, N.I. / Bradley, T. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Zhang, R. / Lloyd, K.E. / Stolarchuk, C. / Parks, R. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / ...Authors: Wiehe, K. / Easterhoff, D. / Luo, K. / Nicely, N.I. / Bradley, T. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Zhang, R. / Lloyd, K.E. / Stolarchuk, C. / Parks, R. / Sutherland, L.L. / Scearce, R.M. / Morris, L. / Kaewkungwal, J. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Rerks-Ngarm, S. / Sinangil, F. / Phogat, S. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Kelsoe, G. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Bonsignori, M. / Santra, S. / Kepler, T.B. / Alam, S.M. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qf1.cif.gz | 338.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qf1.ent.gz | 277.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qf1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4qf1_validation.pdf.gz | 482.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4qf1_full_validation.pdf.gz | 492.1 KB | Display | |
Data in XML | 4qf1_validation.xml.gz | 33.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4qf1_validation.cif.gz | 46.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qf1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a heterodimer consisting of one H chain and one L chain or one A chain and one B chain. |
-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#1: Antibody | Mass: 23958.779 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Organ (production host): Kidney / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22878.275 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293F / Organ (production host): Kidney / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 5 types, 209 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: A drop of 0.3 ul protein plus 0.3 ul reservoir, over the 60 ul reservoir which was 0.05 M CaCl2 dihydrate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 45% PEG 200., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2012 |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→25.8 Å / Num. all: 44705 / Num. obs: 44571 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 3.6 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 17.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Mature unliganded CH59 Fab Resolution: 2.4→25.8 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / Phase error: 21.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.548 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→25.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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