PDB-3hi5: Crystal structure of Fab fragment of AL-57

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hi5

タイトル

Crystal structure of Fab fragment of AL-57

要素

Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain
light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab fragment / ligand mimetic / integrin / I domain / cell adhesion

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhang, H. / Wang, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis of activation-dependent binding of ligand-mimetic antibody AL-57 to integrin LFA-1.
著者: Zhang, H. / Liu, J.H. / Yang, W. / Springer, T. / Shimaoka, M. / Wang, J.H.

履歴

登録	2009年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hi5.cif.gz	92.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hi5.ent.gz	75.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hi5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hi5_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hi5_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	3hi5_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	3hi5_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hi5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hi6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r4b-1 4py7-2 2fjf-10 6amj-2 6o26-d 5i8c-d 3cfe-2 3f12-1 4wht-9 3egs-d 4kvc-d 1rzi-7 6amm-d 5n2k-6 4ocx-d 7lk9-1 2fjf-5 3eo0-1 3hc0-2 4yny-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain

L: light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.740, 84.740, 317.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: 抗体	Heavy chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain 分子量: 23765.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	light chain of Fab fragment of AL-57 against alpha L I domain 分子量: 23016.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.1M cacodylate, 0.2M Zn(Ac)2, 18% PEG8000, pH 6.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22508 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.059 / Net I/σ(I): 29.091

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	6.3	0.361	1406	1.005	1	60.2
2.59-2.69	7.1	0.379	1779	1.02	1	75
2.69-2.82	9.2	0.354	2073	1.072	1	86.7
2.82-2.96	12.3	0.316	2341	1.047	1	99.8
2.96-3.15	14.9	0.238	2411	1.066	1	100
3.15-3.39	15	0.134	2399	1.097	1	100
3.39-3.73	14.8	0.08	2420	1.073	1	100
3.73-4.27	14.6	0.059	2452	1.043	1	100
4.27-5.38	14.2	0.048	2501	1.083	1	100
5.38-50	12.8	0.036	2726	1.015	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0066	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 21.92 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.5 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	1006	5.1 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.236	19789	82.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.91 Å² / B_iso mean: 39.342 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3271	0	0	54	3325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.944	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3.003	5465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.405	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.351	24.015	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.688	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.387	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.065	5	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.283	5	871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.897	5	3457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.207	10	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.639	10	1119

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.575 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	6	-
R_work	0.325	133	-
all	-	139	-
obs	-	-	8.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4636	2.5071	1.7683	3.775	0.6669	3.5387	-0.0245	0.0775	-0.6151	-0.0036	0.1758	-0.2151	0.4101	0.0787	-0.1513	0.2896	0.0217	-0.0637	0.2552	0.0174	0.2483	34.3993	-46.0903	6.885
2	1.9104	0.1576	-0.4585	2.9123	-0.3693	2.7778	-0.0224	-0.3153	-0.1208	0.0667	0.0292	0.1145	0.1118	-0.2044	-0.0068	0.2073	0.0121	0.008	0.2314	0.0343	0.2318	32.154	-38.9824	16.5809
3	2.3598	-0.1992	-0.096	5.3105	1.166	5.1196	-0.0568	-0.5795	0.1146	0.1403	0.0409	-0.1981	-0.2621	0.0386	0.0159	0.2599	0.0244	-0.0234	0.2752	0.0395	0.2677	31.4923	-35.5793	12.1729
4	0.6186	0.8779	0.5703	1.4009	1.0891	3.4949	0.0326	0.2597	-0.0425	-0.2	0.0947	-0.1034	0.2173	-0.0633	-0.1273	0.2428	0.0893	0.0085	0.2794	-0.0012	0.3334	29.5946	-41.3194	-18.1726
5	1.2253	0.436	-1.3665	2.1328	0.2794	5.5773	0.4175	-0.6941	0.2178	-0.3025	-0.3303	-0.665	0.4956	1.2854	-0.0872	0.0001	0.0731	-0.0072	0.3344	0.0045	0.4911	37.9602	-41.3866	-19.5063
6	6.0245	2.8755	-4.2959	6.9637	-3.257	8.2424	0.0837	0.4346	-0.0485	-0.0568	0.233	-0.4568	-0.0074	-0.1449	-0.3166	0.1376	-0.0228	-0.0337	0.2818	-0.0267	0.2994	29.2739	-38.4479	-20.7548
7	4.8258	0.98	0.75	2.8903	-0.0418	3.5559	-0.0357	0.0046	-0.5156	-0.658	0.0046	-1.2345	0.642	0.6356	0.0311	0.1325	0.1813	0.1445	0.1881	-0.055	0.4542	37.9028	-45.6658	-26.6483
8	1.7188	-0.4919	-0.5938	0.636	-1.5359	6.0809	-0.0465	0.0231	0.1939	0.0592	0.2441	0.3581	-0.5162	-0.6503	-0.1976	0.3495	0.0782	-0.0644	0.1632	0.0295	0.1899	24.3815	-16.0443	1.3757
9	1.4347	1.0465	0.0787	2.6263	-0.114	3.2725	0.0122	0.0963	0.1604	-0.1414	0.0887	-0.0757	-0.5851	0.1435	-0.1009	0.3394	0.0089	-0.0579	0.1773	0.0256	0.1858	32.5079	-17.4274	7.2563
10	1.2326	0.661	-1.1734	1.1907	-0.89	6.1368	-0.0764	0.0415	0.1339	-0.1164	0.1566	0.1484	-0.1613	-0.3148	-0.0802	0.2968	0.0431	-0.0509	0.2216	0.0006	0.2269	27.4377	-22.1551	3.6637
11	1.6503	1.6968	0.8682	6.9708	0.7465	2.678	-0.0516	0.1325	-0.2216	-0.0167	0.1876	-0.2352	0.13	0.0644	-0.1361	0.2102	-0.0212	0.0059	0.3074	0.0008	0.2226	23.0401	-32.9378	-25.4055
12	4.2701	1.0805	0.408	2.6104	-0.8131	0.3983	-0.0176	-0.0774	-0.0191	-0.1407	0.1177	-0.0405	0.0754	-0.1627	-0.1002	0.1719	-0.0121	0.017	0.3579	0.0025	0.168	13.6345	-35.5969	-22.6122
13	5.6881	4.5876	2.1333	6.3899	2.0264	3.2411	0.08	0.1163	-0.3517	0.1964	0.0908	-0.5932	-0.0553	0.307	-0.1708	0.1734	0.0108	-0.0051	0.2344	0.0036	0.1993	24.1457	-33.9118	-21.7818
14	3.1063	2.9783	1.9001	8.6284	2.8026	4.021	-0.0778	0.1575	0.0756	-0.4789	-0.0623	0.3679	-0.0775	-0.3085	0.1401	0.2024	-0.0374	0.0103	0.3844	0.0403	0.1653	14.4811	-32.3123	-30.9957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	23 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	82 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	109 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	153 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	169 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	195 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	1 - 25
9	X-RAY DIFFRACTION	9	L	26 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	82 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	L	107 - 146
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	147 - 163
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	164 - 185
14	X-RAY DIFFRACTION	14	L	186 - 211

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