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万見
- PDB-4ocx: Fab complex with methotrexate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ocx
タイトルFab complex with methotrexate
要素
  • Fab ADD056 Heavy Chain
  • Fab ADD056 Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG1/K family
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MT1 / If kappa light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Judge, R.A. / Gayda, S. / Manoj, S. / Saldana, S. / Ruan, Q. / Swift, K. / Tetin, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Water channel in the binding site of a high affinity anti-methotrexate antibody.
著者: Gayda, S. / Longenecker, K.L. / Manoj, S. / Judge, R.A. / Saldana, S.C. / Ruan, Q. / Swift, K.M. / Tetin, S.Y.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab ADD056 Heavy Chain
L: Fab ADD056 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4753
ポリマ－47,0192
非ポリマー4551
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.361, 143.361, 143.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: 抗体 Fab ADD056 Heavy Chain


分子量: 23238.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab ADD056 Light Chain


分子量: 23780.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MT1 / N-(4-{[(2,4-DIAMINOPTERIDIN-1-IUM-6-YL)METHYL](METHYL)AMINO}BENZOYL)-L-GLUTAMIC ACID / METHOTREXATE PROTONATED AT N1


分子量: 455.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.5 / 詳細: NaCl, citrate pH~3.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.39→143.361 Å / Num. all: 38974 / Num. obs: 38974 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 64.9 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.39-2.5210.40.5161.55850556100.516100
2.52-2.68100.3232.45342753460.323100
2.68-2.8610.10.19145061150350.191100
2.86-3.0910.40.1116.84856946630.111100
3.09-3.389.90.0769.54293143210.076100
3.38-3.789.20.05811.73613839160.058100
3.78-4.379.70.04813.83352334720.048100
4.37-5.3590.04414.32663129590.044100
5.35-7.579.50.04115.72207123190.041100
7.57-143.36190.03120.21198713330.03199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
JDirectorデータ収集
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→47.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9396 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 1952 5.01 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1884 38937 99.65 %-
原子変位パラメータBiso max: 157.12 Å2 / Biso mean: 52.1956 Å2 / Biso min: 27.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.278 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 33 355 3644
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1096SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes501HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3397HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion455SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3836SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3397HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4652HARMONIC21.32
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.38
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 160 5.89 %
Rwork0.2288 2556 -
all0.2318 2716 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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