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- PDB-6kvf: Structure of anti-hCXCR2 abN48 in complex with its CXCR2 epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kvf
タイトルStructure of anti-hCXCR2 abN48 in complex with its CXCR2 epitope
要素
  • Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2
  • heavy chain
  • light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody-Antigen complex / CXCR2
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / neutrophil activation / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis ...interleukin-8-mediated signaling pathway / mast cell granule / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / neutrophil activation / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / cellular defense response / neutrophil chemotaxis / secretory granule membrane / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / receptor internalization / mitotic spindle / chemotaxis / microtubule cytoskeleton / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 2 / CXC chemokine receptor 1/2 / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Xiang, J.C. / Yan, L. / Yang, B. / Wilson, I.A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31600619 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Selection of a picomolar antibody that targets CXCR2-mediated neutrophil activation and alleviates EAE symptoms.
著者: Shi, X. / Wan, Y. / Wang, N. / Xiang, J. / Wang, T. / Yang, X. / Wang, J. / Dong, X. / Dong, L. / Yan, L. / Li, Y. / Liu, L. / Hou, S. / Zhong, Z. / Wilson, I.A. / Yang, B. / Yang, G. / Lerner, R.A.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: heavy chain
A: heavy chain
L: light chain
C: light chain
b: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2
B: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0036
ポリマ－98,0036
非ポリマー00
水23413
1
H: heavy chain
L: light chain
b: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0013
ポリマ－49,0013
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
2
A: heavy chain
C: light chain
B: Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0013
ポリマ－49,0013
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.509, 76.082, 85.364
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 heavy chain


分子量: 23979.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 light chain


分子量: 23646.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Peptide from C-X-C chemokine receptor type 2 / CXCR2 peptide


分子量: 1375.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25025
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 2% v/v Polyethylene glycol 400, 2.0M Ammonium sulfate
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 24116 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 67 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 2817 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XCN

4xcn


解像度: 2.79→39.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 1174 4.9 %RANDOM
Rwork0.2283 ---
obs0.23 22942 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.25 Å2 / Biso mean: 65.432 Å2 / Biso min: 28.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.63 Å20 Å20.81 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3---1.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.79→39.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6465 0 25 13 6503
Biso mean--101.93 39.34 -
残基数----860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0146640
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7621.6549055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.381.63713638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5875852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33822.738263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.469151006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1331524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0330.2878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021243
LS精密化 シェル解像度: 2.794→2.867 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 79 -
Rwork0.327 1645 -
all-1724 -
obs--97.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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