PDB-3r06: Crystal structure of anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r06

タイトル

Crystal structure of anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab fragment

要素

anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain
anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / anti-CD3epsilon / T-cell receptor / signalling

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Cricetulus migratorius (ネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shore, D.A. / Zhu, X. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: T cell receptors are structures capable of initiating signaling in the absence of large conformational rearrangements.
著者: Fernandes, R.A. / Shore, D.A. / Vuong, M.T. / Yu, C. / Zhu, X. / Pereira-Lopes, S. / Brouwer, H. / Fennelly, J.A. / Jessup, C.M. / Evans, E.J. / Wilson, I.A. / Davis, S.J.

履歴

登録	2011年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r06.cif.gz	659 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r06.ent.gz	551.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r06	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3r08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hq4-1 4ocy-d 6ubi-1 1nak-2 4ocx-d 3wfh-d 5gir-2 7lk9-1 1ngx-2 3s62-d 5cd3-2 6amj-1 7lka-3 3w9d-2 2v7n-2 3j93-d 5iie-1 4yny-1 6pxg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

B: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain

C: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

D: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain

E: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

F: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain

H: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain

L: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

187 kDa, 8 ポリマー
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1

A: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

B: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

D: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain

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3

E: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

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4

H: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain

L: anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	106.171, 72.386, 127.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab light chain 分子量: 23646.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma
#2: 抗体	anti-mouse CD3epsilon antibody 2C11 Fab heavy chain 分子量: 23149.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, PEG 4000, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器	検出器: ADSC QUANTUM 315 / 日付: 2006年6月19日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 62077 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 62.61 Å²
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.5→36.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	3142	5.06 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.193	62054	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.5 Å² / B_iso mean: 60.4514 Å² / B_iso min: 24.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.6931 Å²	0 Å²	5.448 Å²
2-	-	9.8123 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1192 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.347 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13018	0	0	409	13427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4406	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	292	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1927	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	13338	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1795	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	14526	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	13338	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	18172	2	1.22
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion			3.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion			19.82

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	211	5.71 %
R_work	0.2242	3486	-
all	0.2259	3697	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0901	3.5448	2.4094	4.6474	2.5294	4.1626	0.1536	0.3325	-0.4596	0.1059	-0.0267	-0.0099	0.6967	-0.0378	-0.1268	0.0629	0.0052	0.0179	-0.1787	-0.0541	-0.1293	-1.5298	15.1582	-31.5288
2	2.6623	-0.6381	-1.1055	1.7139	-0.4098	2.227	0.0012	-0.2741	0.0176	0.2544	0.0952	0.1492	0.0679	-0.0291	-0.0963	0.0488	-0.0196	-0.0257	-0.12	0.0037	-0.1108	1.4083	22.3322	3.3415
3	1.3861	1.5934	0.1995	1.9605	0.9615	11.2468	-0.0143	-0.3209	-0.1031	-0.1007	-0.1222	0.3788	0.3981	-0.1577	0.1365	0.0361	-0.0213	-0.0443	-0.1218	-0.056	-0.1718	-23.5161	10.6345	-26.7317
4	2.102	1.5221	0.1228	2.6392	0.4306	1.3823	-0.1215	-0.0716	-0.0454	0.1349	0.0864	0.0808	0.0233	-0.0705	0.0351	0.0393	0.0299	-0.0392	-0.1329	0.0345	-0.0448	-10.8251	31.6587	-1.1663
5	3.2314	1.0369	0.2136	0.8034	-1.0514	5.1688	0.0148	0.0077	0.3696	0.0735	-0.0724	0.057	-0.6872	-0.3796	0.0577	0.0098	0.0891	-0.0354	-0.1755	-0.0459	-0.0544	8.9102	10.3913	36.7933
6	2.8944	-0.2371	1.4096	2.1846	0.6044	2.6572	0.024	0.0934	0.1676	0.3788	0.0113	-0.1754	0.0476	0.1087	-0.0353	0.1776	-0.0216	-0.0969	-0.2466	-0.0204	-0.1103	32.905	3.159	63.3434
7	4.9748	0.7908	2.6655	2.0584	-0.5177	4.2531	-0.173	0.8835	0.4126	-0.0232	-0.0238	-0.1782	-0.3007	0.3502	0.1968	-0.0344	-0.0014	-0.046	-0.0655	0.0611	-0.0934	26.2528	11.3841	21.6934
8	1.485	0.3657	-0.2016	1.5607	-1.5238	2.9044	0.0474	0.1081	0.0722	0.2685	0.0623	-0.1076	0.0041	0.0768	-0.1097	0.2005	0.0176	-0.0663	-0.2481	-0.0383	-0.0941	38.115	-6.1217	51.3857
9	2.8687	-0.3524	0.5455	3.7974	3.2349	3.1755	-0.1019	-0.0695	0.4556	0.0432	0.0216	0.2426	-0.4535	0.194	0.0803	-0.0475	-0.0391	0.0762	-0.1503	-0.0096	0.0225	78.1837	-8.7417	18.8125
10	4.5999	0.8621	0.6476	2.1126	-0.525	2.3168	-0.1112	0.1142	0.3179	-0.3121	0.0941	0.2587	0.0077	-0.3024	0.0171	0.0568	0.0016	-0.0808	-0.1538	0.0196	-0.1307	51.4039	-17.1506	-3.3616
11	5.2787	-0.5749	1.5463	3.4792	0.6963	3.9347	0.0742	0.2974	0.1917	0.0909	0.1571	-0.3008	-0.128	0.0269	-0.2314	-0.1069	0.0073	0.0159	-0.0938	0.0134	-0.0927	62.0093	-4.2211	34.2508
12	1.5876	0.1627	-0.1888	3.2847	2.5062	3.2457	0.1149	-0.1114	-0.0577	-0.0611	-0.0851	0.0256	0.1587	-0.2506	-0.0298	0.0835	-0.0135	-0.1014	-0.1197	0.0151	-0.0974	48.105	-26.1662	9.3505
13	2.2091	-0.8929	0.6619	1.0173	-0.3163	2.6468	0.2204	-0.1503	-0.6203	-0.0058	-0.0577	0.1739	0.2644	-0.0656	-0.1628	0.1918	-0.0686	-0.0833	-0.227	0.0484	-0.0728	-15.8467	-3.9265	92.3249
14	2.2781	0.4647	-0.6467	2.4951	1.1405	3.5724	-0.0134	0.0965	0.0267	-0.2119	0.0956	0.0757	-0.0638	0.054	-0.0822	0.0968	0.0374	-0.0831	-0.1976	0.0011	-0.1031	-23.534	3.5763	57.3783
15	4.1542	-0.2631	-0.0067	2.625	0.6152	6.2604	-0.0107	-0.3795	-0.1916	-0.3082	-0.152	-0.1136	0.2492	0.4231	0.1627	0.1012	0.0374	-0.006	-0.2072	0.079	-0.1783	6.3367	-5.497	86.2759
16	1.7188	-2.3768	0.3722	3.9469	-0.6867	1.3421	0.0204	0.1214	0.1751	-0.031	-0.0581	-0.1958	0.0596	0.0308	0.0377	0.1168	-0.0245	-0.0845	-0.1932	-0.0169	-0.0407	-10.6712	12.7909	60.1577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A 1 A 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A 111 A 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B 1 B 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B 111 B 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C 1 C 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C 111 C 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D 1 D 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D 111 D 216
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E 1 E 110
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E 111 E 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F 1 F 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F 111 F 216
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L 1 L 110
14	X-RAY DIFFRACTION	14	L 111 L 213
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H 1 H 110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H 111 H 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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